بررسی تنوع ژنتیکی و مطالعه ساختار جمعیت در گونه های آژیلوپس حاوی ژنوم U با استفاده از نشانگرهای CBDP

سال انتشار: 1403
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 42

فایل این مقاله در 22 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

JR_JOAGK-16-2_004

تاریخ نمایه سازی: 12 تیر 1403

چکیده مقاله:

گونه های آژیلوپس حاوی ژنوم U دارای بیشترین پراکنش در سطح دنیا می باشند و با توجه به محدودیت تنوع ژنتیکی در گندم های زراعی اصلاح شده، استفاده از این خویشاوندان وحشی و سایر گونه های آژیلوپس می تواند به عنوان منبع ژنی غنی و متنوع از الل های جدید و ایده ال برای به نژاد گران مورد استفاده قرار گیرد. از این رو، هدف این تحقیق ارزیابی تنوع ژنتیکی و بررسی روابط و ساختار جمعیت در گونه های آژیلوپس جمع آوری شده از نواحی مختلف ایران با استفاده از نشانگرهای CBDP بود.مواد و روش ها: در این مطالعه ۷۷ توده وحشی آژیلوپس جمع آوری شده از ۱۸ استان ایران و متعلق به پنج گونه Ae. biuncialis (ژنوم UUMM)، Ae. columnaris (ژنوم UUMM)، Ae. neglecta (ژنوم UUMM)، Ae. triuncialis (ژنوم UUCC) و Ae. umbellulata (ژنوم UU) با استفاده از ۱۵ آغازگر CBDP مورد ارزیابی قرار گرفتند. پس از جمع آوری داده های مولکولی به دست آمده تجزیه و تحلیل های آماری با استفاده از نرم افزارهایGenAlEx ver. ۶.۵۰۲ ، DARwin ver. ۶ و Structure ver. ۲.۳.۴ انجام شد.نتایج: با توجه به نتایج به دست آمده، ۱۵ آغازگر CBDP در مجموع ۱۸۹ قطعه چند شکل (۲۷/۹۵ درصد) تکثیر نمودند. شاخص محتوای اطلاعات چندشکلی (PIC) در آغازگرهای مورد مطالعه، دارای دامنه تغییرات ۲۸/۰ (CBDP۱۵) تا ۴۲/۰ (CBDP-۲ و CBDP-۴) و با میانگین ۳۵/۰ بود. نتایج تجزیه واریانس مولکولی (AMOVA) بیشترین درصد واریانس ژنتیکی را درون گونه ها (۷۶ درصد) نشان داد. بررسی شاخص های ژنتیکی نشان داد گونه Ae. triuncialis از تنوع بیشتری نسبت به سایر گونه ها برخوردار بود. بیشترین میزان تشابه ژنتیکی بین Ae. biuncialis و Ae. columnaris (۹۰۵/۰) و Ae. biuncialis و Ae. neglecta (۸۷۹/۰) مشاهده گردید. تجزیه خوشه ای بر اساس داده های به دست آمده منجر به تفکیک کلیه توده های مورد بررسی در سه گروه اصلی شد. الگوی گروه بندی به وجود آمده دقیقآ منطبق با ساختار ژنومی گونه ها بود و نتایج تجزیه به مختصات اصلی، نتایج به دست آمده را تایید نمود. در بررسی تجزیه ساختار جمعیت نیز مطابق با نتایج تجزیه خوشه ای و PCoA، توده ها بر اساس ساختار ژنومی، میزان تشابه ژنتیکی، و تشابهات جغرافیایی گروه بندی شدند.نتیجه گیری: نتایج حاصل از این پژوهش بیانگر سودمندی بالای آغازگرهای CBDP در ارزیابی تنوع ژنتیکی موجود در گونه های ژرم پلاسمی آژیلوپس بود. از این رو به نظر می رسد این نشانگرها قابلیت استفاده در برنامه های مرتبط با تهیه نقشه های ژنتیکی و مطالعات مولکولی فیلوژنتیک را دارند. همچنین وجود تنوع ژنتیکی بالا در میان برخی از گونه های آژیلوپس ایران می تواند چشم اندازه قابل توجهی را برای به نژادگران جهت استفاده از آن ها در برنامه های پیش اصلاحی

نویسندگان

علی سجاد بکائی

فارغ التحصیل دکتری گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران. محقق، موسسه تحقیقات اصلاح و تهیه نهال و بذر، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران

امید سفالیان

استاد، گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران.

بهزاد سرخی لله لو

استادیار، موسسه تحقیقات اصلاح و تهیه نهال و بذر، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران

