نقش هوش مصنوعی در ژنومیکس

سال انتشار: 1403
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 53

فایل این مقاله در 85 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

JR_JOAGK-16-2_010

تاریخ نمایه سازی: 12 تیر 1403

چکیده مقاله:

هدف: تولید داده در زیست شناسی و زیست فناوری در سال های گذشته به دلیل توسعه بسیار سریع فناوری های با کارایی بالا بسیار زیاد شده است. این داده ها با مطالعه مولکول های زیستی، از قبیل متابولیت ها، پروتئین ها، RNA و DNA برای درک و فهم نقش این مولکول ها در تعیین ساختار، عملکرد و دینامیک سیستم های زنده حاصل شده اند. علاوه بر این، در یک برنامه اصلاح نژادی، پیشرفت ژنتیکی را می توان از طریق شناسایی دقیق حیوانات برتر که به عنوان والدین نسل بعدی انتخاب می شوند، به حداکثر رساند و در نتیجه به اهداف اصلاح نژادی دست یافت. شبکه های عصبی مصنوعی برای کاهش این محدودیت روش های رگرسیون سنتی پیشنهاد شده اند و می توانند برای مدیریت داده های غیرخطی و پیچیده، حتی زمانی که داده ها نادقیق و نویز هستند، استفاده شوند. داده های اومیکس می توانند به قدری بیش از حد بزرگ و پیچیده باشند که از طریق تجزیه و تحلیل بصری یا همبستگی های آماری قابل بررسی نیستند. این امر استفاده از هوش ماشینی یا هوش مصنوعی را تشویق کرده است. اهداف این مطالعه عبارتند از بررسی کاربردهای اصلی روش های هوش مصنوعی در ژنومیکس عملکردی، سرطان، کشاورزی، حیوانات اهلی و زمینه های درهم تنیده آن یعنی اپی ژنومیکس، ترانس کریپتومیکس، اپی ترانس کریپتومیکس، پروتئومیکس و متابولومیکس، بحث در مورد جنبه های مهم مدیریت داده ها، مانند یکپارچه سازی داده ها، جانهی، تمیز کردن، حذف نویز، متعادل سازی و نسبت داده های از دست رفته، مدل سازی سیستم-ژنومیکس عملکردی، هوش مصنوعی و سیستم های بیولوژی، پرداختن به مسائل حقوقی، اخلاقی و اقتصادی مربوط به کاربرد روش های هوش مصنوعی در حوزه ژنومیکس و ارائه نمایی از سناریوهای احتمالی آینده است.مواد و روش ها: در این بررسی سعی شد کلیه پژوهش های انجام شده در زمینه کاربرد هوش مصنوعی در ژنومیکس عملکردی، سرطان، کشاورزی، حیوانات اهلی و زمینه های درهم تنیده آن یعنی اپی ژنومیکس، ترانس کریپتومیکس، اپی ترانس کریپتومیکس، پروتئومیکس و متابولومیکس، با تمرکز بر روی کاربردهای سال های اخیر پس از افزایش تولید کلان داده مطالعه و مورد استفاده قرار گیرند.نتایج: بررسی ها نشان داد که کاربرد هوش مصنوعی در همه رشته ها از چمله ژنومیکس عملکردی، سرطان، کشاورزی، حیوانات اهلی و زمینه های درهم تنیده آن یعنی اپی ژنومیکس، ترانس کریپتومیکس، اپی ترانس کریپتومیکس، پروتئومیکس و متابولومیکس با سرعت زیادی رو به افزایش است و فواید زیادی دارد. نتیجه گیری: با توجه به کاربردهای حیاتی که اغلب توسط زیست شناسی و به ویژه ژنومیک عملکردی به آن پرداخته می شود، بهتر است با ابزارهای هوش مصنوعی که قادر به کمک به درک مکانیکی فرآیندهای بیولوژیکی هستند، سروکار داشته باشیم.

نویسندگان

محمدرضا محمدآبادی

نویسنده مسئول: استاد بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، ایران

حمید خیرالدین

استادیار، دانشکده کویرشناسی، دانشگاه سمنان، سمنان، ایران

ولودیمیر آفاناسنکو

استادیار، دانشگاه ملی علوم محیطی و زیستی اوکراین، اوکراین

اولنا بابنکو ایوانیونا

استادیار، گروه علوم دامی، دانشگاه ملی کشاورزی بیلا تسرکوا، بیلا تسرکوا، اوکراین

ناتالیا کلوپنکو

استادیار، گروه علوم دامی، دانشگاه ملی کشاورزی بیلا تسرکوا، بیلا تسرکوا، اوکراین.

