مطالعه ژن ها و SNPهای کدکننده ژنوم بافت مغز زنبورعسل در ارتباط با صفات رفتاری در دو زیرگونه ایتالیایی و آفریقایی با استفاده از داده های ترانسکریپتومی (RNA-Seq)
محل انتشار: فصلنامه بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره: 14، شماره: 2
سال انتشار: 1401
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 198
فایل این مقاله در 22 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JOAGK-14-2_010
تاریخ نمایه سازی: 2 خرداد 1401
چکیده مقاله:
هدف: زنبورعسل به عنوان حشره ای گرده افشان عضو مهمی از طبیعت به حساب می آید. از آنجا که صفات رفتاری در زنبورعسل بسیار مهم است، بنابراین مقایسه ترانسکریپتوم بافت مغز از زیرگونه ایتالیایی و افریقایی با ویژگی های رفتاری پرخاشگر و آرام، درک این تفاوت رفتاری را از نظر ژنتیکی امکان پذیر می سازد. این مطالعه با هدف بررسی پروفایل بیان ژن و شناسایی ژن های شاخص در بافت مغز در زنبورعسل ایتالیایی (Apis Mellifera Ligustica) و آفریقایی (Apis mellifera Scutellata) در ارتباط با صفات رفتاری انجام شد. زنبورعسل ایتالیایی از ویژگی های رفتاری آرامی برخوردار است، در حالی که زنبورعسل آفریقایی به عنوان یک زنبور مهاجم شناخته می شود. مواد و روش ها: داده های RNA-seq این پژوهش از پایگاه داده های NCBI دریافت و پس از پیش پردازش، ترانسکریپتوم بافت مغزی هر دو زیرگونه بر روی ژنوم مرجع زنبورعسل همردیف و نقشه یابی شد و پس از کمی سازی داده ها، سرهم سازی ترانسکریپتوم، آنالیز بیان افتراقی (adj p-value < ۰.۰۵ , Log۲FC>۲) و هستی شناسی ژن انجام شد. نتایج: آنالیز بیان افتراقی ژن تعداد ۱۶۷۰۱ ژن را بر روی ژنوم مرجع زنبورعسل شناسایی کرد که از این تعداد، ۲۲ ژن در بافت مغز بین هر دو زیرگونه دارای بیان افتراقی معنی داری (adj p-value < ۰.۰۵ , Log۲FC>۲) بودند. همچنین برخی از این ژن ها برای اولین بار شناسایی شدند. آنالیز هستی شناسی ژن نشان داد که از میان این ۲۲ ژن، ژن هایی همچون ITPR، MRJP، HSP۷۰ Ab، MBS، GB۴۵۴۱۰ و Def۱ به صورت مستقیم یا غیرمستقیم در بروز صفات مختلفی همچون رفتارهای دفاعی، بهداشتی، تولید مثلی، حساسیت به گرما، نور و بو دخیل هستند. علاوه براین، SNPهای بخش کدکننده ژنوم بافت مغز زنبورعسل در هر دو زیرگونه نیز شناسایی شد و تعداد ۹۹۶۳۶ SNP در زیرگونه ایتالیایی و ۹۲۵۱۴ SNP در زیرگونه آفریقایی شناسایی شد. نتیجه گیری: داده های RNA-seq به سبب پربرونداد[۱] بودن می تواند اطلاعات دقیقی را از بیان ژن ها در بافت های مختلف در زیرگونه های مختلف در اختیار ما قرار دهد. در این مطالعه ژن های دخیل در بروی صفات رفتاری زنبورعسل مشخص شد و SNPهای موجود در این ژن ها نیز شناسایی شد.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
علی اکبر حسن خانی
دانشگاه تهران پردیس کشاورزی و منابع طبیعی گروه علوم دامی
حسین مرادی شهربابک
هیئت علمی گروه اصلاح دام دانشگاه تهران
محمد مرادی شهربابک
هیئت علمی گروه اصلاح دام دانشگاه تهران
ابوالفضل بهرامی
دانشگاه تهران
غلامعلی نهضتی پاقلعه
دانشگاه پردیس کشاورزی و منابع طبیعی گروه علوم دامی
محمدحسین بنابازی
کرج بعد از سه راه گوهر دشت، روبروی دهقان ویلای اول، موسسه تحقیقات علوم دامی کشور، بخش پژوهشهای بیوتکنولوژی
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :