خوشه بندی عملکردی ژن های اسید فسفاتاز گیاه آرابیدوپسیس تالیانا بر اساس الگوی بیان در طول زمان تحت تاثیرغلظت فسفات

امروزه با وجود حجم انبوهی از داده های بیانی ژن ها مربوط به موجودات مختلف استفاده از روش های محاسباتی و رایانه ای برای فهم عملکرد ژن ها مورد نیاز است. می توان از مجموعه داده های بیانی به منظور دریافت اطلاعات مفید مانند الگوی رفتاری ژن ها در ارتباط با شرایط محیطی و همچنین برهم کنش های بین آن ها استفاده کرد. در این پروژه به منظور بررسی الگوی بیان ژن های اسید فسفاتاز در طول زمان رشد در حضور یا عدم حضور فسفات در محیط کشت نیمه کمی استفاده شد. سپس خوشه بندی داد ههای بیانی با استفاده ازالگوریتم RT-PCR از توالی های یگانه در واکنش انجام شد و ژن ها بر اساس شباهت در الگوی رفتار ی خوشه بندی گردیدند. این آزمایش ها و تجزیه و Fuzzy C Means تحلیل داده های حاصل نشان داد بر اساس الگوی زمانی بیانی ژن های اسید فسفاتاز در ریشه و اندام هوایی به چندین گروه قابل تقسیم هستند. همچنین، این بررسی نشان داد که تنها معدودی از ژن ها رفتارهای بیانی مشابهی در ریشه و اندام هوایی دارند و یا در خوشه های بیانی مشابهی قرار می گیرند.

کلیدواژه ها:

اسید فسفاتازها ، آرابیدوپسیس ، FCM داده های بیانی ، خوشه بندی ژن ها ، الگوریتم