ناشر تخصصی کنفرانس های ایران

لطفا کمی صبر نمایید

Publisher of Iranian Journals and Conference Proceedings

Please waite ..
CIVILICAWe Respect the Science
ناشر تخصصی کنفرانسهای ایران
عنوان
مقاله

AAAligner: Anchor-based Approach to Fast Genome Sequence Alignment

سال انتشار: 1398
کد COI مقاله: ICIKT10_042
زبان مقاله: انگلیسیمشاهد این مقاله: 184
متن کامل این مقاله منتشر نشده است و فقط به صورت چکیده یا چکیده مبسوط در پایگاه موجود می باشد.
توضیح: معمولا کلیه مقالاتی که کمتر از ۵ صفحه باشند در پایگاه سیویلیکا اصل مقاله (فول تکست) محسوب نمی شوند و فقط کاربران عضو بدون کسر اعتبار می توانند فایل آنها را دریافت نمایند.

خرید و دانلود فایل مقاله

متن کامل (فول تکست) این مقاله منتشر نشده و یا در سایت موجود نیست و امکان خرید آن فراهم نمی باشد.

مشخصات نویسندگان مقاله AAAligner: Anchor-based Approach to Fast Genome Sequence Alignment

Mahmoud Naghibzadeh - Computer Engineering Department Ferdowsi University of Mashhad Mashhad, Iran
Mojtaba Hatami - Computer Engineering Department Ferdowsi University of Mashhad Mashhad, Iran
Behshid Behkmal - Computer Engineering Department Ferdowsi University of Mashhad Mashhad, Iran

چکیده مقاله:

Sequence alignment has become the gold standard in vast areas of genome sequence analysis with the aim of finding variations in these sequences. These variations may well be associated with traits or diseases. The dynamic programming approach, although innovative, is not efficient for long sequences and tremendous effort toward its improvement to make it faster and memory efficient has been pursued in various directions. The first one is parallelization for multicores, multiprocessors, and distributed systems. The second direction is utilization of General Purpose Graphic Processing Units (GPGPUs) by making alignment algorithms GPGPU-enable. The third approach aims at reducing both time and space complexities by breaking down a long pair of sequences into many short pairs and aligning each short pair separately. The last approach is inherently more efficient, assuming that the breaking method is effective, and at the same time the alignment of all pairs could potentially be done in parallel. In this paper, the Anchor-based Approach Aligner (AAAligner) is introduced which recursively breaks the two sequences along their Longest Common Subsequences (LCS) until each pair of sequences to be aligned are short enough. AAAligner is organized as a Divide and Conquer (DaC) approach and its time and space complexities shown to be very effective in reducing the overall execution time as well as space requirement compared to state of the art methods.

کد مقاله/لینک ثابت به این مقاله

برای لینک دهی به این مقاله می توانید از لینک زیر استفاده نمایید. این لینک همیشه ثابت است و به عنوان سند ثبت مقاله در مرجع سیویلیکا مورد استفاده قرار میگیرد:

https://civilica.com/doc/982277/

نحوه استناد به مقاله:

در صورتی که می خواهید در اثر پژوهشی خود به این مقاله ارجاع دهید، به سادگی می توانید از عبارت زیر در بخش منابع و مراجع استفاده نمایید:
Naghibzadeh, Mahmoud and Hatami, Mojtaba and Behkmal, Behshid,1398,AAAligner: Anchor-based Approach to Fast Genome Sequence Alignment,دهمین کنفرانس فناوری اطلاعات و دانشIKT2019,تهران,,,https://civilica.com/doc/982277

در داخل متن نیز هر جا که به عبارت و یا دستاوردی از این مقاله اشاره شود پس از ذکر مطلب، در داخل پارانتز، مشخصات زیر نوشته می شود.
برای بار اول: (1398, Naghibzadeh, Mahmoud؛ Mojtaba Hatami and Behshid Behkmal)
برای بار دوم به بعد: (1398, Naghibzadeh؛ Hatami and Behkmal)
برای آشنایی کامل با نحوه مرجع نویسی لطفا بخش راهنمای سیویلیکا (مرجع دهی) را ملاحظه نمایید.

مدیریت اطلاعات پژوهشی

صدور گواهی نمایه سازی | گزارش اشکال مقاله | من نویسنده این مقاله هستم

اطلاعات استنادی این مقاله را به نرم افزارهای مدیریت اطلاعات علمی و استنادی ارسال نمایید و در تحقیقات خود از آن استفاده نمایید.

علم سنجی و رتبه بندی مقاله

مشخصات مرکز تولید کننده این مقاله به صورت زیر است:
نوع مرکز: دانشگاه دولتی
تعداد مقالات: 27,245
در بخش علم سنجی پایگاه سیویلیکا می توانید رتبه بندی علمی مراکز دانشگاهی و پژوهشی کشور را بر اساس آمار مقالات نمایه شده مشاهده نمایید.

مقالات پیشنهادی مرتبط


مقالات فوق بر اساس داده کاوی مقالات مطالعه شده توسط پژوهشگران محاسبه شده است.

مقالات مرتبط جدید

به اشتراک گذاری این صفحه

اطلاعات بیشتر درباره COI

COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.

کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.

پشتیبانی