یافتن تغییر ساختار ژنوم با استفاده از الگوریتم ژنتیک

سال انتشار: 1391
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 1,060

نسخه کامل این مقاله ارائه نشده است و در دسترس نمی باشد

این مقاله در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

IBIS04_032

تاریخ نمایه سازی: 14 شهریور 1393

چکیده مقاله:

با کشف تغییر ساختار در ژنوم، تصور محققان از ژنوتایپ انسان متحول شد. تغییر ساختار، عامل مهمی در تغییر ژنوم میباشد. تغییر ژنوم موجب تغییرات ظاهری میشود و با بسیاری از بیماریها در ارتباط است. تغییر ساختار به طور گستردهای در ژنوم انسان و در مطالعات بالینی و تکاملی بررسی میشو د. تغییر ساختار انواع زیادی تغییر در ژنوم انسان را در بر میگیرد و شامل تغییر تعداد کپی و درج، تکرار، حذف، وارون، و انتقال بخش بزرگی از توالی دیانای میباشد. اندازه این بخشهای توالی دیانای در بازه Kb1 تا Mb3 متفاوت است که بسیار بزرگتر از تغییرات تک نوکلئوتیدی میباشد. بدست آوردن تغییرساختار در توالی ژنوم دشوارتر از ارزیابی تغییرات تک نوکلئوتیدی میباشد. پروژه تغییر ساختار ژنوم انسان با هدف شناسایی و دسته بندی درج، حذف، ووارون (تغییر ساختار با استفاده از آرایه-های CGH یا SNP انجام میشود. ظهور روشهای توالی یابی نسل جدید که داده های بیشتر با طول کمتر در زمان بهتر تولید میکنند، باعث تحول جدیدی در این زمینه گردیده اما متاسفانه، الگوریتم های فعلی که برای شناسایی تغییر ساختار میان افراد مختلف به کار میرود، به منظور کارکردن با داده-های خروجی و خطاهای روشهای توالی یابی نسل جدید طراحی نشده اند و نیاز به روشهایی جدید برای شناسایی تغییر ساختارها احساس میشود تا بتوان حجم زیاد داده تولید شده را به طور بهینه به کار برد. در این مقاله تلاش شده است با رویکردی جدید و با کمک یکی از انواع خروجیهای ماشینهای توالی-یابی نسل جدید به نام خواندن دو پایانه، تغییر ساختار در ژنوم مورد بررسی قرار گیرد. در این رویکرد از الگوریتم تکاملی ژنتیک استفاده شده است که هدف آن یافتن سه نوع تغییر ساختار درج، حذف و وارون میباشد.

نویسندگان

علی ایزدی متلق

تهران، دانشگاه امیرکبیر، دانشکده ریاضی و علوم کامپیوتر

فاطمه زارع میرک ابادی

تهران، دانشگاه امیرکبیر، دانشکده ریاضی و علوم کامپیوتر