مقایسه ترنسکریپتوم برگ برنج تحت شرایط نرمال و تنش خشکی با استفاده از کتابخانههایEST

با توجه به اهمیت غذایی برنج و کاهش قابل توجه پتانسیل عملکرد آن تحت تنش خشکی، این تحقیق به منظور شناسایی ژنهای دخیل در این تنش با کمک تجزیه و تحلیل اطلاعاتest دوکتابخانه برگ گیاه برنج انجام شده است. بیان افتراقی ژنها با استفاده از ابزاربیوانفورماتیکیIDEG و 6 Digital differential display(DDD)بدست آمد. در روش دوم، اطلاعات اولیه در حالت نرمال و تنش خشکی از پایگاه دادهNCBIجمعآوری شد. با استفاده از الگوریتم پیادهسازی شده در نرمافزار متلب توالیهای دارای شناسهUnigeneمشخصشدند سپسIDEG6با استفاده از آزمون آماری فیشر تفاوت بیان معنیدار بین 40 و 32 ژن را به ترتیب در سطح 5% و 1% نشان داد. نتایج حاصل ازDDDبا استفاده از آزمون آماری فیشر، تفاوت بیان معنیدار بین 36 ژن را نشان داد. مقایسه نتایج حاصل ازIDEG و 6 DDD نشان داد که 32 ژن حاصل ازIDEG6 در سطح 1%) زیر مجموعه 36 ژن حاصل ازDDDمیباشند که خود نیز زیر مجموعه 40 ژن حاصل ازIDEG 6 در سطح 5%) هستند. از بین 32 ژن مشترک دارای تفاوت بیان معنیدار تحت تنش خشکی نسبت به نرمال، 24 ژن افزایش و 8 ژن کاهش بیان معنیداری داشتند. ژنهای افزایش بیان یافته مانند متالوتیونینها، تیوردوکسین، تریوز فسفات ایزومرازها، لیپیدترانسفراز و پراکسیدازها، جزء ژنهای دخیل در پاسخ به تنشهای محیطی و اکسیداتیو، برقراری هموستازی، پروتئولیز و گلیکولیز بودند در حالیکه ژنهای متعلق به دستگاه فتوسنتزی و فتوسنتز مانند روبیسکو کاهش بیان نشان دادند. امید است نتایج به دست آمده در راستای یافتن راهکارهایی هدفمند جهت افزایش تحمل به خشکی مفید واقع گردد.

کلیدواژه ها:

برچسب توالیهای بیان شده EST ، برنج ، بیان افتراقی ژنها ، خشکی