بررسی بیوانفورماتیکی جایگاه تاکسونومیکی باکتری های همزیست با لگومینوزه بر اساس ژن رپ16S rRNA

باکتری های رایزوبیا و غیر رایزوبیای گره زا، گروهی از میکروارگانیسم های خاکزی و مفیدی هستند که با ارتباط همزیستی با ریشه خانواده بقولات (لگومینوزه) سبب تثبیت نیتروژن می شوند، این گروه از باکتری ها از نظر ژنتیکی و فیزولوژیکی متنوع هستند. به منظور بررسی بیوانفورماتیکی جایگاه تاکسونومیکی این باکتری ها، توالی نوکلوتیدی ژن ،16S rRNA 40 جدایه (گونه های مربوط به جنس های ،Bradyrhizobium، Rhizobium Burkholderia و Mesorhizobium از بانک اطلاعات NCBI گرفته شد و با آغازگرهای fD1 و fD1 با استفاده از نرم افزار ClustalW همردیف شد. برای مقایسه چندشکلی بین جدایه ها از آنزیم های برشی Ndell, TaqI, AluI, HaeII برای برش قطعات ریبوزمی با استفاده از نرم افزار OLIGO استفاده شد، گروه بندی جدایه ها بر اساس قطعات حاصل از برش آنزیمی بر پایه وجود یا عدم وجود قطعات همسان و تعیین ضریب تشابه جاکارد Jaccard صورت گرفت، درخت فیلوژنی با روش مقایسه جفت ها از طریق میانگین های بی وزن UPGMA و باستفاده از نرم افزار 3.1 MVSP ترسیم گردید. نتایج نشانگر وجود 20 ژنوتیپ بین جدایه های مورد بررسی بود به طوری که جدایه های مربوط به جنس های مختلف از هم قابل تفکیک بودند و بین گونه های مختلف یک جنس تنوع مشاهده گردید لذا این روش برای شناسایی و تاکسونومی جدایه های باکتری های همزیست با لگوم ها ابزاری سودمند می باشد.

کلیدواژه ها:

رایزوبیا ، جایگاه تاکسونومیکی ، آنزیم های برشی ، ژن 16S rRNA