بررسی پایداری بیان برخی ژن های مرجع به روش Real-Time PCR تحت تنش زیستی در گیاه برنج

هدف: در پژوهش­های بیان ژن با استفاده از Real-time PCR که ابزار قدرتمندی برای تجزیه و تحلیل سازوکارهای مقاومت به تنش­­های زیستی در گیاهان است، انتخاب و اعتبارسنجی ژن­های مرجع به­منظور بهینه کردن بیان ژن­ها بسیار مهم می­باشد. این تحقیق با هدف بررسی کارایی و انتخاب ژن­های مرجع مناسب برای بهینه­سازی اطلاعات حاصل از PCR زمان واقعی در گیاه برنج تحت تنش زیستی انجام شد. مواد و روشها: بدین منظور، هشت ژن کنترل داخلی شاملUBQ5 ،eIF4A ، Actin11، Actin1، UBC، Cylophilin، 18SrRNA و GAPDH بررسی شد. تنش زیستی در بافت برگی گیاهچه­های 28 روزه رقم فجر و در حضور عامل بیماری قارچی Rhizoctonia solani RBL1، سیلیکات پتاسیم به­عنوان القاء­کننده مقاومت، جدایه­هایPseudomonas با خاصیت آنتاگونیستی و القاء­کنندگی و در سه دوره زمانی (6، 24 و 72 ساعت) اعمال شد. نتایج:  بررسی پایداری بیان ژن­های مرجع با استفاده از نرم­افزار BestKeeper نشان داد؛ که ژن UBC از پایداری بیان بیشتری نسبت به سایر ژن­های مورد بررسی در شرایط تنش زیستی در نمونه بافت برگی گیاه برنج برخوردار بوده و بر اساس آماره توصیفی ژن­های UBC و Actin11 دارای بیشترین همبستگی (97/0) با شاخص BestKeeper بودند. همچنین، ژن­های UBC و Actin11 دارای بیشترین پایداری (کمترین ضریب تغییرات) بودند. بر اساس تجزیه و تحلیل داده­ها با استفاده از نرم­افزار NormFinder نیز ژن­های Actin11 و eIF4a (به­ترتیب 356/0 و 567/0) بیشترین میزان پایداری را نشان دادند. نتیجهگیری کلی: بررسی بیان ژن های مرجع با استفاده از میانگین هندسی ژن­های UBC و Actin11 در مقایسه با ژن Actin1 نشان­دهنده ضرورت انتخاب مناسب ژن مرجع می­باشد. نتایج این تحقیق نشان می­دهد که ژن­های UBC و Actin11 ژن­های مرجع مناسبی برای بهینه­سازی داده­های بیان ژن به­وسیله تجزیه و تحلیل Real-Time PCR در گیاه برنج می­باشند.

کلیدواژه ها:

القاء کننده ، برنج ، بیان ژن ، ژن مرجع ، R. solani