آنالیز ترانسکریپتوم(Transcriptome analysis) مقاومت میزبانی و غیر میزبانی در جو نسبت به قارچهای عامل زنگ برگی

به منظور مطالعه ژنهایی که به صورت افتراقی در مواجه با آلودگی با زنگهای میزبان و غیر میزبان بیان می شوند، مطالعه ای با استفاده از یک رقم جو به نام L94 و دو پاتوژن عامل زنگ برگی به نامP. hordei و P. recondita f. sp. recondita انجام گردید. رقم جو مذکور به ترتیب میزبان حساس و غیر میزبان به دو قارچ مذکور محسوب می شوند. گیاهچه های 12 روزه جو با استفاده از یوردوسپور های قارچهای فوق به صورت جداگانه و در سه تکرار مختلف تلقیح گردید.. حدود 18 ساعت بعد از تلقیح، برگهای تلقیح شده برداشت و بعد از غوطه ور شدن در ازت مایع، به فریزر 80- منتقل و تا استخراج RNAنگهداری گردید. برای مطالعه بیان ژنها از آرایه cDNA جو ( PGRC2 cDNA macroarray) تهیه شده درIPK در آلمان استفاده گردید که در آن حدود 10000 ژن منفرد در روی دو ممبران جداگانه لکه گذاری شده اند. پروب های رشته دوم cDNA لیبل شده با فسفر 33(33P-labelled second-strand cDNA probes) تهیه شدو آرایه cDNAابتداء هیبرید مقدماتی و سپس با پروب های cDNA به مدت 18 ساعت هیبرید نهایی شدند. برای شناسایی اسپات ها و نرمال کردن داده ها، ممبران های هیبرید شده به وسیله اسکنر مورد تجزیه وتحلیل قرار گرفت. تنها ژنهای منفردی که دارای نسبت سیگنال/زمینه بالاتر از 2 برابر در حد اقل دو تا از هیبرید ها بودند انتخاب شدند. در مجموع حدود 250 ژن از مجموع 10000 ژن لکه گذاری شده در این آزمایش بیان شدند. تعداد 14 ژن که به صورت افتراقی در تعامل سازگار و ناسازگار بیان شده بودند به عنوان ژنهای کاندید برای مطالعات بعدی انتخاب گردید

کلیدواژه ها:

مقاومت غیر میزبانی ، آنالیز نرانسکرپتوم ، میکرو اری ، جو