الکساندر کلاشنیک

دانشگاه ملی کشاورزی سومی، سومی، اوکراین

یولیا ایوستافیوا

دانشیار، گروه فناوری های تولید و فرآوری دام، دانشگاه دولتی پودیلیا، اوکراین

ویتا بوچکوفسکا

دانشیار، گروه فناوری های تولید و فرآوری دام، دانشگاه دولتی پودیلیا، اوکراین

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Abadi M, Chu A, Goodfellow I, et al. (۲۰۱۶) Deep ...
  • Abadi S, Yan WX, Amar D, Mayrose I (۲۰۱۷) A ...
  • Abeel T, Helleputte T, de Peer YV, et al. (۲۰۱۰) ...
  • Aboutalib SS, Mohamed AA, Berg WA, et al. (۲۰۱۸) Deep ...
  • Agarwal V, Bell GW, Nam JW (۲۰۱۵) Bartel DP. Predicting ...
  • Aggarwal N, Singh D (۲۰۲۱) Technology Assisted Farming: Implications of ...
  • Agris PF (۱۹۹۶) The importance of being modified: roles of ...
  • Ahsani MR, Mohammadabadi MR, Shamsaddini MB (۲۰۱۰) Clostridium perfringens isolate ...
  • Akhtar N, Rasheed Z, Ramamurthy S, et al. (۲۰۱۰) MicroRNA-۲۷b ...
  • Alakwaa FM, Chaudhary K, Garmire LX (۲۰۱۸) Deep learning accurately ...
  • Ali Q, Ahmar S, Sohail MA, et al. (۲۰۲۱) Research ...
  • Alipanahi B, Delong A, Weirauch MT, Frey BJ (۲۰۱۵) Predicting ...
  • Amin N, McGrath A, Chen YPP (۲۰۱۹) Evaluation of deep ...
  • Amiri Roudbar M, Abdollahi-Arpanahi R, Ayatollahi Mehrgardi A, et al. ...
  • Amiri Roudbar M, Mohammadabadi MR, Mehrgardi AA, Abdollahi-Arpanahi A (۲۰۱۷) ...
  • Anderson S, Bankier AT, Barrell BG, et al. (۱۹۸۱) Sequence ...
  • Angermueller C, Pärnamaa T, Parts L, Stegle O (۲۰۱۶) Deep ...
  • Antonakoudis A, Barbosa R, Kotidis P, Kontoravdi C (۲۰۲۰) The ...
  • Arisdakessian CG, Poirion OB, Yunits B, et al. (۲۰۱۹) Deepimpute: ...
  • Arshad MF, Burrai GP, Varcasia A, et al. (۲۰۲۴) The ...
  • Asgari E, Mofrad M, Kobeissy F (۲۰۱۵) Continuous distributed representation ...
  • Aslam B, Basit M, Nisar MA, et al. (۲۰۱۷) Proteomics: ...
  • Avsec Z, Weilert M, Shrikumar A, et al. (۲۰۲۱) Base-resolution ...
  • Azencott CA (۲۰۱۸) Machine learning and genomics: precision medicine versus ...
  • Baek J, Lee B, Kwon S, Yoon S (۲۰۱۸) LncRNAnet: ...
  • Bao J, Xie Q (۲۰۲۲) Artificial intelligence in animal farming: ...
  • Bar-Shira A, Panet A, Honigman A (۱۹۹۱) An RNA secondary ...
  • Basciftci F, Gunduz KA (۲۰۱۹) Identification of acidosis disease in ...
  • Beaulieu-Jones BK, Wu ZS, Williams C, et al. (۲۰۱۹) Privacy-preserving ...
  • Bedi P, Gole P (۲۰۲۱) Plant Disease Detection Using Hybrid ...
  • Bejnordi BE, Veta M, van Diest PJ, et al. (۲۰۱۷) ...
  • Bell JT, Pai AA, Pickrell JK, et al. (۲۰۱۱) DNA ...
  • Belokopytova P, Fishman V (۲۰۲۰) Predicting genome architecture: Challenges and ...
  • Ben Ayed R, Hanana M (۲۰۲۱) Artificial Intelligence to Improve ...
  • Bentley DR, Balasubramanian S, Swerdlow HP, et al. (۲۰۰۸) Accurate ...
  • Berckmans D (۲۰۱۷) General introduction to precision livestock farming. Anim ...
  • Berger MF, Mardis ER (۲۰۱۸) The emerging clinical relevance of ...
  • Bersanelli M, Mosca E, Remondini D, et al. (۲۰۱۶) Methods ...
  • Bhardwaj A, Kishore S, Pandey DK (۲۰۲۲) Artificial Intelligence in ...
  • Bleidorn C (۲۰۱۶) Third generation sequencing: technology and its potential ...
  • Bondi E, Oh H, Xu H, et al. (۲۰۱۹) Using ...
  • Bonnel N, Marteau PF (۲۰۱۲) Lna: fast protein structural comparison ...
  • Braslavsky I, Hébert B, Kartalov E, Quake S (۲۰۰۳) Sequence ...
  • Breschi A, Muñoz-Aguirre M, Wucher V, et al. (۲۰۲۰) A ...
  • Bretschneider H, Gandhi S, Deshwar AG, et al. (۲۰۱۸) COSSMO: ...
  • Brown PH, Tiley L, Cullen B (۱۹۹۱) Effect of RNA ...
  • Bucher P (۱۹۹۰) Weight matrix descriptions of four eukaryotic RNA ...
  • Buermans HP, den Dunnen JT (۲۰۱۴) Next generation sequencing technology: ...
  • Callaway E (۲۰۲۰) It will change everything: DeepMind’s AI makes ...
  • Camacho DM, Collins KM, Powers RK, et al. (۲۰۱۸) Next-generation ...
  • Camargo AP, Sourkov V, Pereira GAG, Carazzolle MF (۲۰۲۰) RNAsamba: ...
