شناسایی سریع باکتری های ریزوسفری بر اساس ژن 16srRNA با استفاده از روش بیوانفورماتیکی BIBI

در میان باکتری های ریزوسفری محرک رشد گیاه ) PGRP ( توجه زیادیبه باکتری های جنس ازتوباکتر و نقش آنها در افزایش رشد و سالمتگیاه شده است. با توجه به اهمیت این باکتری ها تلاش های زیادی برایشناسایی و استفاده از آنها صورت گرفته است، ولی تا کنون گزارشی مبنیبر شناسایی مولکولی این باکتری در کشور ارائه نشده است. در این تحقیقتعداد 15 نمونه خاک ریزوسفری از عمق 10 الی 30 سانتی متری مزارعتحت کشت گندم در استان های مختلف کشور جمع آوری گردید. بهمنظور جداسازی ایزوله ها از محیط کشت اختصاصی Jensen و خالصسازی آنها بر روی این محیط کشت استفاده گردید. شناسایی جدایه ها بااستفاده از ژن 16S rRNA و بر اساس ابزار بیوانفورمات کیی BIBI صورتگرفت. بدین منظور پس از استخراج DNA ژنومی ایزوله های جداسازیشده و تکثیر توالی 1500 جفت بازی این ژن با استفاده از پرایمرهایعمومی 27f و 1495r ، ناحیه تکثیر شده توالی یابی گردید. سپس توالیسویه مورد نظر با توالی سویه های ذخیره شده در بانک اطلاعات ژنی تطبیق داده شد و فاصله فیلوژنت کی آنها مشخص گردید. به منظور بررسیفاصله فیلوژنت کی از ابزار بیوانفورمات کیی BIBI که برای شناسایی باکتریها با استفاده از آنالیز توالی DNA طراحی شده است، استفاده گردید.این ابزار به طور همزمان از دو نرم افزار Blast و Clustal W استفادهمی کند و نتایج را به صورت 3 فایل متفاوت: ) 1( هم ترازی توالی، ) 2(درخت فیلوژنت کی و ) 3( فاصله های فیلوژنت کی ارائه می کند. در نهایتپس از ترسیم درخت فیلوژنت کیی مشخص شد که سویه مورد نظر متعلقبه جنس ازتوباکتر و گونه کروکوکوم می باشد. این مقایسه ارتباط میانم کیروارگانیسم ها را در سطح جنس در تمام شاخه های اصلی باکتریمشخص می سازد. علاوه بر این با ترسیم درخت فیلوژنت کی و تع یینفاصله فیلوژنت کی، سویه ها در سطح گونه نیز طبقه بندی خواهند شد.

کلیدواژه ها:

ازتوباکتر ، PGRP ، ژن 16SrRNA BIBI