هدف: ویروس Y سیب زمینی یکی از مهم ترین عوامل خسارت زا و محدودکننده کشت سیب زمینی می باشد. گیاهان با استفاده از مکانیسم های تحمل یا مقاومت به تنش، از طریق تنظیم بیان ژن ها در سطوح مختلف رونویسی، پس از رونویسی و ترجمه، با شرایط آسیب رسان مقابله می کنند. بنابراین عوامل تنظیمی، در کنترل بیان ژن ها تحت انواع تنش ها نقش بسیار مهمی دارند. یکی از مهم ترین عناصر تنظیم کننده ژن ها
RNAهای بلند غیرکدکننده می باشند. پژوهش حاضر با هدف شناسایی lncRNAها و بررسی تغییرات بیان آن ها در گیاهچه های سیب زمینی آلوده به PVY انجام شد.مواد و روش ها: در این پژوهش از نرم افزار CLC Genomic Workbench به منظور تجزیه و تحلیل داده ها استفاده شد. پس از شناسایی lncRNAها، ژن های تحت تاثیر آن ها نیز مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. سپس تجزیه و تحلیل هستی-شناسی ژن و مسیرهای KEGG با استفاده از String analysis انجام شد و در نهایت برهمکنش بین lncRNAهای شناسایی شده و miRNAهای سیب زمینی مورد بررسی قرار گرفت.نتایج: طبق نتایج به دست آمده در مجموع ۳۷۴۲ توالی به عنوان lncRNA در
ترنسکریپتوم سیب زمینی آلوده به ویروس PVY شناسایی شد که از بین آن ها ۷۶۹ عدد دارای بیان افتراقی بودند. به طوری که ۳۱۰ lncRNA در شرایط آلودگی سیب-زمینی به PVY کاهش بیان و ۴۵۹ عدد افزایش بیان نشان دادند. بررسی هستی شناسی ژن های هم بیان با lncRNAهای شناسایی شده نشان دهنده نقش حیاتی این ژن ها در فرآیندهای زیستی مختلف، بیوسنتز ترکیبات سلولی، تشکیل کمپلکس های پروتئینی و انتقال سیگنال ها می باشد. همچنین ژن های دخیل در فرآیندهای بیولوژیکی مرتبط با ایجاد پاسخ های دفاعی در برابر تنش، ایجاد واکنش فوق حساسیت، متابولیسم ترهالوز، پاسخ های ضدویروسی مرتبط با خاموشی RNA و مسیرهای پیام دهی به منظور القای مقاومت سیستمیک، با lncRNAهای شناسایی شده در تحقیق حاضر هم بیان بودند. نتایج بررسی شبکه هم بیانی lncRNAها با miRNAها نشان دهنده برهمکنش ۵۶ lncRNA با ۵ miRNA بود. بیشترین برهمکنش بین lncRNAها با stumiR۶۰۲۴-۳p مشاهده شد.نتیجه گیری: با توجه به برهمکنش بین lncRNAهای بررسی شده با ژن های دخیل در ایجاد پاسخ های دفاعی در برابر تنش، استنباط می شود که تغییرات بیان این lncRNAها بخش مهمی از مکانیسم پاسخ به بیماری ویروسی باشد. نتایج حاصل می-تواند گامی در جهت درک بهتر lncRNAها و عملکرد آن ها در توسعه ارقام متحمل و مقاوم به PVY باشد.
