استفاده از روش In silico siRNA search برای طراحی siRNA جهت ایجاد مقاومت عمومی در خیار Cucumis sativus L نسبت به ویروس Cucumber vein yellowing

سال انتشار: 1392
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 512

متن کامل این مقاله منتشر نشده است و فقط به صورت چکیده یا چکیده مبسوط در پایگاه موجود می باشد.
توضیح: معمولا کلیه مقالاتی که کمتر از ۵ صفحه باشند در پایگاه سیویلیکا اصل مقاله (فول تکست) محسوب نمی شوند و فقط کاربران عضو بدون کسر اعتبار می توانند فایل آنها را دریافت نمایند.

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

NBCI08_0262

تاریخ نمایه سازی: 29 شهریور 1394

چکیده مقاله:

استفاده از siRNA ها روشی قدرتمند برای خاموش کردن ژن های هدف می باشد.siRNA ها این توانایی و پتانسیل را دارند که برای خاموش کردن اختصاصی ژن های ویروس vein yellowing در گیاهان میزبان این ویروس ازجمله خیار Cucumis sativus L. مورد استفاده قرار گیرند و در نتیجه این گیاهان نسبت به ویروس مربوطه مقاومت پیدا کنند. چالشی که در اینجا وجود دارد طراحی siRNA های است که بتوانند بدون در نظر گرفتن تنوع ژنتیکی در ایزوله های مختلف ویروس مورد نظر باعث خاموش شدن ژن های ویروس شوند و همچنین این siRNA ها باید به گونه ی طراحی شوند که ژن های خودگیاه را خاموش نکنند. در این مطالعه siRNA ها براساس مناطق بسیار حفظ شده ژن کد کننده پروتئین کت ویروسی از جدایه های مختلف ویروس Cucumber vein yellowing virus (CVYV) که آلوده کننده خیار می باشد، طراحی شد. برای طراحی siRNA با شرایط مذکور از نرم افزار های طراحی کننده siRNA یعنی Ambion و IDT استفاده شد. درنهایت جستوجوی متقابل درژنوم گیاه خیار با استفاده از BLAST تایید کرد که siRNA های طراحی شده هیچ مشابهتی درژنوم گیاه ندارند. بدین ترتیب siRNA ها مورد نظر برای ژن کدکننده پروتئین کت که یک ژن بسیار ضروری برای ویروس CVYV می باشد. طراحی شد که این امر می تواند مقدمه ی برای مقاومت عمومی خیار نسبت به CVYV باشد.

کلیدواژه ها:

خیار ، siRNA ، Cucumber vein yellowing virus

نویسندگان

سیامک غزالی

دانشجوی ارشد بیوتکنولوژی کشاورزی دانشگاه کردستان

اسماعیل خالدی

دانشجوی ارشد بیماری شناسی گیاهی دانشگاه کردستان

لیلا اکبری

دانشجوی کارشناسی ارشد اصلاح نباتات دانشگاه شهرکرد

محمد حسن شمسی فرد

دانشجوی ارشد بیوتکنولوژی کشاورزی دانشگاه کردستان

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Tang G, Galili G and Zluang X. 2007, RNAi and ...
  • Jagtap U B _ et al. 2011, Role of RNA ...
  • Niu J- H, et al. 2010, RNAi technology extends its ...
  • Reynolds A, et al. 2004, Rational siRNA design for RNA ...
  • Zhonghua, Z. et al. 2009, An Integrated Genetic and Cytogenetic ...
  • Han, Y. et al. 2011, An integrated molecular cytogenetic map ...
  • Dawei, L.et al. 2011, Syntenic relationships between cucumber (Cucumis sativus ...
  • Bananej, K. Desbiez, C., Girard, M., Wipf- Scheibel, C., 2006, ...
  • نمایش کامل مراجع