استفاده از روش In silico siRNA search برای طراحی siRNA جهت ایجاد مقاومت عمومی در خیار Cucumis sativus L نسبت به ویروس Cucumber vein yellowing

استفاده از siRNA ها روشی قدرتمند برای خاموش کردن ژن های هدف می باشد.siRNA ها این توانایی و پتانسیل را دارند که برای خاموش کردن اختصاصی ژن های ویروس vein yellowing در گیاهان میزبان این ویروس ازجمله خیار Cucumis sativus L. مورد استفاده قرار گیرند و در نتیجه این گیاهان نسبت به ویروس مربوطه مقاومت پیدا کنند. چالشی که در اینجا وجود دارد طراحی siRNA های است که بتوانند بدون در نظر گرفتن تنوع ژنتیکی در ایزوله های مختلف ویروس مورد نظر باعث خاموش شدن ژن های ویروس شوند و همچنین این siRNA ها باید به گونه ی طراحی شوند که ژن های خودگیاه را خاموش نکنند. در این مطالعه siRNA ها براساس مناطق بسیار حفظ شده ژن کد کننده پروتئین کت ویروسی از جدایه های مختلف ویروس Cucumber vein yellowing virus (CVYV) که آلوده کننده خیار می باشد، طراحی شد. برای طراحی siRNA با شرایط مذکور از نرم افزار های طراحی کننده siRNA یعنی Ambion و IDT استفاده شد. درنهایت جستوجوی متقابل درژنوم گیاه خیار با استفاده از BLAST تایید کرد که siRNA های طراحی شده هیچ مشابهتی درژنوم گیاه ندارند. بدین ترتیب siRNA ها مورد نظر برای ژن کدکننده پروتئین کت که یک ژن بسیار ضروری برای ویروس CVYV می باشد. طراحی شد که این امر می تواند مقدمه ی برای مقاومت عمومی خیار نسبت به CVYV باشد.

کلیدواژه ها:

خیار ، siRNA ، Cucumber vein yellowing virus