بررسی برهم کنش مولکولی لیگاندهای سیتوکاینی موثر بر رسپوترهای لنفوسیت B با استفاده از داکینگ مولکولی

این تحقیق با هدف بررسی برهم کنش مولکولی لیگاندهای سیتوکاینی موثر بر رسپتورهای لنفوسیت B با استفاده از داکینگ مولکولی انجام شده است. به همین منظور اینترلوکین ۲ به عنوان سایتوکاین و باریسیتینیب به عنوان داروی موثر بر رسپتورهای لنفوسیت B انتخاب و اطلاعات لازم جهت انجام داکینگ ، از طریق سرورهای اطلاعاتی نظیر، PDB, ZINCdata base KEGG Drug ,Drug bank و .... جمع آوری شد. سپس داکینگ با استفاده از نرم افزار Molegro virtual Docker انجام گردید. جهت بررسی پایداری ساختار کمپلکس حاصله و نفوذ سلولی آن شبیه سازی دینامیک مولکولی با استفاده از بسته گرومکس ۱/۲۰۱۶ و فورس فیلد CHARMM۲۷ به مدت ۵۰ نانوثانیه ران شد. در طول شبیه سازی دینامیک مولکولی میانگین انحراف مربعات ریشهRMSD و میانگین نوسانات مربعات ریشه RMSF و شعاع ژیراسیونRG ، پیوندهای هیدروژنی و فاصله لیگاند و کمپلکس مورد ارزیابی قرار گرفت که نتایج حاصله نشان داد که RMSD کمپلکس و لیگاند در انتهای ۵۰ نانوثانیه دارای شیب خطی بود و باندهای هیدروژنی رو به افزایش می باشد، همچنین شعاع ژیراسیون در انتهای شبیه-سازی کمتر شد و RMSF و فاصله لیگاند به رزیدجوها نیز از ابتدای شبیه سازی کمتر شد که همگی نشان از پایداری و استحکام ساختار می دهد

کلیدواژه ها:

لیگاند سیتوکاینی ، رسپتورهای لنفوسیت ، داکینگ مولکولی ، شبیه سازی دینامیک مولکولی