توالی یابی نسل بعدی (NGS) و کاربرد آن در گیاهان زراعی

سال انتشار: 1394
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 3,242

فایل این مقاله در 9 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

BPCONF02_010

تاریخ نمایه سازی: 19 اردیبهشت 1395

چکیده مقاله:

استفاده از تکنولوژی های نسل بعدی توالی یابی، امکان توالی یابی مجدد کل ژنوم گیاهان و یا کل ترنیکریپتوم نمونه را به گونه ای کارامدتر، اقتصادی ترو دقیق تر از قبل فراهم آورده است. توالی یابی RNA یا RNA-seq روشی برای دسته بندی ترنسکریپتوم است، که در آن سطوح بیان ژن های خاص، اسپلایسینگ افتراقی، و بیان آلل های خاص در رونوشت ها، به دقت برای بررسی بسیاری از مسائل بیولوژیکی، ارزیابی می گردد. این تکنولوژی ها به طور روزافزونی در شناسایی چند شکلی ها یتک نوکلئوتیدی ( SNP)، تهیه نقشه های لینکاژی، تعیین ژن های مقاومت، تعیین QTL ها، تعیین نواحی کروموزومی انتقال یافته به نتایج، توالی یابی کل ژنوم و کاربردهای دیگر مورداستفاده قرار می گیرند. در این مقاله با بررسی جنبه های متفاوت تکنولوژی های NGS به توصیفی کلی از مراحل و کاربردهای آن در کشاورزی و گیاهان زراعی می پردازیم.

کلیدواژه ها:

تکنولوژی های نسل بعدی ، گیاهان زراعی ، RNA-seq

نویسندگان

شکوفه صدراوی

کارشناسی ارشد، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران

رحمت محمدی

داکترای، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران

رضا معالی امیری

دانشیار، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Strickler SR, Bombarely A, Mueller LA (2012) designing a transcriptome ...
  • Novaes EDR, Drost WG, Farmerie GJ, Pappas D, Grattapaglia RR, ...
  • Alagna F, D Agostino N, Torchia L, Servili M, Rao ...
  • Barakat A, Diloreto D S, et al. (2009) Comparison of ...
  • Dassanayake M, Haas JS, Bohnert HJ, Cheeseman JN (2009) Shedding ...
  • Denoeud F, Aury J, et al (2008) Annotating genomes with ...
  • Wang ET, Sandberg R et al (2008). Alternative isoform regulation ...
  • Soltis DE, Albert VAJ, et al (2009) Polyploidy and angiosperm ...
  • Mamanova L, Coffey A J, et al (2010) T arget- ...
  • Martin JA, Wang Z (2011) Next -generation transcriptome assembly. Genetics. ...
  • Altschul SF, Madden TL, Schaffer AA, Zhang J, Zhang Z, ...
  • Collins LJ, Biggs PJ, Voelckel C, Joly S (2008) An ...
  • Alagna F, D Agostino N, Torchia L, Servili M, Rao ...
  • Brautigam A, Mullick T, Schliesky S, and Weber APM (2011) ...
  • Gotz SJ, Garcia-gomez M, et al (2008) H igh-throughput functional ...
  • Karp PD, paley SM, et al (2010) Pathway Tools version ...
  • Hoen PT, Ariyurek Y, Thygesen H (2008) Deep sequen cingbased ...
  • Varshney RK, Nayak SN, May GD, Jackson SA (2009b) Next ...
  • Varshney RK, et al (2009 a) Orphan legume crops enter ...
  • نمایش کامل مراجع