بررسی برهمکنش های Diuron با جایگاه فعال آنزیم هیدروکسی فنیل پیروات دی اکسیژناز ( HPPD ) به عنوان یک ترکیب علف کش به روش بیوانفرماتیک

مقدمه: برای مبارزه با علف های هرز، استراتژی های مختلفی وجود که از مهمترین راهکارها می توان به مهار آنزیم های مسیرهای فتوسنتز ی اشاره کرد. یکی از این آنزیم های مهم هیدروکسی فنیل پیروات دی اکسیژناز (HPPD ) است، این آنزیم یک آنزیم مهم در فرآیندهای انتقال الکترون فتوسنتزی است که در صورت مهار شدن ، تشکیل رنگدانه های کارتنوئیدی درگیاه دچار مشکل میشود و درنتیجه گیاه قادر به تولید قند و انرژی نخواهد بود. دیورون به عنوان یک علف کش با نام تجاری Karmex می باشد. اهداف: هدف از این مطالعه ، بررسی انرژی اتصال و اسید آمینه های دخیل در برهم کنش ترکیب دیورون با آنزیم هیدروکسی فنیل پیروات دی اکسیژناز به روش بیوانفورماتیک میباشد. روش ها: در این پژوهش ، بعد از ترسیم ساختار ترکیب شیمیایی در نرم افزار HyperChem و بهینه سازی انرژی آن، مطالعه ی داکینگ و مشاهده جزئیات اتصال و نتیجه گیری نهایی با دو نرم افزار Discovery و AutoDockTools صورت گرفت. دستاوردها: ترکیب دیورون قادر به اتصال به جایگاه فعال آنزیم HPPD با سطح انرژی اتصال ۴.۵۷ – کیلوکالری بر مول می باشد و یک پیوند هیدروژنی با آمینو اسید PHE۳۶۰ برقرار میکند که در برهمکنش این آنزیم با کوکریستال خود این پیوند بصورت پیوند pi-sigma با این اسید آمینه است.

کلیدواژه ها:

علف کش ، دیورون ، آنزیم هیدروکسی فنیل پیروات دی اکسیژناز ، HPPD ، بیوانفرماتیک