شناسایی ژن های مهم در متابولیسم چربی با استفاده از آنالیز EST و آنالیز پروموتور این ژنها

سال انتشار: 1390
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 1,075

فایل این مقاله در 7 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

این مقاله در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

NBCI07_0037

تاریخ نمایه سازی: 29 شهریور 1394

چکیده مقاله:

بافت چربی نقشی حیاتی و مهم در متابولیسم، ذخیره و آزادسازی اسیدهای چرب در پستانداران ایفا می کند. به منظور شناسایی ژن هایی که به طور اختصاصی در بافت چربی پستانداران بیان می شوند، نرم افزار (DDD) Digital Differential Display و سه پستاندار شامل انسان، خوک و گاو مورد بررسی قرار گرفت. از سایت COXPRESdb به منظور تایید نتایج حاصل از DDD بوسیله داده های ریز آرایه استفاده گردید. ژن های مشترک در بین این سه پستاندار شناسایی و آنالیز پروموتور این ژنها با استفاده از نرم افزار Pscan انجام شد. نتایج حاصل از DDD نشان داد که 65، 102 و 125 ترنسکریپت به ترتیب در انسان، خوک و گاو بیان بالاتر از 10 برابر در بافت چربی نسبت به بافت های دیگر دارند. از این تعداد در انسان، خوک و گاو به ترتیب 63، 49 و 81 ترنسکریپت مربوط به ژن های شناسایی شده و 2، 53 و 44 ترنسکریپت مربوط به کانتیگ های جدید بودند. با بررسی 63 ژن شناسایی شده بوسیله DDD در انسان در سایت COXPRESdb مشخص گردید که به ترتیب 39 و 29 ژن بیان بالاتر از یک و 2 برابر در بافت چربی دارند (در مبنای لگاریتمی 2). نتایج نشان داد که 7 ژن شامل DGAT2 ،LPL ،SCD ،ADIPOQ، FABP4، DGAT2، FASN و CIDEC به طور مشترک در بافت چربی این سه پستاندار بیان بالایی داشتند. آنالیز پروموتور مربوط به این هفت ژن در پروموتورهای انسانی منجر به شناسایی 6 مکان اتصالی عوامل رونویسی مشترک گردید. نتایج این مطالعه منجر به شناسایی یک TFBS جدید گردید که می تواند به عنوان یک کاندید جدید در متابولیسم چربی مورد بررسی قرار گرفته و افق جدیدی را در درک متابولیسم چربی با استفاده از ابزار بیولوژی محاسباتی باز نماید.

کلیدواژه ها:

بافت چربی ، توالی بیان شده برچسب دار ، پروموتور

نویسندگان

محمدرضا بختیاری زاده

دانشجوی دکتری ژنتیک و اصلاح دام پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران

محمد مرادی شهر بابک

استاد بخش ژنتیک و اصلاح دام پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران

اسماعیل ابراهیمی

استادیار بخش زراعت و اصلاح نباتات دانشکده کشاورزی دانشگاه شیراز

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Akpa, M. M., Point, F., Sawadogo, S., Radenne, A. and ...
  • Bolduc, C., M. Larose, N. Lafond, M. Yoshioka, M. A. ...
  • Chen, C. H., Lin, E. C., Cheng, W. T. K., ...
  • Chong, A., Zhang, Z., Choi, K., Choudhary, V., Djamgoz, M. ...
  • Desaint, S., Hansmannel, F., Clemencet, M. C., Jos sic-Corcos, C. ...
  • Eujay, I. and Morris, C., 2009. Identiication of differentially expressed ...
  • Havel, P. J., 2002. Control of energy homeostasis and insulin ...
  • Horton, J. D., 2002. Sterol regulatory element-b indingp roteins: transcriptional ...
  • Kim, S. T., Marquard, K., Stephens, S., Louden, E., , ...
  • Kiran, K., Ansari, S. A., Srivastava, R., Lodhi, N., Chaturvedi, ...
  • Lecomte, V., Meugnier, E., Euthine, V., Durand, C., Freyssenet, D., ...
  • Lee1, K, Byun1, M., Lim, D., Kang, K., Kim, N., ...
  • Levine, M. and Tjian, R., 2003. Transcription regulation and animal ...
  • Li, F., Gu, Y., Dong, W., Li, H., Zhang, L, ...
  • Lim, D., Lee, S. H., Cho, Y. M., Yoon, D., ...
  • Murray, D., Doran, P., MacMathuna, P. and CMoss, A., 2007. ...
  • Obayashi, T. and Kinoshita, K., 2011. COXPRESdb a database to ...
  • Quintana , A. M., Liu, F., O'Rourke, J. P. and ...
  • Rahman, SM., Dobrzyn, A. and Dobrzyn, P., 2003. Stearoyl-CoA desaturase ...
  • Rogue, A., Spire, C., Brun, M., Claude, N. Guillouzo, G., ...
  • Rushton, J. J., Davis, L. M., Lei, W. Mo, X., ...
  • Sagoo, G. S., Tatt, I, Salanti, G., Butterworth, A. S., ...
  • Scheurle, D., DeYoung, M. P., Binniger, D. M., Page, H., ...
  • Shin, J., Li, B., Davis, M. E., Suh, Y. and ...
  • Tang, A., Yu, Z., Gui, Y., Zhu, H., Zhang, L., ...
  • Wang, Y. and Rekaya, R., 2009. A comprehensive Analysis of ...
  • Winter, A., Van Eckeveld, M., Binind a-Emonds, O. R. P., ...
  • Wong R. HF. and Sul, H. S., 2010. Insulin signaling ...
  • Wong R. HF., Chang, I., Hudak, C. S. S., Hyun, ...
  • Xiao, H., Leblanc, S. E., WU, Q., Konda, S., Salma, ...
  • Zambelli, F., Pesole, G. and Pavesi, G., 2009. Pscan: finding ...
  • نمایش کامل مراجع