تجزیه و تحلیل ترنسکریپتوم با رهیافت شبکه در ژنوتیپ های متحمل و حساس به تنش شوری ذرت (.Zea mays L)
محل انتشار: فصلنامه علوم زراعی ایران، دوره: 24، شماره: 1
سال انتشار: 1401
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 403
فایل این مقاله در 14 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
این مقاله در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_AGRO-24-1_006
تاریخ نمایه سازی: 5 تیر 1401
چکیده مقاله:
شناسایی ژن های دخیل در تنش شوری، درک عمیقی از سازوکار تحمل به شوری در گیاه ذرت فراهم می کند. آزمایش حاضر در سال ۱۳۹۷ در دانشکده کشاورزی دانشگاه ارومیه با هدف شناسایی تفاوت های ژنتیکی دو ژنوتیپ ذرت در تحمل به تنش شوری انجام و نتایج بیان ژن با شبکه های برهمکنش ژنی ادغام شد. ابتدا با استفاده از غربالگری فنوتیپی دو ژنوتیپ با تفاوتهای فنوتیپی بارز در تحمل به تنش شوری شناسایی شدند. برای دو ژنوتیپ منتخب (:T۹ متحمل به تنش شوری؛ S۴۶: حساس به تنش شوری)، بیان ژن ها با کمک توالی یابی RNA برای آشکارسازی سازوکارهای مولکولی زمینه ساز تفاوت در تحمل به شوری مطالعه شد. با هستی شناسی ژن (GO enrichment) و تجزیه و تحلیل شبکه های برهمکنش روی ژن های با افتراق بیان، مسیرهای انتقال پیام وابسته به فسفوریلاسیون، انتقال یون، فرآیندهای اکسیداسیون، متابولیسم گلوتاتیون و تریپتوفان بین ژنوتیپ های متحمل و حساس شناسایی شدند. در نتایج آنالیز شبکه، در ناحیه راه انداز ژن های متعلق به خوشه با فعالیت فسفوریلاسیون و کینازی، یک بن مایه (موتیف) به عنوان عنصر تنظیمی (Cis-regulatory element) مشترک یافت شد. این بن مایه با یک عنصر تنظیمی شناخته شده در گیاه آرابیدوپسیس که محل اتصال یک فاکتور رونویسی با نقش شناخته شده در پاسخ به تنش شوری است، مطابقت داشت. با ادغام داده های بیان ژن و شبکه برهمکنش، مسیرها و ژن های متمایزکننده که در دو ژنوتیپ متحمل و حساس به تنش شوری شناسایی شدند؛ می توان در برنامه های به نژادی و بیوتکنولوژی برای بهبود عملکرد ذرت تحت تنش شوری استفاده کرد.
کلیدواژه ها:
Gene interaction network ، Maize ، Motif ، RNA-sequencing ، Salinity stress and Transcription factor ، بن مایه (موتیف) ، تنش شوری ، توالی یابی RNA ، ذرت ، شبکه برهمکنش ژنی و عامل رونویسی
نویسندگان
طاهر محصلی
PhD Student, University of Mohaghegh Ardabili, Ardabil, Iran
سارا دژستان
Associate Prof., University of Mohaghegh Ardabili, Ardabil, Iran
رضا درویش زاده
Professor, Urmia University, Urmia, Iran
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :