بررسی بیوانفورماتیکی ژن nif در ازتوباکتر با استفاده از روش PCR-RFLP

سال انتشار: 1390
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 914

نسخه کامل این مقاله ارائه نشده است و در دسترس نمی باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

IBRC01_153

تاریخ نمایه سازی: 5 مهر 1393

چکیده مقاله:

عامل تثبیت نیتروژن در دی آزوتروف ها ژن های nif می باشند. درمجموعه ژنی nif هم ژن های تنظیم کننده و هم ژن های ساختمانیوجود دارند که سنتز آنزیم نیتروژناز، سنتز زیر واحد های مختلف پروتئینآهن- مولیبدن، کوفاکتور آهن- مولیبدن و پروتئین آهن- فردوکسینرا بر عهده دارند. با وجود داشتن چنین نقش های ساختمانی مهمی،بررسی های اندکی به منظور شناسایی این ژن صورت گرفته است.هدف از این مطالعه، تع یین ژن های nif شناسایی شده در گونه هایازتوباکتر و بررسی تنوع ژنت کیی در میان آنها می باشد. در این تحقیق،پس از جمع آوری توالیهای مربوط به ژن nif موجود در پایگاه اطلاعاتیNCBI ، در قالب داده های خام و انتقال آن به نرم افزار ClustalW2نواحی اتصال آغازگر مشخص گردید. به منظور تع یین الگوهای برشیو ارزیابی تعداد و اندازه قطعات حاصل از هضم، توالی منطقه قابل تکثیرهر ژن توسط جفت آغازگر مربوطه، توسط برنامه OLIGO مورد هضمآنزیمی آنزیمهای RsaI, AluI, TaqI, FnuDII, HhaI قرار گرفت. پساز تأثیر آنزیم های برشی، قطعات مربوط به هر آنزیم، شناسایی و برمبنای وجود یا عدم وجود قطعات مشابه برش خورده به صورت 1 و 0امتیاز دهی شدند. سپس این اطلاعات به جهت ترسیم درخت فیلوژنیتوسط نرم افزار NTSYSpc مورد بررسی قرار گرفت. نتایج بهدست آمدهتنوع ژنت کیی را در میان 20 سویه باکتریایی مورد بررسی نشان داد که بااستفاده از آنزیمهای منتخب، تنها 4 سویه از این مجموعه، از کیدیگر قابلتف کیک نمیباشند. لذا تف کیک کامل سویههای گون ههای مورد آزمایشنیازمند استفاده از آنزیمهای برشی بیشتر یا انتخاب آنزیمهایی با دامنهیوسیعتر در ایجاد پلی مورفیسم بر روی ژن nif است.

کلیدواژه ها:

ازتوباکتر ، تنوع ژنتیکی ، درخت فیلوژنتیک ژن nif ، PCR-RLFP

نویسندگان

زهره مزینانی

دانشگاه آزاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات تهران

مهدی امین افشار

دانشگاه آزاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات تهران

احمد اصغرزاده

موسسه تحقیقات خاک و آب بخش بیولوژی خاک

محمد چمنی

دانشگاه آزاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات تهران