چشم انداز جهشی سرطان کولورکتال:(COAD/READ) تحلیل الگوها، TMB و تعاملات ژنی از داده های TCGA

سرطان کولورکتال (CRC) یکی از علل اصلی مرگ ومیر ناشی از سرطان در سراسر جهان است و درک عمیق تر تغییرات ژنومی سوماتیک که محرک اصلی این بیماری هستند، برای توسعه استراتژی های تشخیصی و درمانی نوین ضروری است. در این مطالعه، الگوهای جهشی سوماتیک در کوهورت های TCGA-COAD و TCGA-READ به صورت جامع تحلیل شد تا فراوانی ژن های پرتکرار، انواع جهش ها و به ویژه روابط هم وقوعی و انحصار متقابل بین ژن های کلیدی سرطان کولورکتال شناسایی و بررسی گردد. بدین منظور، داده های جهش سوماتیک ۴۸۲ بیمار از این دو کوهورت با استفاده از فایل های MAF جمع آوری و پاک سازی شد و تحلیل ها بر روی جهش های Non-Silent متمرکز گردید. فراوانی ژن ها، انواع جهش ها و بار جهشی تومور (TMB) محاسبه، و برای بررسی تعاملات ژنی از آزمون دقیق فیشر (Fisher’s Exact Test) همراه با تصحیح Benjamini-Hochberg (FDR) استفاده و نتایج به صورت نقشه حرارتی (Heatmap) نمایش داده شد. پس از پاک سازی داده ها، در مجموع ۲۰۳,۸۳۹ جهش Non-Silent در ۴۸۲ بیمار شناسایی شد که میانگین TMB برابر با ۵۶۶.۲ جهش در هر بیمار را نشان داد. ژن های APC (۷۵.۵%)، TP۵۳ (۶۲.۴%) و KRAS (۴۲.۹%) پرتکرارترین ژن های جهش یافته بودند. تحلیل تعاملات ژنی نشان داد که بین APC و TP۵۳ هم وقوعی معناداری (OR=۲.۳۱) وجود دارد، در حالی که APC با ژن هایی نظیر SYNE۱، MUC۱۶، FAT۴ و OBSCN و همچنین TP۵۳ با PIK۳CA، MUC۱۶ و FAT۴ روابط انحصار متقابل معناداری از خود نشان می دهند؛ این یافته ها با استفاده از نمودار میله ای ۲۰ ژن برتر، Oncoplot و Heatmap تعاملات ژنی به صورت بصری ارائه شدند. به طورکلی، نتایج این پژوهش درک جامعی از چشم انداز جهشی سرطان کولورکتال ارائه می دهد و بر نقش محوری ژن های کلیدی و پیچیدگی روابط بین آن ها تاکید می کند. الگوهای هم وقوعی و انحصار متقابل شناسایی شده در این مطالعه می توانند در دسته بندی مولکولی دقیق تر بیماران و شناسایی اهداف درمانی جدید مورد استفاده قرار گیرند و در نهایت به بهبود مدیریت بالینی این بیماری کمک نمایند.

کلیدواژه ها:

سرطان کولورکتال ، جهش سوماتیک ، TCGA ، هم وقوعی ژنی ، انحصار متقابل ، بار جهشی تومور