مقایسه روش های مختلف لایه بندی جمعیتی گاوهای سرابی و نجدی با استفاده از نشانگرهای ژنتیکی متراکم

هدف: تاکنون از روش­های مختلفی برای بررسی ساختار جمعیتی با استفاده از نشانگرهای موجود درکل ژنوم (چند شکلی­های تک­نوکلئوتیدی (SNP)) استفاده شده است که هر کدام نقاط ضعف و قوتی دارند. در پژوهش حاضر از خوشه­بندی شبکه­ای بدون نظارت یا SPC که روشی مبتنی بر داده­کاوی است، برای بررسی ساختار جمعیت گاوهای سرابی و نجدی استفاده شد. مواد و روش­ها: جمعیت مورد مطالعه 424 راس گاو شامل 213 راس گاو نجدی و 211 راس گاو سرابی بود که باChip 40 K v 2 Illumina Bead برای نشانگرهای تک­نوکلئوتیدی تعیین توالی شدند. برای تجزیه ساختار جمعیت از بسته­ی نرم­افزاری (SPIN) SORTING POINTS INTO NEIGHBORHOOD  استفاده شد. بعد از ویرایش داده­ها، 27859 نشانگر اتوزومی تجزیه و تحلیل شدند. نتایج: خوشه­بندی بر اساس شباهت­ها و تفاوت­های نوکلئوتیدها، منجر به طبقه­بندی دو جمعیت پایه و نه زیر جمعیت شد. نتیجه­گیری: در مقایسه با سایر روش­های موجود برای لایه­بندی جمعیت، در حال حاضر روش SPIN با توجه به عدم نیاز به فرض­های پیشین، کارایی مناسبی جهت تجزیه و تحلیل ساختار جوامع دارد.

کلیدواژه ها:

چندشکلی های تک نوکلئوتیدی ، خوشه بندی شبکه ای بدون نظارت ، داده کاوی ، ساختارجمعیتی