توالی یابی ناحیه رمزکننده و تجزیه وتحلیل توالی های نوکلئوتیدی، پروتئینی و راه اندازژن مقاومت به زنگ نواری yr5،در سه رقم گندم

زنگ زرد یکی از مهم ترین بیماری های گندم در ایران و جهان می باشد. سال های اخیر پیشرفت های عظیمی در زمینه افزودن اطلاعات توالی درون بانک های ژن و داده های بیان در پایگاه های داده ای ژنومیکی متفاوت، حاصل شده است. Tr5 از ژن های مقاومت به زنگ زرد در مرحله گیاهچه ای است که در مقابل تمام نژادهای بیمارگر گندم موثر بوده و پیوستگی شدیدی با چند ژن مهم دیگر مقاومت به این بیماری دارد. جهت بررسی توالی این ژن با کمک نشانگر YrSTS(7,8) واکنش PCR انجام و پس از تخلیص نمونه ها، محصولات توالی یابی شدند. تجزیه و تحلیل بیو انفورماتیکی توالی نوکلئوتیدی و پروتئینی از طریق NCBI و نرم افزارهای VectorNTI و CLCbio Sequence viewer6 انجام پذیرفت. توالی راه انداز در پایگاه های PHYTOZOME و PLANTCARE بررسی گردید. تجزیه و تحلیل نشان دهنده ی همسانی ترادف نوکلئوتیدی در هر سه ژنوتیپ است. بررسی توالی پروتئینی حاکی از مشابهت اسید آمینه ها در توالی ژنوتیپ های بولانی، Triticum speltavar. album، و پیشتاز و توالی نشانگر Xwgp17 و تفاوت توالی پروتئینی رقم Avocet’S’ با سایر توالی ها می باشد. جانشینی و تغییر در اسید آمینه های قطبی و غیر قطبی می تواند دلیلی برحساسیت رقم Avocet’S’ در برابر بیماری زنگ زرد باشد. وجود دامنه NB-ARC که در پاسخ به بیماری های گیاهی موثر است. در کلیه توالی ها مشخص گردید. راه انداز نیز دارای موتیف هایی مرتبط با واکنش به تنش های زیستی می باشد.

کلیدواژه ها:

زنگ نواری(زرد) ، ژن مقاومت Tr5 ، توالی یابی ، تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی