ورود
مقالات فارسیISIکنفرانسهاژورنالها

بررسی گسترده ژنومی و آنالیز الگوی بیان خانواده ژنی HSP۹۰ در گیاه آلوروپوس لیتورالیس تحت تنش شوری

محل انتشار: پژوهشنامه اصلاح گیاهان زراعی، دوره: 11، شماره: 31
سال انتشار: 1398
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 196

فایل این مقاله در 10 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

این مقاله در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:
https://civilica.com/doc/1284608

شناسه ملی سند علمی:

JR_JCB-11-31_012

تاریخ نمایه سازی: 17 مهر 1400

چکیده مقاله:

پروتئین های شوک حرارتی ۹۰ کیلو دالتونی (HSP۹۰)، یک چاپرون مولکولی وابسته به ATP می باشند که توالی آن ها از درجه حفاظت شدگی بسیار بالایی در باکتری ها تا یوکاریوت ها برخوردار می باشند. در گیاهان، پروتئین های HSP۹۰، برای کنترل رشد و نمو طبیعی گیاه و همچنین پاسخ دفاعی در برابر محرک های زیست محیطی مورد نیاز می باشند. گرچه مطالعات متعددی در مورد نقش فیزیولوژیکی HSP۹۰ها در گیاهان وجود دارد، با این حال شناخت ما از مکانیسم های دفاعی پروتئین های HSP۹۰ در پاسخ به تنش، نقش آن ها به عنوان چاپرون های مولکولی و برهم کنش های مولکولی آن ها با دیگر پروتئین ها و کوچاپرون ها محدود می باشد. بنابراین، در مطالعه حاضر، با آنالیز جامعی از خانواده ژنی HSP۹۰ در گیاه هالوفیت Aeluropus littoralis، ۴ ژن HSP۹۰ در این گیاه شناسایی و با استفاده از آنالیز پیش بینی جایگاه سلولی مشخص شد که این ژن ها در بخش های مختلف سلولی فعال می باشند. با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی مختلفی، ۴۵ ژن HSP۹۰ نیز در سایر گونه های آرابیدوپسیس، برنج، ذرت، سویا وBrachypodium distachyon شناسایی گردید. ۴۹ ژن HSP۹۰ مورد بررسی، از نظر فیلوژنتیکی در سه گروه اصلی تقسیم بندی شدند. آنالیز ساختارهای ژنی و ترکیب موتیف ها نشان داد که این ژن ها در هر گروه تقریبا از حفاظت شدگی بالایی برخوردارند، که بیانگر این است که اعضای هر گروه ممکن است دارای کارکردهای یکسانی باشند. بر اساس داده های RNA-seq، ژن AlHSP۹۰.۴ فعال در سیتوپلاسم با سطح بیان ۳/۱، ببیشترین بیان را در بافت ریشه تحت شرایط تنش شوری و بازیابی به نمایش گذاشت. حداقل سطح بیان، نیز در ژن AlHSP۹۰.۳ واقع در شبکه آندوپلاسمی، در پاسخ به تنش شوری و در شرایط بازیابی در بافت برگی مشاهده گردید. یافته های این بررسی، ضمن ارائه خصوصیات عملکردی ژن های AlHSP۹۰، اطلاعات پایه ای را برای تحقیقات آتی در مورد کارکرد بیولوژیکی این ژن ها مهیا می سازد.

کلیدواژه ها:

نویسندگان

سیدحمیدرضا هاشمی پطرودی

nt of Genetic Engineering and Biology, Genetics and Agricultural Biotechnology Institute of Tabarestan (GABIT), Sari Agricultural Sciences and Natural Resources University (SANRU)

قربانعلی نعمت زاده

Department of Genetic Engineering and Biology, Genetics and Agricultural Biotechnology Institute of Tabarestan (GABIT), Sari Agricultural Sciences and Natural Resources University (SANRU)

سمیرا محمدی

PhD candidate in Plant Breeding, Sari Agricultural Sciences and Natural Resources University (SANRU)

مارکوس کولمن

RG Abiotic Stress Genomics/ RG Heterosis, Department Molecular Genetics, Leibniz Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research (IPK). Germany