علی اصغری

استاد، گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران

علیرضا پورابوقداره

استادیار، موسسه تحقیقات اصلاح و تهیه نهال و بذر، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • عبدالهی مندولکانی بابک، عزیزی حیدر، پیری یاسر و همکاران (۱۳۹۵) ...
  • عسکری ناهید، باقی زاده امین، محمدآبادی محمدرضا (۱۳۸۹). مطالعه تنوع ...
  • محمدی فر آمنه، فقیه ایمانی سید علی، محمدآبادی محمد رضا، ...
  • محمدی فر آمنه، محمدآبادی محمد رضا کاربرد نشانگرهای ریزماهواره برای ...
  • ReferencesAbbasov M, Sansaloni CP, Burgueño J, et al. (۲۰۲۰) Genetic ...
  • Abdollahi Mandoulakani B, Azizi H, Piri Y, et al. (۲۰۱۶) ...
  • Aghaee-Sarbarzeh M, Singh H, Dhaliwal HS (۲۰۰۱) A microsatellite marker ...
  • Ahmad NS (۲۰۲۳) Assessment of genetic relation for different ploidy ...
  • Arora S, Kaur S, Dhillon GS, Singh R, et al. ...
  • Arystanbekkyzy M, Nadeem MA, Aktaş H, et al. (۲۰۱۹) Phylogenetic ...
  • Askari N, Baghizadeh A, Mohammadabadi MR (۲۰۱۰) Study of genetic ...
  • Askari N, Baghizadeh A, Mohammadabadi MR (۲۰۰۸) Analysis Of The ...
  • Bokaei AS, Sofalian O, Sorkhilalehloo B, et al. (۲۰۲۳) Deciphering ...
  • Collard BCY, Mackil DJ (۲۰۰۹) Start codon targeted (SCoT) polymorphism: ...
  • Doyle JJ, Doyle JL (۱۹۸۷) A rapid DNA isolation procedure ...
  • Dumolin-Lapegue S, Demesure B, Fineschi S, et al. (۱۹۹۷) Phylogeographic ...
  • Dvorak J, Luo MC, Yang ZL, Zhang HB (۱۹۹۸) The ...
  • Eslamzadeh-Hesari MR, Omidi M, Rashidi V, et al. (۲۰۲۳) Investigation ...
  • Etminan A, Pour-Aboughadareh A, Mehrabi AA, et al. (۲۰۱۹) Molecular ...
  • Etminan A, Pour-Aboughadareh A, Mohammadi R, et al. (۲۰۱۸) Applicability ...
  • Ghasemi M, Baghizadeh A, Mohammadabadi MR (۲۰۱۰) Determination of genetic ...
  • Ghobadi G, Etminan A, Mehrabi AM, Shooshtari L (۲۰۲۱) Molecular ...
  • Gholamhoseini F, Mohammadabadi MR, Asadi Fozi M (۲۰۱۸) Polymorphism of ...
  • Gooki FG, Mohammadabadi MR, Fozi MA, Soflaei M (۲۰۱۹) Association ...
  • Hamidi H, Talebi R, Keshavarz F (۲۰۱۴). Comparative efficiency of ...
  • Hoban S, Bruford MW, da Silva JM, et al. (۲۰۲۳) ...
  • Kashkush K, Feldman M, Levy AA (۲۰۰۲) Gene loss, silencing ...
  • Khodaee L, Azizinezhad R, Etminan AR, Khosroshahi M (۲۰۲۱) Assessment ...
  • Kihara H (۱۹۶۳) Interspecific relationships in Triticum and Aegilops. Seiken ...
  • Kumar A, Choudhary A, Kaur H, Mehta S (۲۰۲۲) A ...
  • Liu Z, Yan Z, Wan Y, et al. (۲۰۰۳) Analysis ...
  • Milbourne D, Meyer R, Bradshaw JE, et al. (۱۹۹۷) Comparison ...
  • Mohammadabadi MR (۲۰۱۷) Inter-Simple Sequence Repeat loci Associations with Predicted ...
  • Mohammadabadi MR, Esfandyarpoor E, Mousapour A (۲۰۱۷) Using Inter Simple ...
  • Mohammadifar A, Faghih Imani SA, Mohammadabadi MR, Soflaei M (۲۰۱۴) ...
  • Mohammadifar A, Mohammadabadi MR (۲۰۱۸) Melanocortin-۳ receptor (MC۳R) gene association ...
  • Mohammadifar A, Mohammadabadi MR (۲۰۱۱) Application of Microsatellite Markers for ...
  • Molnar I, Vrana J, Buresova V, et al. (۲۰۱۶) Dissecting ...
  • Morris R, Sears ER, Qisenberry KS, Reitz LP (۱۹۶۷) The ...
  • Poczai P, Varga I, Bell NE, Hyvonen J (۲۰۱۲) Genomics ...
  • Poczai P, Varga I, Laos M, et al. (۲۰۱۳) Advances ...
  • Pour-Aboughadareh A, Kianersi F, Poczai P, Moradkhani H (۲۰۲۱) Potential ...
  • Pour-Aboughadareh A, Poczai P, Etminan A, et al. (۲۰۲۲) An ...
  • Powell W, Morgante M, Andre C, et al. (۱۹۹۶) The ...
  • Prevost A, Wilkinson MJ (۱۹۹۹) A new system of comparing ...
  • Pritchard JK, Stephens M, Rosenberg NA, Donnelly P (۲۰۰۰) Association ...
  • Prohens J, Gramazio P, Plazas M, et al. (۲۰۱۷) Introgressiomics: ...
  • Przewieslik-Allen AM, Burridge AJ, Wilkinson PA, et al. (۲۰۱۹) Developing ...
  • Sazmosi C, Solmaz I, Sari N, Barsony C (۲۰۱۰) Morphological ...
  • Schneider A, Molnar I (۲۰۰۸) Utilisation of agilops (goat grass) ...
  • Shaygan N, Etminan A, Majidi Hervan I, et al. (۲۰۲۱) ...
  • Singh AK, Rana MK, Singh S, et al. (۲۰۱۴) CAAT box- ...
  • Tadesse W, Sanchez-Garcia M, Gizaw Assefa S, et al. (۲۰۱۹) ...
  • Tsunewaki K (۱۹۹۶) Plasmon analysis as the counterpart of genome ...
  • Van Slageren MW (۱۹۹۴) Wild wheats; a monograph of Aegilops ...
  • Xing X, Monneveux P, Damania AB, Zarahieva M (۱۹۹۳) Evaluation ...
  • نمایش کامل مراجع