کلونینگ و تعیین توالی ژن ‭N ‬ویروس سرخک سویه ‭AIK-C‬

سرخک بیماری بسیار مسری است که متاسفانه هنوز در کشور های در حال توسعه جز عوامل مرگ و میر کودکان است. در حال حاضر سازمان بهداشت جهانی ‭(WHO) ‬توجه بسیاری روی برنامه ایمیونیزاسیون عمومی سرخک به عنوان یک بیماری مهم دارد..ژنوم ویروس پروتیین های نوکلیوکپسید، فسفوپروتیین، ماتریکس پروتیین، هماگلوتینین، فیوژن پروتیین، ‭L ‬پروتیین و ‭C ‬پروتیین را کد می کند. پروتیین ‭N ‬دارای دو ناحیه می باشد: ناحیه ‭N-terminal ‬یا همان ‭NCore(‬شامل اسید آمینه 1 تا ‮‭400‬ ) یک ناحیه ثابت و ناحیه ‭C-terminal ‬یا همان ‭NTail (‬شامل اسید آمینه ‮‭401‬ تا ‮‭525‬ ) بسیار متغیر می باشد. ژن ‭N ‬ویروس سرخک در سویه های وحشی دارای هتروژنیتی است و این ژن در ناحیه ‭C-terminal‬یا ‭Ntail ‬تا 7 در سویه های وحشی متغیر است. با کلون کردن این ژن درون وکتور مناسب می توان یک منبع ژنوم ویروسی با میزان مشخص جهت رسم منحنی به منظور مطالعات ‭Quantitative PCR ‬در روش های همچون ‭Real time PCR ‬برای اندازه گیری و شمارش کمی ویروس سرخک و همچنین ژنوتایپینگ این ویروس در ‭Outbreak ‬و اپیدمی ها به روش‭Real time PCR ‬بدست آورد. در این طرح ابتدا ویروس سرخک (سویه ‭AIK_C) ‬در سلول 5‭-MRC‬تلقیح گردید. پس از مشاهده ‭CPE ‬در سلول ها ، کل ژنوم ویروس با استفاده از روش کیت استخراج ‭RNA ‬از سلول های آلوده استخراج شد. ژن ‭N ‬ویروس سرخک با استفاده از متد ‭RT-PCR ‬جدا و تکثیر گردید. قطعه تکتیر شده تعیین توالی شده و با توالی‭AIK-C ‬موجود در بانک ژن مقایسه گردید که بدون هیچ تغییری بود. در مرحله بعد این ژن در وکتور مناسب ( پلاسمید ‭pTZ‬‮‭57‬‭R/T ) ‬کلون گردید و پس از تعیین توالی مجدد بعنوان استاندارد در روش های کمی مولکولی برای شمارش تعداد ذرات ویروس سرخک مورد استفاده قرار گیرد. واژه های کلیدی: ویروس سرخک، سویه ‭AIK-C‬، ژن ‭N ‬، آنتی ژن N، کلونینگ و بیان ژن، استاندارد در ‭Real Time PCR