PROTEIN SECONDARY STRUCTURE ASSIGNMENT USING FUZZY LOGIC

سال انتشار: 1389
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: انگلیسی
مشاهده: 1,363

فایل این مقاله در 11 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

این مقاله در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

ICFUZZYS10_067

تاریخ نمایه سازی: 9 شهریور 1391

چکیده مقاله:

The automatic assignment of the protein secondary structure from three dimensional coordinates is an essential step in the characterization of protein structure. There are several methods for assigning secondary structurefrom the three-dimensional structure based on different definitions. We developed a new algorithm for the protein secondary structure assignment, using fuzzy logic based on backbone angles. In this method, we assign a non negative number ranging from zero to one hundred to each residue to express the membership degree for being in a helix or betastrand. This method can be converted to the classical methods whenever we assume that any residue with membership degree greater than a selected cutoff be in a helix or beta strand structure. Comparison of the results with structures reported in PDB, DSSP and STRIDE for 4843 proteins show that our algorithm works as well as other classical methods. Also using fuzzy assignment in protein structural alignment, can lead us to an accurate results. FAssign is an online tool with a user-friendly interface, for assignment of proteins based on fuzzy assignment method(http://bioinf.cs.ipm.ir/softwares/fassign).

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • _ _ collection centers for distanc and incentive dependent return, ...
  • Demirel, N _ GGlkcen, H, A mixed integer programming model ...
  • _ bi-objective _ logistics network، nalysis for post-sae service, Computers ...
  • Ko, H aand Evans, G, A genetic algo rithm-based heuristic ...
  • _ _ approach to logistics network _ computer product _ ...
  • Meade, L. Sarkis] and Presley, A, The theory and practice ...
  • Pishvaee, I , Z _ iraniFarahani, R and Dullaer, V, ...
  • Qin, Z and [i, X, Logistics network design for product ...
  • Srivastava , (2008) _ Network design for reverse logistics, omsga3 ...
  • نمایش کامل مراجع