بررسی ساختار و لایه بندی جمعیت گاومیش های اکوتیپ آذری و شمالی با نشانگرهای متراکم چند شکل تک نوکلئوتیدی با استفاده از روش های Admixture، GC، PCA و MDS

سال انتشار: 1395
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 444

فایل این مقاله در 16 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

JR_JOAGK-8-2_004

تاریخ نمایه سازی: 20 خرداد 1398

چکیده مقاله:

در کاربردهای ژنتیک جمعیت، اختصاص افراد به جمعیت­های مربوط به خود اهمیت دارد. با توسعه تکنولوژی تعیین ژنوتیپ در مقیاس وسیع بسیاری از نشانگرها از جمله اسنیپ ها برای این مطالعات قابل دسترس شده­اند که این اسنیپ­ها در مطالعه تنوع ژنتیکی دام­های اهلی و ساختار جمعیت سودمند هستند. هدف این تحقیق بررسی ساختار و لایه­بندی گاومیش­های مناطق مختلف دو اکوتیپ آذری و شمالی با استفاده از داده­های SNPChip 90 با روش­های معمول بررسی ساختار جمعیت بود که برای این منظور تعداد 258 گاومیش از استان­های آذربایجان شرقی، آذربایجان غربی و اردبیل مربوط به اکوتیپ آذری و از استان گیلان مربوط به اکوتیپ شمالی نمونه­گیری و تعیین ژنوتیپ شدند. نتایج حاصل از کنترل ژنومیک لایه بندی ضعیفی با =1.056λ نشان داد که حاکی از وجود اختلاط (ساختار ضعیفی) در بین دو اکوتیپ است. پلات­های حاصل از تجزیه مولفه­های اصلی و مقیاس بندی چند بعدی، تفکیک این دو اکوتیپ و استان­های مختلف دو اکوتیپ را براساس فواصل انجام داد. روش Admixture نیز نزدیکی فاصله ژنتیکی افراد استان­های مختلف دو اکوتیپ را نشان داد که البته افراد خالصی هم در این بین وجود داشتند و k=3 خطای اعتبارسنجی پایینی داشت. این روش­ها قادر به جداسازی کلی حیوانات به توده­های مربوطه بودند و نتایج این تحقیق گویای ارتباط ژنتیکی نزدیک افراد چهار استان مختلف از دو اکوتیپ آذری و شمالی بود

نویسندگان

زهرا عزیزی

دانشجوی دکتری،گروه علوم دامی،دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز

عباس رافت

دانشیار، گروه علوم دامی،دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز

جلیل شجاع

استاد، گروه علوم دامی،دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز

حسین مرادی شهربابک

استادیار، گروه علوم دامی،پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Mohammad Abadi MR, Askari N, Baghizadeh A, Esmailizadeh AK (2009). ...
  • Alexander DH, Lange K (2011). Enhancements to the ADMIXTURE algorithm ...
  • Alexander DH, Novembre J, Lange K (2009). Fast model-based estimation ...
  • Askari N, Abadi MM, Baghizadeh A (2011). ISSR markers for ...
  • Bacanu SA, Devlin B, Roeder K (2002). Association studies for ...
  • Barendse W, Harrison BE, Bunch RJ, Thomas MB, Turner LB ...
  • Devlin B, Roeder K (1999). Genomic control for association studies. ...
  • Epps CW, Castillo JA, Schmidt-Küntzel A, du Preez P, Stuart-Hill ...
  • Gao X, Starmer J (2007). Human population structure detection via ...
  • Hinrichs AL, Larkin EK, Suarez BK (2009). Population stratification and ...
  • Karimi K, Esmailizadeh Koshkoiyeh A, Asadi Fuzi M (2015). Analysis ...
  • Kijas JW, Lenstra JA, Hayes B, Boitard S, Porto Neto ...
  • Lao O, Lu TT, Nothnagel M, Junge O, Freitag-Wolf S, ...
  • Li Q, Yu K (2008). Improved correction for population stratification ...
  • Liu L, Zhang D, Liu H, Arendt C (2013). Robust ...
  • Marchini J, Cardon LR, Phillips MS, Donnelly P (2004). The ...
  • Mohammadi A, Nassiry M, Mosafer J, Mohammadabadi M, Sulimova G ...
  • Patterson N, Price AL, Reich D (2006). Population structure and ...
  • Price AL, Patterson NJ, Plenge RM, Weinblatt ME, Shadick NA, ...
  • Price AL, Zaitlen NA, Reich D, Patterson N (2010). New ...
  • Pritchard JK, Stephens M, Donnelly P (2000). Inference of population ...
  • Purcell S, Neale B, Todd-Brown K, Thomas L, Ferreira MA, ...
  • Association of growth trait and Leptin gene polymorphism in Kermani sheep [مقاله ژورنالی]
  • Teo YY, Fry AE, Clark TG, Tai E, Seielstad M ...
  • Thomas DC, Witte JS (2002). Point: population stratification: a problem ...
  • Thornton T, McPeek MS (2010). ROADTRIPS: case-control association testing with ...
  • Tsepilov YA, Ried JS, Strauch K, Grallert H, van Duijn ...
  • Uzzaman MR, Edea Z, Bhuiyan MSA, Walker J, Bhuiyan A, ...
  • Vahidi SM, Tarang AR, Naqvi AU, Falahati Anbaran M, Boettcher ...
  • Verdu P, Pemberton TJ, Laurent R, Kemp BM, Gonzalez-Oliver A, ...
  • Wacholder S, Rothman N, Caporaso N (2002). Counterpoint: bias from ...
  • Wang D, Sun Y, Stang P, Berlin JA, Wilcox MA, ...
  • Wu JJ, Song LJ, Wu FJ, Liang XW, Yang BZ, ...
  • Zamani P, Akhondi M, Mohammadabadi MR, Saki AA, Ershadi A, ...
  • Zhang F, Wang Y, Deng H.-W (2008). Comparison of population-based ...
  • نمایش کامل مراجع