  • Cao C, Liu F, Tan H, et al. (۲۰۱۸) Deep ...
  • Caudai C, Salerno E, Zoppè M, et al. (۲۰۱۹a) Chromstruct ...
  • Caudai C, Salerno E, Zoppè M, Tonazzini A (۲۰۱۹b) Estimation ...
  • Cavill R, Keun HC, Holmes E, et al. (۲۰۰۹) Genetic ...
  • Chai H, Zhou X, Zhang Z, et al. (۲۰۲۱) Integrating multi-omics ...
  • Chang TW (۱۹۸۳) Binding of cells to matrixes of distinct ...
  • Chaudhary K, Poirion OB, Lu L, Garmire LX (۲۰۱۸) Deep ...
  • Chaudhary K, Poirion OB, Lu L, Garmire LX (۲۰۱۸) Deep ...
  • Chen H, Engkvist O, Wang Y, et al. (۲۰۱۸) The ...
  • Chen J, Shao J (۲۰۰۰) Nearest neighbor imputation for survey ...
  • Chen K, Wei Z, Zhang Q, et al. (۲۰۱۹) Whistle: ...
  • Chen L, Xuan J, Riggins RB, et al. (۲۰۱۱) Identifying ...
  • Cheng Y, Miura R, Tian B (۲۰۰۶) Prediction of mRNA ...
  • Ching T, Himmelstein DS, Beaulieu-Jones BK, et al. (۲۰۱۸) Opportunities and ...
  • Chuai G, Ma H, Yan J, et al. (۲۰۱۸) DeepCRISPR: optimized ...
  • Cismondi F, Fialho AS, Vieira SM, et al. (۲۰۱۳) Missing ...
  • Consortium IHGS (۲۰۰۴) Finishing the euchromatic sequence of the human ...
  • Cooper J, Noon M, Jones C, et al. (۲۰۱۳) Big ...
  • Cortes C, Vapnik V (۱۹۹۵) Support-vector networks. Mach Learn ۲۰, ...
  • Costanzo M, Baryshnikova A, Bellay J, et al. (۲۰۱۰) The genetic ...
  • Costanzo M, VanderSluis B, Koch EN, et al. (۲۰۱۶) A ...
  • D’Agaro E, Rosa F, Akentieva NP (۲۰۲۱) New technology tools ...
  • Dao F-Y, Lv H, Yang Y, et al. (۲۰۲۰) Computational ...
  • Das S, Deng X, Camphausen K, et al. (۲۰۱۹) An ...
  • de Montjoye Y-A, Farzanehfar A, Hendrickx J, Rocher L (۲۰۱۷) ...
  • de Ridder D, de Ridder J, Reinders MJT (۲۰۱۳) Pattern ...
  • De Souto MC, Jaskowiak PA, Costa IG (۲۰۱۵) Impact of ...
  • De Vries M, de Boer IJ (۲۰۱۰) Comparing environmental impacts ...
  • Degroeve S, De Baets B, Van de Peer Y, Rouzé ...
  • Dekker J, Marti-Renom MA, Mirny LA (۲۰۱۳) Exploring the three-dimensional ...
  • Devlin J, Chang M-W, Lee K, Toutanova K (۲۰۱۸) Pre-training ...
  • Djebali S, Davis CA, Merkel A, et al. (۲۰۱۲) Landscape ...
  • Doelman JC, Stehfest E, van Vuuren DP, et al. (۲۰۲۰) ...
  • Dominissini D, Moshitch-Moshkovitz S, Schwartz S, et al. (۲۰۱۲) Topology ...
  • Doncescu A, Tauzain B, Kabbaj N (۲۰۰۹) Machine learning applied ...
  • Došilovic FK, Brcic M, Hlupic N (۲۰۱۸) Explainable artificial intelligence: ...
  • Dutta Majumder D, Ulrichs C, Majumder D, et al. (۲۰۰۷) ...
  • Eickholt J, Cheng J (۲۰۱۲) Predicting protein residue-residue contacts using ...
  • Eli-Chukwu CN (۲۰۱۹) Applications of Artificial Intelligence in Agriculture: A ...
  • EPC (The ENCODE Project Consortium) (۲۰۱۲) An integrated encyclopedia of ...
  • Eraslan G, Avsec Z, Gagneur J, Theis FJ (۲۰۱۹) Deep ...
  • Ernst J, Kellis M (۲۰۱۲) ChromHMM: automating chromatin-state discovery and ...
  • Ernst J, Kellis M (۲۰۱۵) Large-scale imputation of epigenomic datasets ...
  • Esteva A, Robicquet A, Ramsundar B, et al. (۲۰۱۹) A ...
  • Fang C, Shang Y, Xu D (۲۰۱۸) MUFOLD-SS: New deep ...
  • Fang C, Shang Y, Xu D (۲۰۱۸) Prediction of protein ...
  • FAO (۲۰۲۲) How to Feed the World in ۲۰۵۰: Global ...
  • Faraggi E, Zhang T, Yang Y, et al. (۲۰۱۲) Spine ...
  • Fickett JW, Tung CS (۱۹۹۲) Assessment of protein coding measures. ...
  • Fleischmann R, Adams MD, White O, et al. (۱۹۹۵) Whole-genome random ...
  • Fortelny N, Bock C (۲۰۲۰) Knowledge-primed neural networks enable biologically ...
  • Frankish A, Daiekhans M, Ferreira M, et al. (۲۰۱۹) GENCODE ...
  • Frith MC, Bailey TL, Kasukawa T, et al. (۲۰۰۶) Discrimination ...
  • Frye M, Jaffrey SR, Pan T, et al. (۲۰۱۶) RNA ...
  • Fudenberg G, Kelley DR, Pollard KS (۲۰۲۰) Predicting ۳d genome ...
  • Gao J, Yang Y, Zhou Y (۲۰۱۸) Grid-based prediction of ...
  • Garcia-Blanco M, Baraniak AP, Lasda EL (۲۰۰۴) Alternative splicing in ...
