مطالعه نیمرخ بیانی در گیاه اسطوخودوس انگلیسی تحت تنش خشکی با روش توالی یابی رونوشت ها

حمیده قجر; حسن سلطان لو; سیده ساناز رمضانپور; الهه توکل

مطالعه نیمرخ بیانی در گیاه اسطوخودوس انگلیسی تحت تنش خشکی با روش توالی یابی رونوشت ها

محل انتشار: فصلنامه بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره: 12، شماره: 1

سال انتشار: 1399

نوع سند: مقاله ژورنالی

زبان: فارسی

مشاهده: 594

فایل این مقاله در 24 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

دریافت فایل کامل مقاله

صدور گواهی نمایه سازی
من نویسنده این مقاله هستم

این مقاله در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:

کشاورزی > تنش خشکی

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

https://civilica.com/doc/1033433

شناسه ملی سند علمی:

JR_JOAGK-12-1_006

تاریخ نمایه سازی: 5 مرداد 1399

چکیده مقاله:

هدف: خشکی از مهمترین عوامل محدودکننده زمین های کشاورزی بوده و اثرات نامطلوبی بر رشد و تولید گیاهان اعمال میکند. اسطوخودوس انگلیسی گیاهی دارویی و معطر است که بهدلیل ارزش اسانس آن از اهمیت فوقالعادهای برخوردار است. با توجه به ماهیت نسبتا مقاوم این گیاه به کمآبی، میتواند جایگزین مناسبی برای گیاهان دارای نیاز آبی بالا در کشور باشد. بهمنظور شناسایی برخی ژنهای دخیل در پاسخ به خشکی در گیاه اسطوخودوس انگلیسی، تحلیل ترنسکریپتوم این گیاه در شرایط تنش خشکی و شاهد با بکارگیری فناوری RNA-Seq انجام پذیرفت. روش: RNAهای پیامرسان بافت برگ و گل گیاهان شاهد و تحت تنش خشکی توسط Illumina HiSeq. 2000 توالییابی شد. ضمن اینکه فعالیت برخی آنزیمهای آنتیاکسیدان، مالوندآلدئید و دیتیروزین در گیاهان شاهد و تحت تنش اندازهگیری شد. یافتهها: از مجموع 264126 رونوشت توالییابی شده، 1083 ژن در بافت گل و 150 ژن در بافت برگ در اثر اعمال تنش خشکی نسبت به گیاهان شاهد بیان افتراقی داشتند. چندین گروه GO شامل فعالیت کاتالیتیکی، پاسخ به محرکها و اتصال، در ژنهای دارای بیان افتراقی غنی شدند. همچنین آنالیز KEGG، مسیرهای مختلف مرتبط با تنش مثل سنتز متابولیتهای ثانویه، متابولیسم گلوتاتیون و پرولین و انتقال سیگنال هورمونی را شناسایی نمود. ضمن اینکه برخی ژنهای مرتبط با آنزیمهای آنتیاکسیدانت در این تحقیق شناسایی شد. نتیجهگیری: مطالعه حاضر اولین گزارش از کاربرد RNA-Seq در گیاه اسطوخودوس انگلیسی تحت تنش خشکی است. تحلیل بیوشیمیایی صورت گرفته در این تحقیق نیز با نتایج به دست آمده از RNA-Seq مطابقت داشته است. یافتههای حاصل از این تحقیق درک ما را از شبکه مولکولی پاسخ دهنده به تنش خشکی در گیاه اسطوخودوس انگلیسی توسعه داده است.

کلیدواژه ها:

آنالیز بیوشیمیایی ، انتولوژی ژن (GO) ، ژن های با بیان افتراقی (DEGs) ، RNA-Seq

نویسندگان

حمیده قجر

دانشجوی دکترای کشاورزی هسته ای، گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشکده تولیدات گیاهی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان،

حسن سلطان لو

گرگان گرگان-دانشگاه علوم کشاورزی

سیده ساناز رمضانپور

گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشکده تولید گیاهی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان

الهه توکل

عضو هیات علمی/استادیار گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی دانشگاه شیراز

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :

