کاربرد RAPD-PCR در تایپینگ جدایه های سودوموناس آئروژینوزا جداسازی شده از نمونه های بالینی

سودوموناس آئروژینوزا یکی از پاتوژن های فرصت طلب بیمارستانی می باشد. با توجه به مقاومت بالای این باکتری نسبت به عوامل ضد باکتریایی اهمیت مقاومت آن را دوبرابر کرده است. همچنین بررسی الگوی ژنتیکی این ایزوله ها ناشی از این باکتری ضروری است. هدف از این مطالعه بررسی و ارزیابی ارتباط بین سویه های مختلف، میزان تنوع ژنتیکی ایزوله های سودوموناس آئروژینوزا و مقاومت آنتی بیوتیکی با استفاده از روش ژنوتایپینگ RAPD-PCR می باشد. با هدف بررسی تنوع ژنتیکی و مقاومت آنتی بیوتیکی، 103 ایزوله سودوموناس آئروژینوزا از نمونه های بالینی بیمارستان شهید بهشتی قم جمع آوری گردید. طبق استاندارد CLSI الگوی آنتی بیوگرام نسبت به 12 آنتی بیوتیک به روش دیفیوژن مورد بررسی قرار گرفت. بررسی تنوع ژنتیکی با استفاده از 10 پرایمر کوتاه شرکت اپرون و الگوی الکتروفورزی تکرار پذیر با روش RAPD-PCR انجام شد. تنوع ژنتیکی و میزان پلی مورفیسم بین سویه ها با نرم افزار NTSYS و MVSP مورد ارزیابی قرار گرفت. 38 نمونه از عفونت های ادراری، 37 نمونه از سوختگی ها، نمونه از خلط خونی و 8 نمونه از خون بیماران بودند. بالاترین میزان مقاومت آنتی بیوتیکی در بین سویه ها مربوط به سفوتاکسیم با 75/72 درصد و کمترین مقاومت مربوط به سفتازیدیم + کلاونیک 13/59 درصد بود. در الگوی PCR، طول باندها از 100bp تا 3Kb متغیر بود. مجموع کل باندها 620 می باشد و میانگین پلی مرفیسم ایزوله ها 51/2 درصد بود. بیشترین تعداد باندهای پلی مورف توسط پرایمر OPX-01 با 16 باند ایجاد گردید. این روش بخوبی توانست با ترسیم دندروگرام UPGMA و NJ ایزوله ها را با توجه به منشا اخذ نمونه ها از یکدیگر تفکیک کند. نتایج نشان دهنده تنوع ژنتیکی بسیار بالایی بین نمونه ها بود، این امر حاکی از تنوع منابع آلودگی در نمونه های بالینی در شهرستان قم می باشد. با توجه به قدرت افتراق بالا و الگوی الکتروفورژی تکرار پذیر در مطالعات اپیدمیولوژیک تکنیک RAPD-PCR یکی از روش های دقیق و درست برای ارزیابی ارتباط ژنتیکی بین سویه های سودوموناس آئروژینوزا می باشد. این تکنیک اطلاعاتی در مورد تنوع ژنتیکی خانواده ها و زیرخانواده و شناخت کامل از میزان تشابه آنها و همچنین اطلاعاتی در مورد میزان مقاومت آن ها به آنتی بیوتیک ها با توجه به الگوی ژنتیکی حاصله در PCR به ما می دهد.

کلیدواژه ها:

سودوموناس آئروژینوزا ، مقاومت آنتی بیوتیکی ، .RAPD-PCR