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Agarwal, G., V. Garg, H. Kudapa, D. Doddamani, L.T. Pazhamala, ...
  • Bailey, T.L., M. Boden, F.A. Buske, M. Frith, C.E. Grant, ...
  • Dutta, R. and M. Inouye. ۲۰۰۰. GHKL, an emergent ATPase/kinase ...
  • Faraji, S., H. Najafi-Zarrini, S. Hashemi-Petroudi and G. Ranjbar. ۲۰۱۷. ...
  • Felsenstein, J. ۱۹۸۵. Confidence limits on phylogenies: an approach using ...
  • Finn, R.D., P. Coggill, R.Y. Eberhardt, S.R. Eddy, J. Mistry, ...
  • Gasteiger, E., C. Hoogland, A. Gattiker, M.R. Wilkins, R.D. Appel ...
  • Ghorbani, H., H. Samizadeh Lahiji and G.A. Nematzadeh. ۲۰۱۹. In ...
  • Ghorbani, H.R., H. Samizadeh Lahiji and G.A. Nematzadeh. ۲۰۱۷. Expression ...
  • Grigorova, B., I. Vaseva, K. Demirevska and U. Feller. ۲۰۱۱. ...
  • Hainzl, O., M.C. Lapina, J. Buchner and K. Richter. ۲۰۰۹. ...
  • Hall, T.A. ۱۹۹۹. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor ...
  • Hao, P., J. Zhu, A. Gu, D. Lv, P. Ge, ...
  • Hashemi-Petroudi, S.H., H. Ghorbani and M. Kuhlmann. ۲۰۱۸. Isolation Phosphoglycerate ...
  • Hashemi-Petroudi, S.H., G.A. Nematzadeh, H. Askari and S. Ghahary. ۲۰۱۴. ...
  • Hashemi-Petroudi, S.H., G.A. Nematzadeh, H. Askari and Y. Ghasemi. ۲۰۱۲. ...
  • Hashemi-Petroudi, S.H., G.A. Nematzadeh and M. Kuhlmann. ۲۰۱۹. Identification and ...
  • Hashemipetroudi, S., G. Nematzadeh, G. Ahmadian, A. Yamchi and M. ...
  • Horton, P., K.J. Park, T. Obayashi, N. Fujita, H. Harada, ...
  • Jackson, S.E., C. Queitsch and D. Toft. ۲۰۰۴. Hsp۹۰: from ...
  • Jones, P., D. Binns, H.Y. Chang, M. Fraser, W. Li, ...
  • Kaleybar Shahin, B., G. Nematzadeh, S.H.R. Hashemi, H. Askari and ...
  • Klein, E.M., L. Mascheroni, A. Pompa, L. Ragni, T. Weimar, ...
  • Krishna, P. and G. Gloor. ۲۰۰۱. The Hsp۹۰ family of ...
  • Krystkowiak, I., J. Manguy and N.E. Davey. ۲۰۱۸. PSSMSearch: a ...
  • Lv, D.W., S. Subburaj, M. Cao, X. Yan, X. Li, ...
  • Marcu, M.G., M. Doyle, A. Bertolotti, D. Ron, L. Hendershot ...
  • Metsalu, T. and J. Vilo. ۲۰۱۵. ClustVis: a web tool ...
  • Moore, R.C. and M.D. Purugganan. ۲۰۰۳. The early stages of ...
  • Pearl, L.H. and C. Prodromou. ۲۰۰۰. Structure and in vivo ...
  • Picard, D. ۲۰۰۲. Heat-shock protein ۹۰, a chaperone for folding ...
  • Riggs, D.L., M.B. Cox, J. Cheung-Flynn, V. Prapapanich, P.E. Carrigan ...
  • Sangster, T.A., A. Bahrami, A. Wilczek, E. Watanabe, K. Schellenberg, ...
  • Sangster, T.A. and C. Queitsch. ۲۰۰۵. The HSP۹۰ chaperone complex, ...
  • Shinozaki, F., M. Minami, T. Chiba, M. Suzuki, K. Yoshimatsu, ...
  • Song, H., R. Zhao, P. Fan, X. Wang, X. Chen ...
  • Tamura, K., G. Stecher, D. Peterson, A. Filipski and S. ...
  • Thompson, J.D., T.J. Gibson and D.G. Higgins. ۲۰۰۳. Multiple sequence ...
  • Wang, W., B. Vinocur, O. Shoseyov and A. Altman. ۲۰۰۴. ...
  • Xu, Z.S., Z.Y. Li, Y. Chen, M. Chen, L.C. Li ...
  • Zhang, J., J. Li, B. Liu, L. Zhang, J. Chen ...
  • Zhang, L., Y. Fan, F. Shi, S. Qin and B. ...
  • Zhang, M., C.Y. Ma, D.W. Lv, S.M. Zhen, X.H. Li ...
  • Zhang, M., Z. Shen, G. Meng, Y. Lu and Y. ...
  • Zhang, S., X. Xia, J. Shen, Y. Zhou and Z. ...
  • Zuehlke, A. and J.L. Johnson. ۲۰۱۰. Hsp۹۰ and co-chaperones twist ...
