کشف، تعیین و ژنوتیپسنجی نشانگرهای SNP و گروه بندی لاینهای پیشرفته گندم نان به روش ddRAD-Seq

بهمنظور کشف، تعیین و ژنوتیپ­سنجی نشانگرهای SNP و گروه بندی لاین­های پیشرفته گندم نان، از روش ddRAD-Seq استفاده شد.  DNAاز برگ گیاهچه استخراج شد و پس از تهیه کتابخانه، از پلاتفرم NextSeq TM ۵۰۰ Illumina ® برای توالی­یابی استفاده شد. متوسط نمره کیفیت فرد (Phred) برای تمام افراد برابر۳۰ بود. از مجموع ۱۷۸۸۱۱۸۴۶ خوانش توالی قرائت شده، ۱۵۰۱۰۸۶۷۸ خوانش صحیح و بهطور متوسط به ازای هر لاین، ۲۲۰۷۴۸۰ خوانش تولید شد. بالاترین نرخ همردیفی، مربوط به ژنوم B و کمترین، مربوط به ژنوم D بود. با توجه به شرایط فیلتر، (DP≥۵)، (Quality score=≥۹۹۹)، (MAF>۵%) و (Het<۱۰%)، تعداد کل SNP های صحیح فراخونی شده برای ۵۰ درصد داده گم­شده برابر با ۳۳۴۲ عدد، که تعداد ۱۳۲۲ روی ژنوم B، ۱۲۵۳ روی ژنوم A و ۷۶۷ روی ژنوم D و بیشترین SNP روی کروموزوم دوم و سوم از ژنوم B و کمترین آن روی کروموزوم چهارم از ژنوم D شناسائی شد. بیشترین چگالی نشانگری، روی کروموزوم­های دوم و پنجم ژنوم B و کمترین، روی کروموزوم چهارم از ژنوم D مشاهده شد. بین چگالی نشانگری و اندازه کروموزوم در سه ژنوم، رابطه خطی بسیار معنی­داری مشاهده شد. تجزیه به مولفه­های اصلی و ماتریس تشابه و گروه­بندی همزمان با استفاده از اطلاعات نشانگر SNP، قادر به شناسائی و تفکیک زیر جمعیت­ها از یک جمعیت اصلی شد.

کلیدواژه ها:

والی­یابی NextSeq TM ۵۰۰ ، روش ddRAD-Seq ، گندم نان ، نشانگر SNP ، DNA