  • Garrow AG, Agnew A, Westhead DR (۲۰۰۵) Tmb-hunt: a web ...
  • Gautam C, Ravi V (۲۰۱۴) Evolving clustering based data imputation. ...
  • Ghahramani A, Watt FM, Luscombe NM (۲۰۱۸) Generative adversarial networks ...
  • Ghotbaldini H, Mohammadabadi MR, Nezamabadi-pour H, et al. (۲۰۱۹) Predicting ...
  • Giannoulatou E, Park SH, Humphreys DT, Ho JW (۲۰۱۴) Verification ...
  • Gilpin W, Huang Y, Forger DB (۲۰۲۰) Learning dynamics from ...
  • Goffeau A, Barrell BG, Bussey H, et al. (۱۹۹۶) Life ...
  • Gogichaeva NV, Williams T, Alterman M (۲۰۰۷) Maldi tof/tof tandem ...
  • Gong L, Yu M, Jiang S, et al. (۲۰۲۱) Deep ...
  • Gong W, Kwak I-Y, Pota P, et al. (۲۰۱۸) Drimpute: ...
  • Goodfellow I, Pouget-Abadie J, Mirza M, et al. (۲۰۱۴) Generative ...
  • Grapov D, Fahrmann J, Wanichthanarak K, Khoomrung S (۲۰۱۸) Rise ...
  • Greenbaum D, Sboner A, Mu XJ, Gerstein M (۲۰۱۱) Genomics ...
  • Gui H, Li M, Sham PC, Cherny SS (۲۰۱۱) Comparisons ...
  • Gupta S, Chaudhary K, Kumar R, et al. (۲۰۱۶) Prioritization ...
  • Gusmao EG, Dieterich C, Zenke M, Costa IG (۲۰۱۴) Detection ...
  • Haenssle HA, Fink C, Schneiderbauer R, et al (۲۰۱۸) Man against ...
  • Halevy A, Norvig P, Pereira F (۲۰۰۹) The unreasonable effectiveness ...
  • Hamamoto R, Komatsu M, Takasawa K, et al. (۲۰۲۰) Epigenetics ...
  • Hansen KD, Wu Z, Irizarry RA, Leek JT (۲۰۱۱) Sequencing ...
  • Hao J, Astle W, De Iorio M, Ebbels T (۲۰۱۲) ...
  • Haque F, Li J, Wu H, et al. (۲۰۱۳) Solid-state ...
  • Harfouche AL, Jacobson DA, Kainer D, et al. (۲۰۱۹) Accelerating ...
  • Harmanci A, Gerstein M (۲۰۱۸) Analysis of sensitive information leakage ...
  • Heather J, Chain B (۲۰۱۶) The sequence of sequencers: The ...
  • Heintzman ND, Stuart RK, Hon G, el al. (۲۰۰۷) Distinct ...
  • Heitjan DF (۱۹۹۷) Annotation: what can be done about missing ...
  • Hejase H, Chan CY (۲۰۱۵) Improving drug sensitivity prediction using ...
  • Heje Grønbech C, Vording MF, Timshel PN, et al. (۲۰۲۰) ...
  • Hill ST, Kuintzle R, Teegarden A, et al. (۲۰۱۸) A ...
  • Hillenkamp F, Karas M, Beavis R, Chait B (۱۹۹۱) Matrix-assisted ...
  • Hinton GE, Osindero S, Teh YW (۲۰۰۶) A fast learning ...
  • Hinton GE, Salakhutdinov RR (۲۰۰۶) Reducing the dimensionality of data ...
  • Hiranuma N, Lundberg SM, Lee SI (۲۰۱۹) AIControl: replacing matched ...
  • Hochreiter S, Schmidhuber J (۱۹۹۷) Long short-term memory. Neural Comput ...
  • Hoffman MM, Buske OJ, Wang J, et al. (۲۰۱۲) Unsupervised ...
  • Holder LB, Haque MM, Skinner MK (۲۰۱۷) Machine learning for ...
  • Huang L, Liao L, Wu CH (۲۰۱۸) Completing sparse and ...
  • Huang S, Cai N, Pacheco PP, et al. (۲۰۱۸) Applications of ...
  • Huang S, Chaudhary K, Garmire LX (۲۰۱۷) More is better: ...
  • Husson F, Josse J (۲۰۱۳) Handling missing values in multiple ...
  • Ideker T, Galitski T, Hood L (۲۰۰۱) A new approach ...
  • Ionita-Laza I, McCallum K, Xu B, Buxbaum JD (۲۰۱۶) A ...
  • Israelsen BW, Ahmed NR (۲۰۱۹) dave...i can assure you...that it’s ...
  • Jacobson MP, Pincus DL, Rapp CS, et al. (۲۰۰۴) A ...
  • Jafari Ahmadabadi SAA, Askari-Hemmat H, Mohammadabadi M, et al. (۲۰۲۳) ...
  • Jaganathan K, Panagiotopoulou SK, McRae JF, et al. (۲۰۱۹) Predicting ...
  • Jha A, Gazzara MR, Barash Y (۲۰۱۷) Integrative deep models ...
  • Jha K, Doshi A, Patel P, Shah MA (۲۰۱۹) Comprehensive ...
  • Joly Y, Feze IN, Song L, Knoppers BM (۲۰۱۷) Comparative ...
  • Josse J, Husson F (۲۰۱۶) Missmda: a package for handling ...
  • Ju S, Lim H, Heo J (۲۰۱۹) Machine Learning Approaches ...
  • Jumper J, Evans R, Pritzel A, et al. (۲۰۲۱) Highly ...
  • Kabsch W, Sander C (۱۹۸۳) Dictionary of protein secondary structure: ...
  • Kahles A, Lehman KV, Toussaint SC, et al. (۲۰۱۸) Comprehensive ...
  • Kalinin AA, Higgins GA, Reamaroon N, et al. (۲۰۱۸) Deep ...
