چندشکلی و سن تکاملی برخی خانوادههای رتروترنسپوزونی انگور با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک

به منظور بررسی چندشکلی خانوادههای رتروترنسپوزونی Huben و Gentil ،Vine1 ،Edel ،Tvv1 در انگورVitis vinifera L و تعیین قدمت و سن تکاملی آنها، نسخه مرجع هر عنصر از بانکهای اطلاعاتی ذخیره و(Long terminal repeats) LTR سمت3و5هرکدام از آنها مشخص گردید و سپس میزان تغییر و درصد چندشکلی بین دوLTR هر رتروترنسپوزون محاسبه شد. همچنین با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک، توالیهایی که مشابهت بالایی با عناصر مورد مطالعه داشتند از بانکهای اطلاعاتی شناسایی و ذخیره شدند. سپس درصد چندشکلی نواحی ' 5 و ' 3LTRهر خانواده با توالیهای مشابه محاسبه گردید. نتایج نشان داد که رتروترنسپوزونTvv1 دارای بیشترین چندشکلی در نواحی LTRبوده و قدیمیترین عنصر در بین خانوادههای مورد مطالعه میباشد. دیگر عناصر مورد مطالعه نیزچندشکلی و تنوع قابل ملاحظهای را نشان دادند. بنابراین با توجه به نتایج به دست آمده پیشنهاد میشود این خانوادهها به عنوان نشانگر ملکولی جهت مطالعه تنوع ژنتیکی و روابط تکاملی و تهیه نقشههای ژنتیکی و مکانیابی ژنها در گونههای مختلف جنسVitisمورداستفاده قرار گیرند

کلیدواژه ها:

انگورVitis vinifera L. ، بیوانفورماتیک ، رتروترنسپوزونTvv1