تاثیر تعداد تکرارهای MCMC بر صحت پیش بینی ژنومی با استفاده از مدل بیز A

تعیین تعداد مناسب تکرارهای زنجیره مارکوف مونت کارلو (MCMC) یکی از عوامل مهم در اجرای مدل های بیزی برای پیش بینی ژنومی است زیرا افزایش طول زنجیره می تواند هزینه محاسباتی را افزایش دهد در حالی که زنجیره های کوتاه ممکن است برآوردهای ناپایدار ایجاد کنند. پژوهش حاضر با هدف بررسی تاثیر تعداد تکرارهای MCMC بر صحت پیش بینی ژنومی با استفاده از مدل بیز A انجام شد. جمعیت شبیه سازی شده شامل پنج کروموزوم، ۵۰۰۰ نشانگر چند شکلی تک نوکلئوتیدی (SNP) و ۲۵۰ جایگاه صفات کمی (QTL) بود و وراثت پذیری صفت ۰.۲۰ در نظر گرفته شد. پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومی با استفاده از مدل بیز A و نمونه گیری گیبس در چهار سطح ۱۰۰۰، ۱۰۰۰۰، ۳۰۰۰۰ و ۵۰۰۰۰ تکرار MCMC انجام شد. برای هر سطح ۲۰ اجرای مستقل انجام گرفت و ۱۰ درصد ابتدایی زنجیره به عنوان دوره سوخته حذف شد. صحت پیش بینی با استفاده از ضریب همبستگی پیرسون (PCC) بین ارزش اصلاحی واقعی (TBV) و ارزش اصلاحی ژنومی (GEBV) ارزیابی شد. میانگین PCC در سطوح ۱۰۰۰، ۱۰۰۰۰، ۳۰۰۰۰ و ۵۰۰۰۰ تکرار به ترتیب ۰.۵۰۳۵، ۰.۵۱۱۵، ۰.۵۱۰۴۰ و ۰.۵۱۰۲ بود. اگرچه افزایش توصیفی PCC از ۱۰۰۰ به ۱۰۰۰۰ تکرار مشاهده شد، تجزیه واریانس نشان داد که اثر تعداد تکرارهای MCMC بر صحت پیش بینی معنی دار نبود. در مجموع، در شرایط شبیه سازی شده این مطالعه افزایش تعداد تکرارهای MCMC از ۱۰۰۰ تا ۵۰۰۰۰ تغییر معنی داری در صحت پیش بینی ایجاد نکرد و افزایش تعداد تکرارها در سطوح بالاتر بهبود قابل توجهی در PCC به همراه نداشت.

کلیدواژه ها:

پیش بینی ژنومی ، بیز A ، زنجیره مارکوف مونت کارلو ، MCMC ، صحت پیش بینی ، شبیه سازی