طراحی واکسن چند اپیتوپی به روش واکسینولوژی معکوس علیه SARS-COV-۲

وقوع جهشها در ژنوم جدایه اولیه SARS-CoV-۲ سبب به وجود آمدن واریانتهای نگران کننده (VOCs) شد. بطوریکه تعداد مبتلایان به COVID-۱۹ در چین از هفته چهارم نوامبر ۲۰۲۲ افزایش یافت. در این پژوهش با استفاده از روش واکسینولوژی معکوس یک واکسن زیرواحد چند اپیتوپی جهت مقابله با VOCs طراحی شد. پروتئوم جدایه اولیه SARS-CoV-۲ (شناسه پروتئوم: (UP۰۰۰۴۶۴۰۲۴ شامل ۱۷ پروتئین از پایگاه داده Uniprot و پروتئوم واریانتهای نگران کننده (VOCs) شامل سویه های B.۱.۱.۷، B.۱.۳۵۱، P.۱، B.۱.۶۱۷.۲ و B.۱.۱.۵۲۹ از پایگاه داده NCBI دریافت و پس از ۸ مرحله غربالگری، پروتئینهای S، ORF۸ و ORF۷a به انتخاب شدند. این ۸ مرحله شامل مکانیابی زیرسلولی، پیشبینی تعداد هلیکسهای تراغشایی، بررسی میزان شباهت پروتئینهای ویروسی با پروتئینهای میزبان، خصوصیات فیزیکی و شیمیایی، پیشگویی ساختار دوم و انحلال پذیری، دارابودن سیگنال پپتید، بررسی ایمنی زایی و حساسیت زایی و موتیفهای BetaWrap است. پس از غربالگری اپیتوپهای MHC I، MHC II و لنفوسیت های B در پپتیدهای کاندید بررسی شد. ده اپیتوپ HTL، ۶ اپیتوپ لنفوسیت B، ۱۱ اپیتوپ CTL حفاظت شده از پروتئینهای S، ORF۷a و ORF۸ انتخاب و به کمک لینکرهای AAY، GPGPG و KK به یکدیگر متصل شدند. توالی -defensin و Pan- HLA DR به انتهای N و سپس توالی TAT به انتهای C پپتید اضافه شدند. در انتها پپتیدی با طول ۴۸۴ آمینواسید، فاقد حساسیت زایی به دست آمد. امتیاز این پپتید در ابزار آنلاین Qmean برابر ۰/۲۶ است. بنابراین پپتید موردنظر میتواند در برابر VOCs ایمنی زایی داشته باشد.

کلیدواژه ها:

کووید-۱۹ ، واریانتهای نگران کننده ، واکسن چند اپیتوپی زیرواحدی ، واکسینولوژی معکوس