تجزیه و تحلیل اینسیلیکو نواحی تنظیمی ' ۵ ژن SOS۱ به منظور درک تنظیم بیان مکان -زمانی این ژن در گیاه سویای متحمل به تنش شوری

شوری خاک یکی از مهمترین مشکلات مزارع کشور است که بر رشد و تولید گیاهان اثر منفی می گذارد. هدف این پژوهش، تجزیه و تحلیل برچسب های توالی بیان شده (EST) برگ و ریشه گیاه سویا متحمل به شوری به منظور شناسایی ژن های پاسخگو به تنش شوری جهت استفاده در برنامه های به نژادی سویا بود. از آنجا که درک سیستم تنظیم رونویسی ژن ها به تجزیه و تحلیل عملکردی عناصر cis-acting بستگی دارد، بنابراین عناصر تنظیمکننده موجود در ناحیه تنظیمی ' ۵ ژن های SOS۱ با استفاده از پایگاه داده PlantCARE شناسایی شدند. داده های EST اولیه از بانک اطلاعاتی دانشگاه هاروارد جمع آوری شدند. برای پیدا کردن شباهت بین دو کتابخانه، توالی های EST با استفاده از نرم افزار EGassembler هم گذاری شدند. سپس همه کانتیگ ها به وسیله X-blast توسط نرم افزار CLCbio در مقابل پروتئی نهای غیر تکراری بانک ژن بررسی شدند. برای شناسایی ژ نها با بیان متفاوت بین کتابخانه ها از نرم افزار IDEG۶ و آماره Audic-Claverie استفاده شد. برای دسته بندی کاتالوگ های عملکردی، ابزار طبقه بندی مقایسه ای GoMapMan استفاده شد. نتایج پژوهش، اختلاف معنی دار بین ژن های دو کتابخانه در ۵ گروه کارکردی را مشخص و اهمیت آنتی پورتر (SOS۱) Na+/H+ را در هموستازیون و تحمل تنش شوری در هر دو بافت برگ و ریشه برجسته نمود. علاوه بر این چندین عنصر تنظیمی مرتبط با تنظیم هورمونی و پاسخ به تنش های محیطی شناسایی شدند. این پژوهش بینش احتمالی در مورد نقش عناصر cis-acting پروموتر در تنظیم بیان مکان-زمانی ژن SOS۱ تحت تنش شوری ارائه می دهد و لذا زمینه به کارگیری راهکارهای مهندسی ژنتیک موثر و هدفمند برای بهبود تحمل تنش شوری را در گیاهان فراهم می کند.

کلیدواژه ها:

اختصاصیت بیان ژن ، آنتیپورتر Na+/H+ ، تنظیم رونویسی ، عناصر cis-acting پروموتر ، هموستاز یون