واکاوی شبکههای ژنی دفاعی پرتقال شیرین در پاسخ به باکتری Candidatus Liberibacter asiaticus

هدف: در این مطالعه، شبکههای ژنی دفاعی مهم در پرتقال شیرین (Citrus sinensis) در پاسخ به باکتری Candidatus Liberibacter asiaticus (CLas) (عامل بیماری میوه سبز مرکبات) بررسی شدند. این باکتری توسط پسیل (Diaphorina citri) انتقال مییابد. شناسایی ژنهای کلیدی در پاسخ به بیمارگرها یکی از مراحل مهم در کنترل بیماریها است که جهت بررسیهای بیشتر در پژوهشهای آینده معرفی میشوند. مواد و روش ها: در ابتدا ژنهای افتراق بیان یافته در پرتقال شیرین آلوده به باکتری CLas که توسط پسیل انتقال یافتهاند در دو مطالعه حاصل از RNA-seq، شناسایی شدند. سپس ژنهای افتراق بیان یافته شناسایی شده در ماژولها گروه بندی شدند. فراواکاوی با بسته رنک پراد (RankProd) و هم بیانی با استفاده از بسته WGCNA مبتنی بر R انجام گرفت. سپس ژنهای کلیدی فعال در مکانیسمهای دفاعی گیاه در هر یک از ماژولها شناسایی و نقش آنها بررسی شد. یافته های پژوهش: بررسی هستی شناسی، نقش ژنهای کلیدی شناخته شده و دومین پروتئینهای نامشخص، مسیرهای مهم زیستی را در این درخت مشخص کرد از جمله مسیر هورمونی سالیسیلیک اسید که به طور فعال در فرایند مقاومت اکتسابی عمومی (SAR) نقش دارد. همچنین بسیاری از ژنهای شناخته شده به صورت قابل توجهی در مسیر تعامل هورمونی جاسمونیک اسید، اتیلن و اکسین فعالیت میکنند. علاوه بر این ژنهایی با فعالیت فاکتور رونویسی مشخص شدند (NAC، MYB و ZIM). سنتز متابولیتهای ثانویه مانند لیگنین و ترکیبات پلی فنل نیز از فعالیتهای دیگر ژنهای شناخته شده میباشد. نتیجه گیری: ژنهای شناسایی شده درخت پرتقال شیرین در پاسخ به باکتری CLas در مسیرهای مهم زیستی مانند هورمونی، فاکتورهای رونویسی و متابولیتهای ثانویه فعالیت میکنند. نتایج میتوان در پژوهشهای آینده برای تولید ژنوتیپ های مقاوم پرتقال شیرین به CLas استفاده شود.

کلیدواژه ها:

بیماری میوه سبز مرکبات ، پرتقال شیرین ، فراواکاوی ، هم بیانی