  • Kalkatawi M, Rangkuti F, Schramm M, et al. (۲۰۱۲) Dragon ...
  • Kang YJ, Yang DC, Kong L, et al. (۲۰۱۷) CPC۲: ...
  • Kelchtermans P, Bittremieux W, Grave KD, et al. (۲۰۱۳) Machine learning ...
  • Kelley DR, Reshef YA, Bileschi M, et al. (۲۰۱۸) Sequential ...
  • Kelley DR, Snoek J, Rinn JL (۲۰۱۶) Basset: learning the ...
  • Khodayari A, Maranas CD (۲۰۱۶) A genome-scale escherichia coli kinetic ...
  • Khorshidi M, Mohammadabadi MR, Esmailizadeh AK, et al. (۲۰۱۹) Comparison ...
  • Killoran N, Lee LJ, Delong A, et al. (۲۰۱۷) Generating ...
  • Kim H, Park H (۲۰۰۳) Protein secondary structure prediction based ...
  • Kim J, Tae D, Seok J (۲۰۲۰) A survey of ...
  • Kim M, Gilley JE (۲۰۰۸) Artificial Neural Network Estimation of ...
  • Kircher M, Witten DM, Jain P, et al. (۲۰۱۴) A general ...
  • Kitano H (۲۰۰۲). Systems biology: a brief overview. Science ۲۹۵, ...
  • Klyushin D, Tymoshenko A (۲۰۲۱) Optimization of Drip Irrigation Systems ...
  • Koh PW, Pierson E, Kundaje A (۲۰۱۷) Denoising genome-wide histone ...
  • Koike A, Takagi T (۲۰۰۴) Prediction of protein-protein interaction sites ...
  • Kong L, Zhang Y, Ye ZQ, et al. (۲۰۰۷) CPC: ...
  • Kramer MA (۱۹۹۱) Nonlinear principal component analysis using autoassociative neural ...
  • Kristensen LS, Andersen MS, Stagsted LVW, et al. (۲۰۱۹) The ...
  • Lal A, Chiang ZD, Duarte FM, et al. (۲۰۲۱) Deep ...
  • Lander E, Linton LM, Birren B, et al. (۲۰۰۱) Initial ...
  • Landgrebe T, Paclík P, Tax DM, et al. (۲۰۰۴) Cost-basedmclassifier ...
  • Lawlor B, Walsh P (۲۰۱۵) Engineering bioinformatics: building reliability, performance ...
  • Lazar C, Meganck S, Taminau J, et al. (۲۰۱۳) Batch ...
  • Le NQK, Ho QT, Nguyen TTD, Ou YYA (۲۰۲۱) Transformer ...
  • LeCun Y, Bengio Y, Hinton G (۲۰۱۵) Deep learning. Nature ...
  • LeCun Y, Buttou L, Bengio Y, Haffner P (۱۹۹۸) Gradient-based ...
  • Lehner B (۲۰۱۳) Genotype to phenotype: lessons from model organisms ...
  • Leoni G, Le Pera L, Ferrè F, et al. (۲۰۱۱) ...
  • Leprevost FDV, Barbosa VC, Francisco EL, et al. (۲۰۱۴) On ...
  • Leung M, Delong A, Frey B (۲۰۱۷) Inference of the ...
  • Leung MK, Xiong HY, Lee LJ, Frey BJ (۲۰۱۴) Deep ...
  • Li A, Zhang J, Zhou Z. PLEK (۲۰۱۴) A tool ...
  • Li H, Giger ML, Huynh BQ, Antropova N (۲۰۱۷) Deep ...
  • Li VR, Zhang Z, Troyanskaya OG (۲۰۲۱) CROTON: an automated ...
  • Li WV, Li JJ (۲۰۱۸) An accurate and robust imputation ...
  • Li Y, Huang Ch, Ding L, et al. (۲۰۱۹) Deep ...
  • Liakos KG, Busato P, Moshou D, et al. (۲۰۱۸) Machine ...
  • Libbrecht MW, Stafford Noble W (۲۰۱۵) Machine learning applications in ...
  • Lin D, Bonora G, Yardimci GG, Noble WS (۲۰۱۹) Computational ...
  • Linaza MT, Posada J, Bund J, et al. (۲۰۲۱) Data-Driven ...
  • Little R, Rubin D (۱۹۸۷) Statistical Analysis with Missing Data. ...
  • Liu H, Han H, Li J, Wong L (۲۰۰۵) DNAFSMiner: ...
  • Liu J, Gough J, Rost B (۲۰۰۶) Distinguishing protein-coding from ...
  • Liu X (۲۰۱۷) Deep recurrent neural network for protein function ...
  • Louhimo R, Hautaniemi S (۲۰۱۱) CNAmet: an R package for ...
  • Love MI, Huber W, Anders S (۲۰۱۴) Moderated estimation of ...
  • Lowe R, Shirley N, Bleackley M, et al. (۲۰۱۷) Transcriptomics ...
  • Ma J, Yu MK, Fong S, et al. (۲۰۱۸) Using ...
  • Machnicka MA, Milanowska K, Oglou OO, et al. (۲۰۱۳) Modomics: ...
  • Mahmud M, Kaiser MS, McGinnity TM, Hussain A (۲۰۲۱) Deep ...
  • Mahto AK, Alam MA, Biswas R, et al. (۲۰۲۱) Short-Term ...
  • Malarvizhi MR, Thanamani AS (۲۰۱۲) K-nearest neighbor in missing data ...
  • Malta TM, Sokolov A, Gentles AJ, et al. (۲۰۱۸) Machine ...
  • Maniatis T, Tasic B (۲۰۰۲) Alternative pre-mRNA splicing and proteome ...
  • Marbaniang CN, Vogel J (۲۰۱۶). Emerging roles of RNA modifications ...
  • Marchetti CF, Ugena L, Humplík JF, et al. (۲۰۱۹) A ...
  • Margulies M, Egholm M, Altman WE, et al. (۲۰۰۵) Genome ...
