بررسی و پیاده سازی موازی روش جستجوی مارپیچ برای پیشبینی ساختار پروتئین

پیشبینی ساختار پروتئین، به عنوان پیشبینی ساختار سوم آن با استفاده از اطلاعات ساختار اول )توالی اسیدهای آمینه( آن تعریف میشود. در مقایسه با تعداد بسیار زیاد توالیهای شناخته شده، ساختار تعداد کمی از پروتئینها شناخته شده است. بارشد بیشتر شکاف بین توالیها و ساختارهای شناخته شده، نیاز به توسعه روشهای پیشبینی ساختار که قابل اعتماد باشند، افزایش یافته است. تعداد زیادی از الگوریتمهای جستجوی فرا ابتکاری موجود تلاش میکنند تا مسئله را با جستجو در ساختارهای ممکن و یافتن ساختاری با انرژی کمینه، حل کنند. در این مقاله، روش جستجوی مارپیچ برمبنای الگوریتم فرا ابتکاری تابو را بررسی و پیاده سازی به صورت موازی انجام میشود و نتایج حاصل از آن برای پیشبینی ساختار پروتئین براساس مدل انرژی HP با استفاده از شبکه سه بعدی FCC ارائه میگردد

کلیدواژه ها:

پروتئین ، پیشبینی ساختار پروتئین ، جستجوی مارپیچ ، پیادهسازی موازی ، مدل انرژی HP