توحیدی نژاد فاطمه، محمدآبادی محمدرضا، اسمعیلی زاده کشکوئیه علی، نجمی ...
توکلی نکو حسین، حاجی میر رحیمی سید داوود، مرادی محمدرضا (1395) ...
بررسی بیان ژن CIB4 در بافت های مختلف گوسفند کرمانی با استفاده از Real Time qPCR [مقاله ژورنالی]
شهابی امین، طهمورثپور مجتبی، کاظمیپور علی (1398) بازسازی، آنالیز و مقایسه ...
صادقی داریوش، مرتضویان سید محمدمهدی، بختیاری زاده محمدرضا (1397) ارزیابی توالی ...
علیسلطانی ارغوان، شیران بهروز، ابراهیمی اسماعیل و همکاران (1394) الگوی بیان ژنهای مرتبط ...
Adal AM, Sarker LS, Malli RPN et al. (2019) RNA-Seq in the discovery ...
Aebi H (1984) Catalase in vitro. Methods Enzymol 105, 121-126. ...
Ali M, Hussain RM, Rehman NU et al. (2018) De novo ...
AliSoltani A, Shiran B, Ebrahimi E et al. (2015) Expression ...
Amado R, Aeschbach R, Neukom H (1984) Dityrosine: in vitro production ...
Apel K, Hirt H (2004) Reactive oxygen species: metabolism, oxidative ...
Arora A, Sairam RK, Srivastava GC (2002) Oxidative stress and ...
Bolger AM, Lohse M, Usadel B (2014) Trimmomatic: a flexible ...
Brady JD, Fry SC (1997) Formation of Di-lsodityrosine and Loss ...
Chaves MM, Maroco JP, Pereira JS (2003) Understanding plant response ...
Dugas DV, Monaco MK, Olsen A et al. (2011) Functional annotation ...
Feller U, Vaseva II (2014) Extreme climatic events: Impacts of ...
Fujii H, Zhu JK (2009) Arabidopsis mutant deficient in 3 ...
Gigon A, Matos AR, Laffray D et al. (2004) Effect of ...
Gilbert D (2016) Accurate & complete gene construction with EvidentialGene. ...
Gong H, Zhu X, Chen K et al. (2005) Silicon ...
Gorantla M, Babu PR, Lachagari VBR et al. (2006) Identification ...
Hirayama T, Shinozaki K (2010) Research on plant abiotic stress ...
Jafari Darehdor AH, Mohammadabadi MR, Esmailizadeh AK, Riahi Madvar A ...
Javot H, Maurel C (2002) The role of aquaporins in ...
Jin J, Panicker D, Wang Q et al. (2014) Next generation sequencing ...
Kandpal Rajendra P, Vaidyanathan CS, Kumar Udaya M (1981) Alterations ...
Klute A. (1986) Water retention: Laboratory methods. Methods of Soil ...
Kumar S, Trivedi PK (2018) Glutathione S-Transferases: Role in Combating ...
Li B, Dewey C (2011) RSEM: accurate transcript quantification from ...
Li H, Li J, Dong Y et al. (2019) Time-series ...
Lis-Balchin M (2002) Lavender: The Genus Lavandula (1st edn), Taylor ...
Liu S, Lv Z, Liu Y et al. (2018) Network ...
Malli RPN, Adal AM, Sarker LS et al. (2018) De ...
Maurel C, Chrispeels MJ (2001) Aquaporins: a molecular entry into ...
Mehta RH, Ponnuchamy M, Kumar J et al. (2017) Exploring ...
Min H, Chen C, Wei S (2016) Identification of drought ...
Minami M, Yoshikawa H (1979) A simplified assay method of ...
Mohammadabadi MR, Jafari Darehdor AH, Bordbar F (2017) Molecular analysis ...
Mohammadabadi MR, Tohidinejad F (2017) Charachteristics determination of Rheb gene ...
Mortazavi A, Williams BA, McCue K (2008) Mapping and quantifying ...
Munne-Bosch S, Penuelas J (2003) Photo and antioxidative protection and ...
Nakasugi K, Crowhurst R, Bally J, Waterhouse P (2014) Combining ...
Noctor G, Mhamdi A, Chaouch S et al. (2012) Glutathione ...
Nongpiur R, Soni P, Karan R et al. (2012) Histidine ...
Nunes DS, Linck VM, Silva AL et al. (2015) Psychopharmacology ...
Ohkawa H, Ohishi N, Yagi Y (1979) Assay of lipid ...
Ozsolak F, Milos PM (2011) RNA sequencing: advances, challenges and ...
Pan L, Zhang X, Wang J et al (2016) Transcriptional ...
Pan Y, Wu LJ, Yu ZL (2006) Effect of salt ...
Peleg Z, Blumwald E (2011) Hormone balance and abiotic stress ...
Sadeghi D, Mortazavian SMM, Bakhtyari Zadeh MR (2017) Transcriptome analysis of ...
Schnable PS, Ware D, Fulton RS et al. (2009) The ...
Shahabi A, Tahmoorespur M, Kazemi-Pour A (2019) Reconstruction, analysis and ...
Sharma P, Jha AB, Dubey RS, Pessarakli M (2012) Reactive ...
Shelden MC, Roessner U (2013) Advances in functional genomics for investigating salinity stress ...
Shigeoka S (2002) Regulation and function of ascorbate peroxidase isoenzymes. ...
Simao FA, Waterhouse RM, Ioannidis P et al. (2015) BUSCO: ...
Tavackoli nekoo H, Hajimir Rahimi SD, Moradi M (2017) Lavander ...
Tohidinejad F, Mohammadabadi MR, Esmailizadeh AK, Najmi Noori A (2015) ...
Tunnacliffe A, Wise MJ (2007) The continuing conundrum of the ...
Verbruggen N, Hermans C (2008) Proline accumulation in plants. J. ...
Vining KJ, Johnson SR, Ahkami A et al. (2017) Draft ...
Wang SY, Jiao H, Faust M (1991) Changes in ascorbate, ...
Wu S, Ning F, Zhang Q et al. (2017) Enhancing ...
Ye G, Ma Y, Feng Z, Zhang X (2018) Transcriptomic ...
responses of sea buckthorn (Hippophae rhamnoides subsp. sinensis) by RNA-Seq. PLoS ...
ONE 13, e0202213. ...
Zhang X, Allan AC, Li C (2015) De Novo Assembly and Characterization ...
Zhou SM, Chen LM, Liu SQ et al. (2015) De ...
Chinese Chive (Allium tuberosum Rottler ex Spr.) Transcriptome Using the Illumina ...

نمایش کامل مراجع