بررسی انحراف کدونی توالی کد کننده ژن کالپاستاتین در برخی از پستانداران

کالپاستاتین یکی از آنزیم های تشکیل دهنده سیستم پروتیولیتیک کال پاین ا ست که در شکل گیری، تجزیه بافت های عضلانی و تردیگوشت پس از ک شتار موثر بوده و به عنوان یک ژن کاندیدا درارتباط با راندمان رشد و کیفیت گو شت در دام های اهلی موردتوجه قرار گرفته است. در ا ین پژوهش توالی ناحیه کد کننده ژن کالپاستاتین در شش گونه پستاندار (انسان، موش، گاو، کژگاو، گوسفند و بز) مورد بررسی قرار گرفت. توالیهای ژنی و پروتیینی از با نک ژن بازیابی و مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. آنالیز همولوژی و همترازی، فیلوژنی، تنوعنوکلیوتیدی همچنین بررسی تنوع در طول ناحیه کدکننده وتنوع در کدون پایانی با استفاده از نرم افزارهای &OXVWDO وMega7انجام گرفت. با استفاده از نرم افزار CodonW شاخص های ترجیح کدونی محاسبه گرد ید تا وضعیت کارکرد کدونی توالی ها نمایان گردد. شاخص سازگاری کدون (CAI) در گونه گاو بالاترین مقدار( 256، 0)و در گونه گوسفند کمترین مقدار(236، 0)برآورد شد. شاخص گرایش کدونهای مترادف (RSCU) برای آمینواسیدهای سرین و آسپارتیک ا سید که به ع نوان ا سید آمی نه انتهایی در گونه های مختلف بوده اند به ترتیب (AGC 1/38) و (GAU 1/01) محاسبه گردید. همچنین گونه بز در شاخص تعداد کدونهای موثر (ENC) دارای بیشترین مقدار، میباشد.

کلیدواژه ها:

کالپاستاتین ، آنالیز بیوانفورماتیکی ، گرایش کدونی ، آنالیز فیزیکی