  • Agarwal, G., V. Garg, H. Kudapa, D. Doddamani, L.T. Pazhamala, ...
  • Bailey, T.L., M. Boden, F.A. Buske, M. Frith, C.E. Grant, ...
  • Dutta, R. and M. Inouye. ۲۰۰۰. GHKL, an emergent ATPase/kinase ...
  • Faraji, S., H. Najafi-Zarrini, S. Hashemi-Petroudi and G. Ranjbar. ۲۰۱۷. ...
  • Felsenstein, J. ۱۹۸۵. Confidence limits on phylogenies: an approach using ...
  • Finn, R.D., P. Coggill, R.Y. Eberhardt, S.R. Eddy, J. Mistry, ...
  • Gasteiger, E., C. Hoogland, A. Gattiker, M.R. Wilkins, R.D. Appel ...
  • Ghorbani, H., H. Samizadeh Lahiji and G.A. Nematzadeh. ۲۰۱۹. In ...
  • Ghorbani, H.R., H. Samizadeh Lahiji and G.A. Nematzadeh. ۲۰۱۷. Expression ...
  • Grigorova, B., I. Vaseva, K. Demirevska and U. Feller. ۲۰۱۱. ...
  • Hainzl, O., M.C. Lapina, J. Buchner and K. Richter. ۲۰۰۹. ...
  • Hall, T.A. ۱۹۹۹. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor ...
  • Hao, P., J. Zhu, A. Gu, D. Lv, P. Ge, ...
  • Hashemi-Petroudi, S.H., H. Ghorbani and M. Kuhlmann. ۲۰۱۸. Isolation Phosphoglycerate ...
  • Hashemi-Petroudi, S.H., G.A. Nematzadeh, H. Askari and S. Ghahary. ۲۰۱۴. ...
  • Hashemi-Petroudi, S.H., G.A. Nematzadeh, H. Askari and Y. Ghasemi. ۲۰۱۲. ...
  • Hashemi-Petroudi, S.H., G.A. Nematzadeh and M. Kuhlmann. ۲۰۱۹. Identification and ...
  • Hashemipetroudi, S., G. Nematzadeh, G. Ahmadian, A. Yamchi and M. ...
  • Horton, P., K.J. Park, T. Obayashi, N. Fujita, H. Harada, ...
  • Jackson, S.E., C. Queitsch and D. Toft. ۲۰۰۴. Hsp۹۰: from ...
  • Jones, P., D. Binns, H.Y. Chang, M. Fraser, W. Li, ...
  • Kaleybar Shahin, B., G. Nematzadeh, S.H.R. Hashemi, H. Askari and ...
  • Klein, E.M., L. Mascheroni, A. Pompa, L. Ragni, T. Weimar, ...
  • Krishna, P. and G. Gloor. ۲۰۰۱. The Hsp۹۰ family of ...
  • https://doi.org/۱۰.۱۳۷۹/۱۴۶۶-۱۲۶۸(۲۰۰۱)۰۰۶۲.۰.CO;۲Krystkowiak, I., J. Manguy and N.E. Davey. ۲۰۱۸. PSSMSearch: a ...
  • Lv, D.W., S. Subburaj, M. Cao, X. Yan, X. Li, ...
  • Marcu, M.G., M. Doyle, A. Bertolotti, D. Ron, L. Hendershot ...
  • Metsalu, T. and J. Vilo. ۲۰۱۵. ClustVis: a web tool ...
  • Moore, R.C. and M.D. Purugganan. ۲۰۰۳. The early stages of ...
  • Pearl, L.H. and C. Prodromou. ۲۰۰۰. Structure and in vivo ...
  • Picard, D. ۲۰۰۲. Heat-shock protein ۹۰, a chaperone for folding ...
  • Riggs, D.L., M.B. Cox, J. Cheung-Flynn, V. Prapapanich, P.E. Carrigan ...
  • Sangster, T.A., A. Bahrami, A. Wilczek, E. Watanabe, K. Schellenberg, ...
  • Sangster, T.A. and C. Queitsch. ۲۰۰۵. The HSP۹۰ chaperone complex, ...
  • Shinozaki, F., M. Minami, T. Chiba, M. Suzuki, K. Yoshimatsu, ...
  • Song, H., R. Zhao, P. Fan, X. Wang, X. Chen ...
  • Tamura, K., G. Stecher, D. Peterson, A. Filipski and S. ...
  • Thompson, J.D., T.J. Gibson and D.G. Higgins. ۲۰۰۳. Multiple sequence ...
  • Wang, W., B. Vinocur, O. Shoseyov and A. Altman. ۲۰۰۴. ...
  • Xu, Z.S., Z.Y. Li, Y. Chen, M. Chen, L.C. Li ...
  • Zhang, J., J. Li, B. Liu, L. Zhang, J. Chen ...
  • Zhang, L., Y. Fan, F. Shi, S. Qin and B. ...
  • Zhang, M., C.Y. Ma, D.W. Lv, S.M. Zhen, X.H. Li ...
  • Zhang, M., Z. Shen, G. Meng, Y. Lu and Y. ...
  • Zhang, S., X. Xia, J. Shen, Y. Zhou and Z. ...
  • Zuehlke, A. and J.L. Johnson. ۲۰۱۰. Hsp۹۰ and co-chaperones twist ...
    • نمایش کامل مراجع