مطالعه بیوانفورماتیکی ژن مسئول مقاومت به سفیدک سطحی در لوکوس pm3 در گندم

درگندم؛ مقاومت اخصاصی به پاتوژن قارچ سفیدک سطحی(Bgt) بوسیله ژن های pm کنترل می گردد. تاکنون بیش از 55 ژن Pm در 39 جایگاه ژنی در کروموزوم های گندم شناسایی شده است. حدود 7 الل ( pm3a-pm3g ) درلوکوس pm3 در بازوی کوتاه کروموزوم 1A گندم هگزاپلوئید شناسایی گردید. ارزیابی هم ردیفی توالی نوکلئوتیدی و پروتئینی الل های ژن pm3 با استفاده از نرم افزار BioEdit حاکی از شباهت بسیار بالای توالی الل ها بود. بطوریکه در بین آنها، الل های pm3a و pm3b بیشترین تفاوت را به سایر الل ها نشان دادند. درخت فیلوژنتیکی ترسیم شده بوسیله نرم افزار MEGA، حاکی از قرارگیری الل های a وb و الل f در دو گروه جداگانه و سایر الل ها در زیر شاخه جداگانه از این الل ها بود که نتایج فاصله ژنتیکی تایید کننده نتایج فیلوژنتیکی بود. آنالیز Coils توالی پروتئینی حاکی از قرار گیری ناحیه CC، بین اسیدآمینه های 17 و 58 بود لذا این الل ها به زیر خانواده CC، از پروتئین مقاومت LRR - NBS تعلق دارند. توالی ناحیه LRR در تمامی الل ها به جز الل Pm3C یکسان و حدود 60 اسید آمینه بود در حالیکه در الل Pm3C طول این ناحیه حدود 394 اسید آمینه بود. در حالیکه طول ناحیه NB درتمامی الل ها یکسان و حدود 285 اسید آمینه بود.

کلیدواژه ها:

اBgt ، pm ، بیوانفورماتیک ، LRR