اولین گزارش ویروس A گیلاس از ایران براساس داده های RNA Seq

ویروس A گیلاس (Cherry virus A, CVA) ( یا Capillovirus alphavii، یک Capillovirus از خانواده Betaflexiviridaeاست که به طور گسترده در مناطق کشت گیلاس در سراسر جهان پراکنده است. در ایران، استان آذربایجان غربی یکی از مهم ترین مراکز تولید تجاری گیلاس به شمار می رود. علائمی مشابه علائم ناشی از ویروس ها در درختان گیلاس در این منطقه از ایران مشاهده شد و از روش تعیین توالی نسل جدید برای شناسایی و تعیین خصوصیات عوامل بیماریزای ویروسی مرتبط استفاده گردید. RNA کل با استفاده ازCTAB استخراج و تعیین توالی نسل جدید (RNA-Seq) با استفاده از روش Illumina NovaSeq ۶۰۰۰ انجام شد. تجزیه و تحلیل کانتیگ های حاصل با استفاده از BLASTn ، وجود ویروس A گیلاس را آشکار ساخت. ژنوم کامل ویروس، ۹۹٪ شباهت نوکلئوتیدی با برخی از جدایه های کانادایی از گیلاس(MF۰۶۲۱۱۸، MF۰۶۲۱۱۹، KY۵۱۰۸۷۲ وKY۵۱۰۹۱۱ ) را نشان داد. ژنوم CVA-Ir شامل یک RNA تک رشته ای مثبت به طول ۷۴۳۴ جفت باز است که حاوی دو چارچوب خوانش باز (ORF) می باشد. ORF۱ یک پلی پروتئین با پنج دامانه شناسایی شده و ORF۲ یک پروتئین حرکتی (MP) احتمالی را رمزگذاری می کند. نواحی ترجمه نشده ۵´-UTR و ' ۳´-UTR به ترتیب ۱۰۶ و ۲۹۹ نوکلئوتید طول دارند. تجزیه و تحلیل تبارزایی بر اساس توالی های کامل ژنومی نشان داد که تمام جدایه های CVA در یک شاخه واحد گروه بندی می شوند، که CVA-Ir به همراه چهار جدایه کانادایی با منشاء گیلاس دریک زیرشاخه متمایز از جدایه های با میزبان غیرگیلاس که زیر شاخه دیگری را تشکیل می دهند جای می گیرد. بر اساس اطلاعات ما، این اولین گزارش از آلودگی گیلاس توسط CVA در ایران است.

کلیدواژه ها:

CVA ، گیلاس ، توالی یابی نسل جدید