  • Martens D, Baesens B, Van Gestel T, Vanthienen J (۲۰۰۷) ...
  • Martin AR, Kanai M, Kamatani Y, et al. (۲۰۱۹) Clinical ...
  • Masoudzadeh SH, Mohammadabadi MR, Khezri A, et al. (۲۰۲۰). Dlk۱ ...
  • Mathlin J, Le Pera L, Colombo T (۲۰۲۰) A census ...
  • Matias FI, Caraza-Harter MV, Endelman JB (۲۰۲۰) FIELDimageR: An R ...
  • McCarthy J, Minsky M, Rochester N, Shannon CEA (۲۰۰۶) Proposal ...
  • McInnes L, Healy J, Melville J (۲۰۱۸) Umap: Uniform manifold ...
  • McIntyre LM, Lopiano KK, Morse AM, et al. (۲۰۱۱) RNA-seq: ...
  • Meyer KD, Saletore Y, Zumbo P, et al. (۲۰۱۲) Comprehensive ...
  • Mikolov T, Chen K, Corrado G, Dean J (۲۰۱۳) Efficient ...
  • Miotto R, Wang F, Wang S, et al. (۲۰۱۸) Deep ...
  • Mogili UR, Deepak BBVL (۲۰۱۸) Review on Application of Drone ...
  • Mohamadipoor L, Mohammadabadi M, Amiri Z, et al. (۲۰۲۱) Signature ...
  • Mohammadabadi M, Golkar A, Askari Hesni M (۲۰۲۳) The effect ...
  • Mohammadabadi M, Masoudzadeh SH, Khezri A, et al. (۲۰۲۱) Fennel ...
  • Mohd NFN, Ahamed HMNH, Abdullah R, et al. (۲۰۲۲) A ...
  • Mollet I, Ben-Dov C,Felicio-Silva D, et al. (۲۰۱۰) Unconstrained mining ...
  • Montavon G, Samek W, Müller KR (۲۰۱۸) Methods for interpreting ...
  • Morozova O, Marra MA (۲۰۰۸) Applications of next-generation sequencing technologies ...
  • Muzio G, O’Bray L, Borgwardt K (۲۰۲۱) Biological network analysis ...
  • Myszczynska MA, Ojamies PN, Lacoste AMB, et al. (۲۰۲۰) Applications ...
  • Nagano T, Fraser P (۲۰۱۱) No-Nonsense Functions for Long Noncoding ...
  • Nagashima T, Yamaguhi K, Urakami K, et al. (۲۰۲۰) Japanese ...
  • Nguyen SP, Li Z, Xu D, Shang Y (۲۰۱۷) New ...
  • NIH (۲۰۲۰) The Cancer Genome Atlas - Cancer Genome – ...
  • Noguera-Solano R, Ruiz-Gutiérrez R, Rodriguez-Caso JM (۲۰۱۳) Genome: twisting stories ...
  • Norman TM, Horlbeck MA, Replogle JM, et al. (۲۰۱۹) Exploring genetic ...
  • Nounou M, Nounou H, Meskin N, Datta A (۲۰۱۲) Wavelet-based ...
  • Nounou MN, Nounou HN, Mansouri M (۲۰۱۳) Model-based and model-free ...
  • Ostrovsky-Berman M, Frankel B, Polak P, Yaari G (۲۰۲۱) Immune۲vec: ...
  • Ozata DM, Gainetdinov I, Zoch A, et al. (۲۰۱۹) PIWI ...
  • Paeng K, Hwang S, Park S, Kim MA (۲۰۱۷) Unified ...
  • Pandey DK, Chaudhary B (۲۰۱۶) Domestication-Driven Gossypium Profilin ۱ (GhPRF۱) ...
  • Pandey DK, Chaudhary B (۲۰۲۱) Transcriptional Loss of Domestication-Driven Cytoskeletal ...
  • Paraforos DS, Vassiliadis V, Kortenbruck D, et al. (۲۰۱۶) A ...
  • Park Y, Kellis M (۲۰۱۵) Deep learning for regulatory genomics. ...
  • Partel V, Costa L, Ampatzidis Y (۲۰۲۱) Smart Tree Crop ...
  • Patti G, Yanes Ó, Siuzdak G (۲۰۱۲) Innovation: Metabolomics: the ...
  • Paulsen J, Sekelja M, Oldenburg AR, et al. (۲۰۱۷) Chrom۳d: ...
  • Pazouki E (۲۰۲۱) A Practical Surface Irrigation Design Based on ...
  • Pellegrini M, Baglioni M, Geraci F (۲۰۱۶) Protein complex prediction ...
  • Perez E, Capper D (۲۰۲۰) Invited review: Dna methylation-based classification ...
  • Petrazzini BO, Naya H, Lopez-Bello F, et al. (۲۰۲۱) Evaluation ...
  • Pian C, Zhang G, Chen Z, et al. (۲۰۱۶) LncRNApred: ...
  • Pomyen Y, Wanichthanarak K, Poungsombat P, et al. (۲۰۲۰) Deep ...
  • Poplin R, Chang PC, Alexander D, et al. (۲۰۱۸) A universal ...
  • Pour Hamidi S, Mohammadabadi MR, Asadi Foozi M, Nezamabadi-pour H ...
  • Qi H, Zhang H, Zhao Y, et al. (۲۰۲۱) Mvp: ...
  • Qin Q, Feng J (۲۰۱۷) Imputation for transcription factor binding ...
  • Quang D, Xie X, Dan Q (۲۰۱۶) a hybrid convolutional ...
  • Ragoza M, Hochuli J, Idrobo E, et al. (۲۰۱۷) Protein-ligand ...
  • Raissi M, Perdikaris P, Karniadakis E (۲۰۱۹) Physics-informed neural networks: ...
  • Rao RR, Makkithaya K (۲۰۱۷) Learning from a class imbalanced ...
  • Ravanbakhsh S, Liu P, Bjordahl TC, et al. (۲۰۱۵) Accurate, ...
  • Ravi D, Wong Ch, Deligianni F, et al. (۲۰۱۷) Deep learning ...
