نقش مدل تکاملی و معیار انتخاب مدل در روابط فیلوژنتیک کپورماهیان (ماهیان استخوانی عالی: کپورماهی شکلان) بر اساس توالی ژن میتوکندریاییCOI

با هدف بررسی روابط فیلوژنتیک کپورماهیان و همچنین نقش پارامترهای مختلف مدلهای تکاملی بر توپولوژی درخت، تعداد 81 توالی نوکلئوتیدی متعلق به 81 گونه از 29 جنس از بانک ژن دریافت شد. پس از همردیفی با توالی یک گونه لوچ ماهی به عنوان گروه خارجی، سه مدل GTR+I+G، HKY+I+G و SYM+I+G توسط چهار معیار اطلاعاتی آکائیک، آکائیک اصلاح شده، بیزین و تئوری تصمیم گیری در jModelTest 2.1.10 به ترتیب به عنوان سه مدل جانشینی نوکلئوتیدی برتر انتخاب شدند. درختهای بیزین در MrBayes 3.2.6 ترسیم و مورد مقایسه قرار گرفت. جهت بررسی تاثیر دو پارامتر نسبت جایگاه های تغییرناپذیر و توزیع گاما، سه درخت بیزین دیگر توسط مدلهای GTR+I، GTR+G و GTR ترسیم و با درخت حاصل از مدل برتر GTR+I+G مقایسه شدند. علیرغم متفاوت بودن تعداد انواع جانشینی نوکلئوتیدی در مدلهای GTR+I+G و HKY+I+G و فراوانی بازها در مدلهای GTR+I+G و SYM+I+G، توپولوژی درختها بسیار مشابه، اما مقادیر احتمالات پسین (PB) گره ها متفاوت بود. نتایج هر سه مدل نشان داد که شماری از جنسهای مورد مطالعه تکنیا نبوده و جایگاه فیلوژنتیکی تعدادی از تاکسونها تحت بهکارگیری هر مدل متغیر است. از سوی دیگر، در درختهای بیزین به دست آمده برای سه مدل GTR+I، GTR+G و GTR، جایگاه فیلوژنتیک تعداد زیادی از تاکسون ها تغییر کرده است. نتایج این مطالعه پیشنهاد میکند که از بین پارامترهای مختلف مدل جانشینی نوکلئوتیدی، پارامتر تعداد انواع جانشینی نوکلئوتیدی عمده تاثیر خود را بر مقادیر احتمالات پسین گره ها اعمال میکند درحالیکه سه پارامتر فراوانی بازها، نسبت جایگاه های تغییرناپذیر و توزیع گاما علاوه بر مقادیر احتمالات پسین، جایگاه فیلوژنتیک تعدادی از تاکسونهای این خانواده را نیز تحت تاثیر قرار میدهند.

کلیدواژه ها:

مدل جانشینی نوکلئوتیدی ، معیار اطلاعاتی ، فیلوژنی ، ژنوم میتوکندری