امکان تعیین ریز ماهواره های (میکروستلایت) عقرب آندراکتونوس کراسیکودا با استفاده از داده های ترانسکریپتومی

در حال حاضر نشانگرهای ریزماهواره به دلیل پوشش مناسب ژنومی و تکرارپذیری بالا یکی از بهترین و کاملترین ابزارهای مولکولی در بررسی تنوع ژنتیکی به شمار می آیند. این توالی ها عموما از چندشکلی بالایی برخوردار هستند و در نواحی کدکننده و غیرکدکننده ژنوم موجودات مختلف حضور دارند. ریزماهواره ها یا توالی های ساده تکراری (SSRs)، تکرارهای پشت سر هم متشکل از یک تا شش جفت نوکلئوتید هستند که می توانند در هر نقطه از کل ژنوم یافت شوند. نشانگرهای توالی ساده تکراری برای عقرب آندراکتونوس کراسیکودا تاکنون گزارش نشده اند. لذا این مطالعه با هدف شناسایی نشانگرهای توالی ساده تکراری مربوط به عقرب اندراکتونوس کراسیکودا با استفاده از داده های RNA-Seq انجام شد. سرهمبندی رونوشتها توسط برنامه Trinity، در مجموع ۷۴۴۸۰۴ ترانسکریپت و ۵۶۳۵۲۶ یونی ژن ایجاد کرد. در این مطالعه، بررسی ۹۵۲۷۲۵ توالی به وسیله نرم افزار FullSSR، منجر به شناسایی تعداد ۳۱۵۳۹۵ نشانگر SSR شد. در میان SSRها، تکرارهای دو و سه نوکلئوتیدی به ترتیب با ۷۱.۸۵ درصد و ۲۲.۳۶ درصد بیشترین تعداد تکرار را به خود اختصاص دادند. به طور کلی، نتایج این تحقیق نشان داد که با استفاده از داده های RNA-Seq می توان ریزماهواره های جدید را یافت که برای شناخت ساختار جمعیت و بررسی تنوع ژنتیکی عقرب اندراکتونوس کراسیکودا می تواند مفید باشد.

کلیدواژه ها:

آندراکتونوس کراسیکودا ، ترانسکریپتوم ، ریزماهواره ، عقرب