بررسی مناطق با آنتی ژنسیتی بالا در ژن آلفا توکسین باکتری کلستریدیوم نویی تیپ A

باکتری کلستریدیوم نویی سیتوتوکسینی با نام آلفا توکسین تولید می کند که با وزن مولکولی 250 کیلو دالتون دارای فعالیت آنزیمی است و بر روی گیرنده های Rho سلول های پستانداران تاثیر می گذارد. پیش بینی نواحی اتصال به MHC در یک آنتی ژن خاص در شناسایی بیماری ها و طراحی پپتید واکسن موثر است. روش های آزمایشگاهی برای شناسایی نواحی آنتی ژنتیک سخت و زمان براست. استفاده از روش های محاسباتی برای پیش بینی مناطق آنتی ژنتیک این زمان را کاهش می دهد. در تحقیق حاضر نواحی باآنتی ژنسیتی بالا در آلفا توکسین به کمک ساختار دوم پروتئین نقشه هیدروفوبیسیته و الگو ریتم Kolaskar- tongaonkar بررسی گردید. نتایج نشان داد که بیشترین قطعات با آنتی ژنسیته بالا در نیمه دوم پروتئین (اسید آمینه 1000+) است، بنابراین نیمه دوم می تواند برای ساخت قطعات کوچک با بیشترین احتمال آنتی ژنسیتی استفاده شود.

کلیدواژه ها:

آلفا توکسین ، کلستریدیوم نویی ، ساختار دوم پروتئین ، نواحی اپی توپی