ورود
مقالات فارسیISIکنفرانسهاژورنالها

ارزیابی ساختار ژنتیکی شتر با استفاده از روش های PCA و خوشه بندی سلسله مراتبی

محل انتشار: فصلنامه بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره: 8، شماره: 3
سال انتشار: 1395
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 490

فایل این مقاله در 14 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:
https://civilica.com/doc/864908

شناسه ملی سند علمی:

JR_JOAGK-8-3_006

تاریخ نمایه سازی: 20 خرداد 1398

چکیده مقاله:

الگوهای حاصل از داده­های مولکولی می­توانند جهت شناسایی ارتباط میان جمعیت­های یک گونه به کار گرفته شوند. در ایران، شتر به عنوان یکی از منابع مهم جهت تامین شیر، گوشت و الیاف کاربرد گسترده­ای دارد. با استفاده از 8 جفت نشانگر ریزماهواره (YWLL08، VOLP03، VOLP08، YWLL38، CVR01، YWLL44،  VOLP32 وVOLP67 ) ساختار و فاصله ژنتیکی جمعیت 81 نفره شتر، ارزیابی گردید. با استفاده از روش نمکی بهینه یافته، DNA ژنومی شترها استخراج و تکثیر جایگاه­های ریزماهواره از طریق واکنش زنجیره­ای پلیمراز با موفقیت انجام شد و فرآورده­های حاصل روی ژل پلی­آکریل­آمید 8% واسرشته­ساز الکتروفورز شدند. بیشترین فاصله ژنتیکی بین جمعیت شهربابک و صحرای جهاد (56/0) و کمترین آن بین دو جمعیت رفسنجان (11/0) مشاهده گردید. نتایج PCA به بهترین شکل تعداد گروه­های ژنتیکی موجود در مجموعه داده­ها را توجیه کرد و نشان داد که کل نمونه­ها به 3 مولفه اصلی تفکیک شدند. هم­چنین نتایج خوشه­بندی سلسله مراتبی نشان داد که در اولین سطح خوشه­بندی، جمعیت­های شهربابک، رفسنجان 1 و رفسنجان 2 در خوشه مشترکی قرار دارند و جمعیت شمشیرآباد خوشه متمایز دیگری را به خود اختصاص داده است، در حالی­که جمعیت صحرای جهاد در یک خوشه کاملا مستقل قرار گرفته است. در کل نتایج حاصل از این مطالعه نشان دهنده مطابقت خوشه­بندی ژنتیکی جمعیت­ها با فواصل جغرافیایی آنهاست.

کلیدواژه ها:

شتر ، تجزیه و تحلیل مولفه های اصلی ، خوشه بندی سلسله مراتبی ، فاصله ژنتیکی

نویسندگان

مهرداد قاسمی میمندی

دانش اموخته کارشناسی ارشد ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنرکرمان

محمدرضا محمدآبادی

استاد، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر، کرمان، ایران

مهدیه منتظری

دانشجوی دکتری ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران/ انجمن پژوهشگران جوان، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران.

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Abdallah HR, Faye B (2012). Phenotypic classification of Saudi Arabian ...
  • Abdussamad AM, Charruau P, Kalla DJU, Burger PA (2015). Validating ...
  • Ansari-Renani HR, Salehi M, Ebadi Z, Moradi S (2010). Identification ...
  • Barazandeh A (2016). Whole genome CpG islands investigation in Camelid ...
  • Barazandeh A, Mohammadabadi MR, Ghaderi M, Nezamabadipour H (2016a). Genome-wide ...
  • Barazandeh A, Mohammadabadi MR, Ghaderi M, Nezamabadipour H (2016b). Predicting ...
  • Banerjee P, Joshi J, Upasan S, Ganai N, Vijh RK ...
  • Barker JSF (1994). A global protocol for determining genetic distances ...
  • Chauhan T, Lal KK, Mohindra V, Singh R, Punia O, ...
  • Edea Z, Dadi H, Kim SW, Dessie T, Lee T, ...
  • Eltanany M, Elfaroug SO, Distl O (2015). Assessment of genetic ...
  • Gershon D (2002). Microarray technology: an array of opportunities. Nature ...
  • Groeneveld LF, Lenstra JA, Eding H, Toro MA, Scherf B ...
  • Herrero-Medrano JM, Megens H, Groenen MAM, Ramis G, Bosse M, ...
  • Javanmard A, Mohammadabadi MR, Zarrigabayi GE, Gharahedaghi AA, Nassiry MR, ...
  • Ji R, Cui P, Ding F, Geng J, Gao H, ...
  • Jianlin H (2000). Origin, evolution and genetic diversity of old ...
  • Kijas JW, Townley D, Dalrymple BP, Heaton MP, Maddox JF, ...
  • Lang KDM, Wang Y, Plante Y (1996). Fifteen polymorphic dinucleotide ...
  • Mahrous KF, Ramadan HAI, Abdel-aziem SH, Mordy MA, Hamdan D ...
  • Miller SA, Dykes DD, Polesky HF (1988). A simple sating ...
  • Mohammadifar A, Mohammadabadi MR (2011). Application of microsatellite markers for ...
  • Microsatellite loci analysis for the genetic variability and paternal lineages in Iranian native dogs [مقاله ژورنالی]
  • Mousavizadeh A, Mohammad Abadi MR, Torabi A, Nassiry MR, Ghiasi ...
  • Nei M (1972). Genetic distances between populations. American Naturalist 106: ...
  • Obreque VL, Coogle PJ, Henney E, Bailey R, Mancilla J, ...
  • R Development Core Team (2014). R: a language and environment ...
  • R Development Core Team (2015). R: A language and environment ...
  • Sasse J, Mariasegaram M, Jahabar MK, Pullenayegum R, Kinne BR, ...
  • Schulz U, Tupac-Yupanqui I, Martínez A, Méndez S, Delgado JV, ...
  • Shahkarami S, Afraz F, Mirhosseini Z, Banabazi MH, Asadzadeh N, ...
  • Tavakoliyan J (1999). Review of Genetic Resources of Native Livestock ...
  • Truxillo C, Hamer R (2007). Multivariate statistical methods: Practical research ...
  • Vijh RK, Tantia MS, Mishra B, Bharani Kumar ST (2007). ...
  • Ward JH (1963). Hierarchical grouping to optimize an objective function. ...
  • Yeh FC, Yang R, Boyle T (1999). PopGene. Version 1.31. ...
    • نمایش کامل مراجع