مقایسه عملکرد ابزارهای سرهم بندی ترنسکریپتوم در گیاه زعفران زراعی (.Crocus sativus L)
محل انتشار: فصلنامه زراعت و فناوری زعفران، دوره: 7، شماره: 1
سال انتشار: 1398
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 623
فایل این مقاله در 12 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_SAFRON-7-1_005
تاریخ نمایه سازی: 22 تیر 1398
چکیده مقاله:
زعفران گیاه دارویی و ادویه ای ارزشمند متعلق به خانواده زنبق و به عنوان منبع غنی از آپوکاروتنوئیدها در جهان محسوب می شود. به دلیل سایز بزرگ و پیچیدگی ژنوم زعفران توالی یابی آن به عنوان چالش مطرح است. با ظهور تکنیک های توالی یابی نسل بعد، توالی یابی RNA به عنوان منبع غنی مطالعات بیولوژیکی توسعه یافته است. سرهم بندی ترنسکریپتومها از تعداد بی شمار خوانش های کوتاه منبعی غنی برای مطالعه گونه هایی که ژنوم مرجع آن ها در دسترس نیست فراهم می کند. اما سرهم بندی قرائتها و رسیدن به نتیجه مطلوب به ویژه برای گیاهان پلیپلوئید همواره یک چالش بزرگ محسوب می شود. در این مطالعه کارایی ابزارهای مختلف سرهم بندی با توجه به فاکتورهایی همچون طول N50، تعداد کل یونیژن ها و درصد هم ردیفی مورد مقایسه قرار گرفتند. نتایج نشان داد که Bridger به عنوان ابزاری بهتر جهت سرهم بندی قرائتهای ترنسکریپتوم زعفران است که میتواند سرهمبندی بر اساس پارامترهای تعداد ترنسکریپتها، طول N50، اندازه کل سرهمبندی و درصد هم ردیفی قرائتها به ترنسکریپتوم فراهم آورد. Velvet/Oases بالاترین درصد درهمریختگی را نشان میدهد که منجر میشود اعضای مختلف یک خانواده ژنی که شباهت بالایی به یکدیگر دارند در یک ترنسکریپت سرهمبندی شوند. نتایج حاصل از این تحقیق می تواند به محققان در جهت انتخاب بهتر ابزار سرهم بندی و توسعه ابزارهای موجود راهکارهایی را ارائه نماید.
نویسندگان
مریم واحدی
دانشجوی دکتری، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج.
سید علیرضا سلامی
استادیار پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج.
مجید شکرپور
دانشیار پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج.
حسن رضادوست
استادیار، پژوهشکده گیاهان و مواد اولیه دارویی، دانشگاه شهید بهشتی، تهران.