  • Razin A, Cedar H (۱۹۹۱) DNA methylation and gene expression. ...
  • Richardson S, Tseng GC, Sun W (۲۰۱۶) Statistical methods in ...
  • Rifaioglu AS, Dog˘an T, Martin MJ, et al. (۲۰۱۹) Deepred: ...
  • Rives A, Meier J, Sercu T, et al. (۲۰۲۱) Biological ...
  • Rokach L, Maimon O (۲۰۱۴) Data mining with decision trees ...
  • Rosenblatt F (۱۹۵۸) The perceptron: A probabilistic model for information ...
  • Rost B, Sander C (۱۹۹۳) Secondary structure prediction of all-helical ...
  • Saad OM, Chen Y (۲۰۲۰) Deep denoising autoencoder for seismic ...
  • Safaei SMH, Dadpasand M, Mohammadabadi M, et al. (۲۰۲۲) An ...
  • Salakhutdinov R, Hinton G (۲۰۰۹) Deep Boltzmann machines. Proc ۲۰th ...
  • Salamov A, Solovyev V (۱۹۹۷) Recognition of ۳’-processing sites of ...
  • Salekin S, Mostavi M, Chiu Y, et al. (۲۰۲۰) Predicting ...
  • Saletore Y, Meyer K, Korlach J, et al. (۲۰۱۲) The ...
  • Salovska B, Zhu H, Gandhi T, et al. (۲۰۲۰) Isoform-resolved ...
  • Samek W, Müller KR (۲۰۱۹) Towards explainable artificial intelligence. In ...
  • Sánchez-Vega F, Mina M, Armenia J, et al. (۲۰۱۸) Oncogenic ...
  • Sanger F, Air GM, Barrell BG, et al. (۱۹۷۷) Nucleotide ...
  • Sanger F, Nicklen S, Coulson A (۱۹۹۷) DNA sequencing with ...
  • Schena M, Shalon D, Davis RW, Brown PO (۱۹۹۵) Quantitative ...
  • Schmidhuber J (۲۰۱۵) Deep learning in neural networks: An overview. ...
  • Schneider EA, Hugo WA (۲۰۱۷) Support Vector Machine based method ...
  • Schwessinger R, Gosden M, Downes D, et al. (۲۰۲۰) Deepc: ...
  • Seemann T (۲۰۱۳) Ten recommendations for creating usable bioinformatics command ...
  • Segal E, Fondufe-Mittendorf Y, Chen L, et al. (۲۰۰۶) A ...
  • Senior AW, Evans R, Jumper J, et al. (۲۰۲۰) Improved ...
  • Serra F, Bau D, Goodstadt M et al. (۲۰۱۷) Automatic ...
  • Seyhan K, Nguyen TN, Akleylek S, et al. (۲۰۲۱) Bi-GISIS ...
  • Shah G, Shah A, Shah M (۲۰۱۹) Panacea of Challenges ...
  • Sharma R, Kumar N, Sharma BB (۲۰۲۲) Applications of Artificial ...
  • Shen R, Olshen AB, Ladanyi M (۲۰۰۹) Integrative clustering of ...
  • Shen S, Park JW, Huang J, et al. (۲۰۱۲) MATS: ...
  • Shokri S, Khezri A, Mohammadabadi M, Kheyrodin H (۲۰۲۳) The ...
  • Sidore C, Busonero F, Maschio A, et al. (۲۰۱۵) Genome ...
  • Silver D, Huang A, Maddison CJ, et al. (۲۰۱۶) Mastering ...
  • Sønderby SK, Winther O (۲۰۱۵) Protein secondary structure prediction with ...
  • Song B, Li Z, Lin X, et al. (۲۰۲۱) Pretraining ...
  • Sonsare PM, Gunavathi C (۲۰۱۹) Investigation of machine learning techniques ...
  • Spanaki K, Karafili E, Sivarajah U, et al. (۲۰۲۲) Artificial ...
  • Spencer M, Eickholt J, Cheng J (۲۰۱۵) A deep learning ...
  • Stark R, Grzelak M, Hadfield J (۲۰۱۹) RNA sequencing: the ...
  • Stathias V, Turner J, Koleti A, et al. (۲۰۲۰) Lincs ...
  • Stormo GD, Schneider TD, Gold L, Ehrenfeucht A (۱۹۸۲) Use ...
  • Strombom D, King AJ (۲۰۱۸) Robot collection and transport of ...
  • Stueve TR, Marconett CN, Zhou B, et al. (۲۰۱۶) The ...
  • Swan AL, Mobasheri A, Allaway D, Liddell S, Bacardit J ...
  • Sweeney L (۲۰۰۲) k-anonymity: A model for protecting privacy. Int ...
  • Sweeney L, Abu A, Winn J (۲۰۱۳) Identifying participants in ...
  • Szappanos B, Kovács K, Szamecz B, et al. (۲۰۱۱) An integrated ...
  • Tabaska JE, Zhang M (۱۹۹۹) Detection of polyadenylation signals in ...
  • Talavera D, Kershaw CJ, Costello JL, et al. (۲۰۱۸) Archetypal ...
  • Talaviya T, Shah D, Patel N, et al. (۲۰۲۰) Implementation ...
  • TCGA ۲۰۲۰. The Cancer Genome Atlas Program. Cancer Genome. National ...
  • Thornton PK (۲۱۰) Livestock production: recent trends, future prospects. Philos ...
  • van Agthoven MA, Lam YPY, O’Connor P, et al. (۲۰۱۹) ...
  • van Buuren S (۲۰۱۸) Flexible imputation of missing data. CRC ...
  • van der Maaten L, Hinton G (۲۰۰۸) Visualizing data using ...
