تشخیص کمپلکس های پروتیینی مبتنی بر تعامل های درون ماژولی و بین ماژولی در شبکه برهمکنش پروتیین-پروتیین

کمپلکس پروتیینی گروهی از پروتیین ها هستند که نقش مهمی در فرایندهای زیستی دارند. با توجه به نقش کمپلکس های پروتیینی در انجام بسیاری از عملکردهای سلولی موجودات زنده، کشف آن ها می تواند به درک بهتر فرآیندهای سلولی و توسعه کاربردهای مبتنی بر مهندسی زیستی منجر شود. ازاین رو یکی از چالش برانگیزترین مسایل موجود در محاسبات زیستی تشخیص کمپلکس های پروتیینی در شبکه های برهمکنش پروتیین-پروتیین (PPI) است. بیشتر روش های محاسباتی موجود مبتنی بر این باور طراحی شده اند که نواحی متراکم در شبکه PPI ممکن است مطابقت بیشتری با کمپلکس های پروتیینی داشته باشند. از طرفی کمپلکس های پروتیینی پراکنده تقریبا یک سوم کمپلکس های ارزیابی را تشکیل می دهند، که در روش های محاسباتی ذکرشده نادیده گرفته می شوند. بنابراین در این پژوهش یک روش دومرحله ای برای تشخیص هر دو نوع کمپلکس های پروتیینی، متراکم و پراکنده در شبکه تعاملی پروتیینی پیشنهادشده است. در مرحله اول، هسته ها را که به عنوان قلب کمپلکس های پروتیینی است تشخیص داده می شود و سپس افزونه ها را بر اساس معیار تفاوت تعداد یال های درون ماژولی و بین ماژولی و توزیع درجه، به هسته اضافه می شود. ارزیابی کارایی روش پیشنهادی و مقایسه با روش های قبلی مانند MCODE، DPClus، ADHAC و COACH بر روی شبکه برهم کنش پروتیینی مانند DIP نشان دهنده ی عملکرد بهتر در تشخیص کمپلکس های پروتیینی متراکم و پراکنده است.

کلیدواژه ها:

شبکه های تعاملی پروتیین-پروتیین ، کمپلکس های پروتیینی ، توزیع درجه ، کمپلکس های پراکنده