ورود
مقالات فارسیISIکنفرانسهاژورنالها

بررسی فیلوژنتیکی جدایه های جدید ایرانی ویروس بادنای یک انجیر بر اساس ترادف ژن پروتئین حرکتی

محل انتشار: فصلنامه بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره: 9، شماره: 2
سال انتشار: 1396
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 442

فایل این مقاله در 15 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:
https://civilica.com/doc/864877

شناسه ملی سند علمی:

JR_JOAGK-9-2_008

تاریخ نمایه سازی: 20 خرداد 1398

چکیده مقاله:

بیماری موزائیک انجیر گسترش جهانی دارد و به عنوان شایع­ترین بیماری ویروسی در انجیر شناخته می­شود. یکی از مهمترین ویروس­هایی که در این بیماری نقش دارد، ویروس بادنای یک انجیر (FBV-1) می­باشد. در تحقیق حاضر، روابط فیلوژنتیکی بین جدایه­های ایرانی و سایر جدایه­های گزارش شده از این ویروس مورد بررسی قرار گرفت. با استفاده از آغازگرهای اختصاصی ژن رمز کننده پروتئین حرکتی ویروس، قطعه­ی مورد انتظار به اندازه تقریبی 1090 جفت باز از ژنوم ویروس تکثیر شد. قطعه ژنی 12 جدایه در پلاسمید pTZ57R/T همسانه و تعیین توالی شد. ترادف­های به دست آمده با ترادف­های موجود در بانک ژن مقایسه و پس از همردیف­سازی چندگانه، درخت فیلوژنتیکی بر اساس ژن پروتئین حرکتی FBV-1 ترسیم شد. بر اساس آنالیز فیلوژنتیکی، جدایه­های FBV-1 در دو گروه متمایز دسته­بندی شدند و جدایه­های ایرانی در دو زیرگروه با 99% مشابهت نوکلئوتیدی در گروه اول قرار گرفتند. در بررسی تبارزایی بر مبنای توالی اسید­آمینه­ای، جدایه های مورد بررسی در سه گروه با 99-98 % مشابهت قرار گرفتند. جدایه­های ایرانی از تنوع ژنتیکی پایین­تری در مقایسه با جدایه­های آمریکایی برخوردار بودند و شرایط جغرافیایی در تنوع ژنتیکی جدایه­های موجود تاثیر داشت.

کلیدواژه ها:

ویروس بادنای یک انجیر ، آنالیز فیلوژنتیکی ، ژن پروتئین حرکتی

نویسندگان

اطهر علی شیری

دانشجوی دکتری بیماری شناسی گیاهی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات تهران.

فرشاد رخشنده رو

استادیار گروه بیماری شناسی گیاهی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات تهران.

غلامرضا صالحی جوزانی

استاد بخش تحقیقات بیوتکنولوژی میکروبی، پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران (ABRII)، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی (AREEO)، کرج.

مسعود شمس بخش

دانشیار گروه بیماری شناسی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تربیت مدرس

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Alimoradian MR, Rakhshandehroo F, Shams-bakhsh M (2014). First record of ...
  • Alimoradin MR, Rakhshandehroo F, Shams-bakhsh M (2016). Prevalence and phylogenetic ...
  • Alishiri A, Rakhshandehroo F, Salehi Jouzani GH, Shams-bakhsh M (2016). ...
  • Blodgett EC, Gomec B (1967). Fig mosaic. Plant Disease Reports ...
  • Caglayan K, Medina V, Yigit A, Kaya K, Gazel M, ...
  • Castellano MA, Gattoni G, Minafra A, Conti M, Martelli GP ...
  • Condit IJ, Home WT (1933). A mosaic of the fig ...
  • Danesh-Amuz S, Rakhshandehroo F, Rezaee S (2014). Prevalence and genetic ...
  • Dellaporta SL, Wood JY, Hicks JB (1983). A plant DNA ...
  • Elbeaino T, Kubaa RA, Digiaro M, Minafra A, Martelli GP ...
  • Elbeaino T, Digiaro M, Martelli GP (2011b). Complete sequence of ...
  • Elbeaino T, Digiaro M, Martelli GP (2012). RNA-5 and - ...
  • F.A.O (2013). F.A.O. FAOSTAT. Preliminary 2011 Production Data. Statistical Data. ...
  • Gattoni G, Minafra A, Castellano MA, De Stradis A, Boscia ...
  • Geering ADW, Hull R (2012). Caulimoviridae.  In Virus Taxonomy: Classification ...
  • Huang X, Madan A (1999). CAP3: A DNA sequence assembly ...
  • King AMQ, Adams MJ, Carstens EB, Lefkowitz EJ (2011). Virus ...
  • Laney AG, Hassan M, Tzanetakis IE (2012). An integrated badnavirus ...
  • Minafra A, Chiumenti M, Elbeaino T, Digiaro M, Bottalico G, ...
  • Nei M, Kumar S (2000). Molecular evolution and phylogenetic. Oxford ...
  • Pearson WR, Lipman DJ (1988). Improved tools for biological sequence ...
  • Raybould AF, Maskell LC, Edwards ML, Cooper JI, Gray AJ ...
  • Saitou N, Nei M (1987). The neighbor-joining method: a new ...
  • Sambrook J, Russell DW (2001). Molecular cloning: a laboratory manual, ...
  • Shahmirzaie M, Rakhshandehroo F, Zamanizadeh HR, Elbeaino T (2012). Current ...
  • Tamura K, Stecher G, Peterson D, Filipski A, Kumar S ...
  • Tzanetakis I, Martin R (2010). New viruses found in fig ...
  • Walia JJ, Salem NM, Falk BW (2009). Partial sequence and ...
  • Watson L, Dallwitz MJ (2004). The families of flowering plants: ...
    • نمایش کامل مراجع