  • van Hulse J, Khoshgoftaar TM, Napolitano A, Wald R (۲۰۱۲) ...
  • van IJzendoorn DG, Szuhai K, Brujin IHB, et al. (۲۰۱۹) ...
  • Vaswani A, Shazeer N, Parmar N, et al. (۲۰۱۷) Attention ...
  • Velculescu VE, Zhang L, Vogelstein B, Kinzler KW (۱۹۹۵) Serial ...
  • Velculescu VE, Zhang L, Zhou W, et al. (۱۹۹۷) Characterization ...
  • Vincent P, Larochelle H, Bengio Y, Manzagol PA (۲۰۰۸) Extracting ...
  • Vincent P, Larochelle H, Lajoie I, et al. (۲۰۱۰) Stacked ...
  • Vlahou A, Schorge JO, Gregory BW, Coleman RL (۲۰۰۳) Diagnosis ...
  • Voillet V, Besse P, Liaubet L, et al. (۲۰۱۶) Handling ...
  • Voulodimos A, Doulamis N, Doulamis A, Protopapadakis E (۲۰۱۸) Deep ...
  • Wainberg M, Merico D, Delong A, Frey BJ (۲۰۱۸) Deep ...
  • Wan F, Li S, Tian T, et al. (۲۰۲۰) Exp۲sl: ...
  • Wang B, Mezlini AM, Demir F, et al. (۲۰۱۴) Similarity ...
  • Wang E, Sandberg R, Khrebtukova I, et al. (۲۰۰۸) Alternative ...
  • Wang J, Agarwal D, Huang M, et al. (۲۰۱۹) Data ...
  • Wang J, Xie X, Shi J, et al. (۲۰۲۰) Denoising ...
  • Wang L, Park HJ, Dasari S, et al. (۲۰۱۳) CPAT: ...
  • Wang P, Liu X, Berzin TM, et al. (۲۰۲۰) Effect ...
  • Wang S, Peng J, Ma J, Xu J (۲۰۱۶) Protein ...
  • Wang Y, Liu T, Xu D, et al. (۲۰۱۶) Predicting ...
  • Wang Y, Mao H, Yi Z (۲۰۱۷) Protein secondary structure ...
  • Wang Y, Zhang X-S, Chen L (۲۰۱۸) Integrating data- and ...
  • Wang Z, Gerstein M, Snyder M (۲۰۱۰) RNA-Seq: a revolutionary ...
  • Way GP, Allaway RJ, Bouley SJ, et al. (۲۰۱۷) A ...
  • Weiss R (۲۰۱۰) Bayesian methods for data analysis. Am J ...
  • Werner S, Schmidt L, Marchand V, et al. (۲۰۲۰) Machine ...
  • Wilkins M, Sanchez JC, Gooley AA, et al. (۱۹۹۶) Progress ...
  • Williams RJ, Zipser D (۱۹۸۹) A learning algorithm for continually ...
  • Wolff J, Pauling J, Keck A, Baumbach J (۲۰۲۰) The ...
  • Woloszynek S, Zhao Z, Chen J, Rosen G (۲۰۱۹) ۱۶s ...
  • Wu C, Alwine J (۲۰۰۴) Secondary structure as a functional ...
  • Wu C, Zhou F, Ren J, et al. (۲۰۱۹) A ...
  • Wu ST, Roberts K, Datta S, et al. (۲۰۲۰) Deep ...
  • Wu Y, Schuster M, Chen Z, et al. (۲۰۱۶) Google’s ...
  • Xia Z, Li Y, Zhang B, et al. (۲۰۱۹) Deerect-polya: ...
  • Xu J, Yang P, Xue S, et al. (۲۰۱۹) Translating ...
  • Yang J, Lodgher A (۲۰۱۹) Fundamental defensive programming practices with ...
  • Yang Y, Sun H, Zhang Y, et al. (۲۰۲۱) Dimensionality ...
  • Yates JA (۲۰۱۱) A century of mass spectrometry: from atoms ...
  • Yaxley KJ, Joiner KF, Abbass H (۲۰۲۱) Drone approach parameters ...
  • Yazdani A, Lu L, Raissi M, Karniadakis GE (۲۰۲۰) Systems ...
  • Yousefi S, Amrollahi F, Amgad M, et al. (۲۰۱۷) Predicting ...
  • Yu MK, Kramer M, Dutkowski J, et al. (۲۰۱۶) Translation of ...
  • Yuan Y, Liang Y, Yi L, et al. (۲۰۰۸) Uncorrelated ...
  • Yuan Y. Li C, Kim J, et al. (۲۰۱۶) Deepgene: ...
  • Yue T, Wang H (۲۰۱۸) Deep learning for genomics: A ...
  • Zampieri G, Vijayakumar S, Yaneske E, Angione C (۲۰۱۹) Machine ...
  • Zeng L, Das S, Burne RA (۲۰۱۰) Utilization of lactose ...
  • Zhang F, Song H, Zeng M, et al. (۲۰۱۹) Deepfunc: ...
  • Zhang G, Zeng T, Dai Z, Dai X (۲۰۲۱) Prediction ...
  • Zhang L, Qin X, Liu M, et al. (۲۰۲۱) DNN-m۶A: ...
  • Zhang S, Li Q, Liu J, Zhou XJ (۲۰۱۱) A ...
  • Zhang Y, An L, Yue F, Hardison RC (۲۰۱۶) Jointly ...
  • Zhang Z, Pan Z, Ying Y, et al. (۲۰۱۹) Deep-learning ...
  • Zhang Z, Wu S, Stenoien D, Pasa-Tolic L (۲۰۱۴) High-throughput ...
  • Zhang Z, Zhao Y, Liao X, et al. (۲۰۱۹) Deep ...
  • Zhao B, Rubinstein BI, Gemmell J, Han J (۲۰۱۲) A ...
  • Zhou Y, Xia Q, Zhang Z, et al. (۲۰۲۲) Artificial ...
  • Zhou Y, Zeng P, Li Y-H, et al. (۲۰۱۶) Sramp: ...
  • Zhou ZH, Jiang Y, Chen SF (۲۰۰۳) Extracting symbolic rules ...
  • Zitnik M, Agrawal M, Leskovec J (۲۰۱۸) Modeling polypharmacy side ...
  • Zou J, Huss M, Abid A, et al. (۲۰۱۹) A ...
  • نمایش کامل مراجع