تعریف نشانگرهای پایا برای بیماری های پیچیده با استفاده از شبکه های برهمکنش پروتئین

در گذشته بسیاری از محققان به منظور تشخیص بیماری، تلاش میکردند با استفاده از داده های ریزآرایه، به یافتن ژن های دارای بیشترینمیزان تغییر بیان ژنی بپردازند. اما با توجه به اینکه این ژن ها در مجموعه داده های دیگر پایا نیستند، یعنی نشانگرهای بدست آمده براییک مجموعه داده از یک نوع بیماری الزاما نشانگر های مناسبی برای مجموعه داده ای دیگر از همان نوع بیماری نیستند، امروزه روشهایجدیدتری به وجود آمده است که در آنها سعی می شود از اطلاعات موجود در شبکه های ژنی نیز استفاده شود.در این پژوهش روشی مبتنی بر شبکه ارائه شده است که در آن با بهره گیری از داده های بیان ژنی و شبکه برهمکنش پروتئین-پروتئین به رتبه بندی ژن ها با استفاده از روشی مشابه روش قدم زنی تصادفی پرداخته شده است. پس از آن با انتخاب ژن های با رتبهبالاتر، زیر شبکه هایی مت شکل از هر یک از این چند ژن و ژن هایی که در شبکه به آنها خیلی نزدیک و با آنها هم بیان هستند، حاصلشده است و ویژگی هایی به منظور طبقه بندی از روی این زیرشبکه ها بدست آمده است، در پایان نشانگرهای پایا معرفی شده اند . الگوریتمارائه شده بر روی داده های چهار نوع سرطان از نه مجموعه داده مختلف تست شده است و مشاهده شده که در روش ارائه شده ژن هایی (وزیر شبکه هایی) که برای ت شخیص بیماری بکار گرفته می شوند به نسبت روشهای پیشین می تواند نتایج بهبود یافته تر و پایاتری را ارائهکنند.

کلیدواژه ها:

بیماری ، شبکه برهمکنش پروتئین- پروتئین ، بیان ژنی ، زیرشبکه ، نشانگر