مهار ویروس سندرم لکه سفید در میگو با استفاده از پپتیدهای ضد ویروسی: یک بررسی بیوانفورماتیک

ویروس سندرم لکه سفید(WSSV)، به عنوان یکی از شایع ترین و کشنده ترین پاتوژن ها در جمعیت میگو در سطح جهان ظاهر شده است. این ویروس با اتصال به سطح سلول های میگو از طریق پروتئین VP۲۸ می تواند وارد بدن شده و باعث بروز عفونت شود. در این مطالعه به منظور شناسایی پپتیدهای ضد ویروسی مهارکننده پروتئین VP۲۸، ۳۹ پپتید ضد ویروس از سرور CAMPR۳ استخراج شد. مطالعه حاضر با بررسی مجدد آنتی میکروب (AMP) بودن هر یک از پپتیدها توسط سرور Peptide Scanner شروع و با ارزیابی ویژگی های فیزیکوشیمیایی، حلالیت، آلرژنیک بودن و همچنین سمیت پپتیدهای ضد ویروسی به ترتیب توسط سرورهای ProtParam ، ProteinSol AllerTOP، ToxinPred پیش رفت. در ادامه ساختار سوم پپتیدهای غربال شده از مراحل قبل که شامل Ginkbilobi، Circulin-F، Cycloviolin-A، Cycloviolin-D، Circulin-C، Kalata-B۸ و Antiviral protein Y۳ هستند، توسط سرور I-TASSER پیش بینی شد. نتایج فرایند داکینگ مولکولی نشان داد که پپتیدهای مذکور به ترتیب ۴، ۱، ۲، ۰، ۱، ۴ و ۱۰ پیوند هیدوژنی با پروتئین VP۲۸ تشکیل داده اند. این درحالی است که هریک از آن ها به ترتیب دارای ۵۰/۲۵، ۳۸/۴۱، ۷۱/۳۸، ۶۷/۳۶، ۳۳/۳۳، ۱۳/۱۶ و ۰۸/۳۶ درصد اسید آمینه آبگریز هستند. در نهایت، با توجه به نتایج پپتید Antiviral protein Y۳ را می توان به عنوان اولین انتخاب و پس از آن نیز پپتیدهای Ginkbilobin و Kalata-B۸ را به عنوان مناسب ترین و امیدوارکننده ترین گزینه ها درنظر گرفت. بنابراین پپتیدهای مذکور را بعد از انجام مطالعات دینامیک مولکولی می توان برای بکارگیری در مطالعات in vitro و in vivo روی مهار ورود WSSV به میزبان میگو و سپس جلوگیری از بروز عفونت توسط این ویروس پیشنهاد داد.

کلیدواژه ها:

پپتیدهای ضد ویروسی ، VP۲۸ ، ویروس سندروم لکه سفید ، بیوانفورماتیک