شبیه سازی برهمکنش آنزیم انتگراز HIV-I با مهارکننده های آن به کمک روش دینامیک مولکولی

طراحی و استفاده از مهارکنندگان آنزیمی علیه آنزیم های ویروسی یکی از راه های نوین و کارآمد در درمان بیماری های ویروسی است. این مهارکنندگان از طریق غیرفعال کردن آنزیم های حیاتی می توانند چرخه تکثیر ویروس ها را مختل و با محدود کردن جمعیت ویروس ها از انتشار عفونت های ویروسی جلوگیری کنند. در این زمینه آنزیم انتگراز ویروس HIV-I دارای اهمیت ویژه ای است. برای انتگراز سه مهارکننده مهم معرفی شده است که عبارتند از، رالتگراویر، الویتگراویر و دولوتگراویر. در تحقیق حاضر و به منظور مطالعه مکانیسم مولکولی عملکرد این مهارکننده ها، ابتدا به کمک روش داکینگ هر کدام از مهارکننده ها در جایگاه مناسب روی آنزیم قرار داده شدند و پس از انتخاب بهترین حالت اتصال دارو در جایگاه فعال آنزیم، شبیه سازی به مدت 10 نانو ثانیه بر روی هر کدام از سیستم ها به طور جداگانه انجام شد. نتایج حاصل نشان داد که دولوتگراویر اثرات برجسته تری بر انتگراز اعمال می کند. این مهارکننده باعث کاهش انعطافپذیری پروتئین و به خصوص ناحیه ویژه لوپ در آنزیم انتگراز می گردد و این امر منجر به کاهش تمایل اتصال انتگراز به DNA ویروس می شود. بر اساس یافته های این تحقیق به نظر می رسد که ساختار دولوتگراویر می تواند مدل مناسبی برای طراحی داروهای کارآمدتر باشد.

کلیدواژه ها:

ایدز ، شبیه سازی دینامیک مولکولی ، انتگراز ، مهارکننده ها ، رالتگراویر ، الویتگراویر ، دولوتگراویر