شناسایی و اعتبارسنجی نشانگرهای توالی ساده تکراری (SSRs) عقرب آندراکتونوس کراسیکودا (Androctonus crassicauda) با استفاده از دادههای RNA seq
محل انتشار: فصلنامه بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره: 17، شماره: 2
سال انتشار: 1404
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 20
فایل این مقاله در 24 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JOAGK-17-2_002
تاریخ نمایه سازی: 6 خرداد 1404
چکیده مقاله:
هدف: نشانگرهای توالی ساده تکراری (SSR) یا ریزماهواره ها به دلیل پوشش مناسب ژنومی و تکرارپذیری بالا یکی از بهترین و کاملترین ابزارهای مولکولی در بررسی تنوع ژنتیکی به شمار میآیند. نشانگرهای توالی ساده تکراری برای عقرب آندراکتونوس کراسیکودا تاکنون گزارش نشده اند. لذا این مطالعه با هدف شناسایی و اعتبار سنجی نشانگرهای توالی ساده تکراری مربوط به عقرب اندراکتونوس کراسیکودا با استفاده از داده های RNA-Seq انجام شد.مواد و روش ها: پس از استخراج RNA از غده زهر عقرب، ارزیابی کیفی و کمی انجام گرفت. سپس نمونه ها با پلتفورم Illumina HiSeq ۲۰۰۰ توالییابی شدند. برای ویرایش دادههای خام و رسیدن به دقت و صحت بالاتر از نرمافزارTrimmomatic )نسخه ۰.۳۶ ( استفاده شد. بازسازی رونوشتها به روش De novo با استفاده از نرم افزار Trinity انجام شد. در ادامه به منظور شناسایی نشانگرهای SSR جدید، ترانسکریپتوم عقرب آندراکتونوس کراسیکودا با استفاده از نرم افزار FullSSR (نسخه ۱.۵) مورد انالیز قرار گرفت. به منظور اعتبارسنجی نشانگرهای SSR شناسایی شده، ۸ جفت پرایمر توسط نرم افزار PRIMER ۳ طراحی و با روش واکنش زنجیرهای پلیمراز بر روی ۶۰ نمونه DNA استخراج شده از بافت عقرب مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج: سرهم بندی رونوشت ها توسط برنامه Trinity، در مجموع ۷۴۴۸۰۴ ترانسکریپت و ۵۶۳۵۲۶ یونی ژن ایجاد کرد. در این مطالعه، بررسی ۹۵۲۷۲۵توالی به وسیله نرم افزار FullSSR ، منجر به شناسایی تعداد ۳۱۵۳۹۵ نشانگر SSR شد. در میان SSRها، تکرارهای دو و سه نوکلئوتیدی به ترتیب با ۸۵/۷۱ درصد و ۳۶/۲۲ درصد بیشترین تعداد تکرار را به خود اختصاص دادند. از ۸ جایگاه مورد بررسی ۲ جایگاه چندشکلی را نشان داد. هتروزیگوسیتی مورد انتظار و مشاهده شده برای جایگاه RK۱۳۵۴ به ترتیب ۷۶۵/۰ و ۶۸۳/۰ و همچنین برای جایگاه NK۱۳۶۲ به ترتیب ۷۶۸/۰ و ۶۳۳/۰ محاسبه شد. آماره شاخص تثثبیت (Fis) برای هر دو جایگاه تقریبا ۱/۰ بود که نشاندهنده همخونی کم در جمعیت است. بعلاوه، آزمون کای مربع نشان داد که جمعیت برای هر دو جایگاه در تعادل هاردی-وینبرگ قرار ندارد. نتیجه گیری: نتایج ارزیابی معیار های مختلف تنوع ژنتیکی همگی گویای این است که جمعیت از تنوع بالایی برخوردار است اما عواملی در حال کاهش تنوع در بین جمعیت مورد مطالعه هستند. به طوری که جمعیت از تعادل خارج شده است و تعداد هتروزیگوت های مشاهده شده کمتر از هتروزیگوت های مورد انتظار شده است.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
روشن کاکی
دانشجوی دکتری ژنتیک و اصلاح نژاد دام، گروه علوم دامی –دانشکده علوم دامی و صنایع غذایی -دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان-ملاثانی-ایران
محمود نظری
دانشیار گروه علوم دامی ، ;دانشکده علوم دامی و صنایع غذایی -دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان-ملاثانی-ایران
هدایت الله روشنفکر
گروه علوم دامی –دانشکده علوم دامی و صنایع غذایی -دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان
فاطمه ثعلبی
استادیار سازمان تحقیقات آموزش و ترویج کشاورزی، موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی شعبه اهواز، گروه جانوران سمی و تولید پادزهر،
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
